More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1628 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1628  porin  100 
 
 
354 aa  716    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  77.4 
 
 
367 aa  564  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  75.38 
 
 
353 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  65.33 
 
 
363 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  65.04 
 
 
449 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  65.33 
 
 
363 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  65.52 
 
 
363 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  65.04 
 
 
363 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  65.04 
 
 
363 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  65.04 
 
 
363 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  65.27 
 
 
392 aa  443  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  62.82 
 
 
363 aa  441  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  65.07 
 
 
363 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  64.37 
 
 
363 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  64.67 
 
 
363 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  61.24 
 
 
358 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  64.37 
 
 
363 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  64.37 
 
 
363 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  54.75 
 
 
361 aa  395  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  42.97 
 
 
355 aa  235  9e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  42.97 
 
 
355 aa  235  9e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  42.12 
 
 
355 aa  235  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  41.98 
 
 
402 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  39.27 
 
 
367 aa  231  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  39.57 
 
 
355 aa  229  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  41.36 
 
 
353 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  41.58 
 
 
354 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  39.22 
 
 
392 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  39.22 
 
 
392 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  38.48 
 
 
389 aa  219  5e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  40.44 
 
 
352 aa  219  7e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  36.29 
 
 
371 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  39.78 
 
 
379 aa  210  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  37.07 
 
 
352 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  39.24 
 
 
374 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  38.07 
 
 
401 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  37.63 
 
 
368 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  36.44 
 
 
377 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  37.75 
 
 
353 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  36.94 
 
 
350 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  37.89 
 
 
356 aa  202  8e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  37.56 
 
 
387 aa  202  9e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  35.21 
 
 
388 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  36.14 
 
 
398 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  39.39 
 
 
368 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  38.36 
 
 
386 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  36.46 
 
 
357 aa  196  7e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  38.1 
 
 
386 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  35.95 
 
 
362 aa  194  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  37.19 
 
 
383 aa  192  8e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  38.17 
 
 
387 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  36.89 
 
 
351 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  36.26 
 
 
379 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  35.97 
 
 
391 aa  188  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  36.39 
 
 
363 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  36.16 
 
 
358 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  35.13 
 
 
378 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  35.81 
 
 
367 aa  179  9e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  34.39 
 
 
383 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  35.89 
 
 
387 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  32.93 
 
 
393 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  35.19 
 
 
383 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  34.01 
 
 
385 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  33.69 
 
 
383 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  33.69 
 
 
383 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  34.16 
 
 
386 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  33.42 
 
 
383 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  35.05 
 
 
376 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  34.79 
 
 
376 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  32.64 
 
 
379 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  34.01 
 
 
354 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  34.01 
 
 
354 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  33.84 
 
 
376 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2999  porin Gram-negative type  35.38 
 
 
354 aa  165  9e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  33.75 
 
 
373 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  32.13 
 
 
363 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  34.65 
 
 
381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  33.62 
 
 
357 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2109  outer membrane protein (porin)  33.97 
 
 
362 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2589  porin Gram-negative type  35.36 
 
 
358 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  34.5 
 
 
384 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3196  outer membrane protein (porin)  34.49 
 
 
361 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00143868  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  33.98 
 
 
364 aa  156  6e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  33.68 
 
 
382 aa  156  6e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1076  outer membrane protein (porin)  33.79 
 
 
362 aa  156  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0592135  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1274  porin  31.37 
 
 
359 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.688217  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2917  outer membrane porin  31.37 
 
 
359 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  33.16 
 
 
375 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3041  outer membrane porin  31.37 
 
 
359 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1076  outer membrane protein (porin)  33.52 
 
 
362 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.441264  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6212  porin Gram-negative type  35.93 
 
 
389 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324597  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1952  putative outer membrane porin  31.93 
 
 
359 aa  153  4e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.832177  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2230  putative outer membrane porin  31.93 
 
 
359 aa  153  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.856101  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1256  putative outer membrane porin  31.93 
 
 
359 aa  153  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0969  putative outer membrane porin  31.93 
 
 
359 aa  153  4e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.449227  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4019  porin Gram-negative type  33.15 
 
 
379 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000808591  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1643  outer membrane porin OpcP  34.45 
 
 
384 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  35.08 
 
 
365 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  35.45 
 
 
362 aa  151  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0181  outer membrane protein (porin)  32.68 
 
 
385 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>