More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5927 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5927  porin  100 
 
 		 431 aa  856    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5961  porin Gram-negative type  69.84 
 
 		 426 aa  607  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116317  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0610  porin Gram-negative type  50.23 
 
 		 400 aa  360  3e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1088  porin  51.06 
 
 		 414 aa  347  2e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4252  porin  50.57 
 
 		 385 aa  342  5.999999999999999e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73857  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2014  porin  45.65 
 
 		 454 aa  310  4e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  44.27 
 
 		 387 aa  303  3.0000000000000004e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1085  porin Gram-negative type  46.02 
 
 		 381 aa  295  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.923155  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3158  porin  40.27 
 
 		 368 aa  247  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  41.5 
 
 		 349 aa  241  2e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  38.84 
 
 		 339 aa  216  7e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  39.23 
 
 		 348 aa  201  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  37.06 
 
 		 362 aa  197  4.0000000000000005e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  37.12 
 
 		 355 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4383  putative porin precursor transmembrane protein  36.04 
 
 		 355 aa  182  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3210  porin Gram-negative type  37.75 
 
 		 375 aa  180  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.114966  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  38.01 
 
 		 348 aa  179  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  35.65 
 
 		 362 aa  176  8e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  35.33 
 
 		 351 aa  172  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3680  porin  36.74 
 
 		 366 aa  167  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.218397  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3605  OmpC family outer membrane porin  31.88 
 
 		 355 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000104312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  33.26 
 
 		 344 aa  156  6e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  35.31 
 
 		 374 aa  149  9e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5627  porin  33.33 
 
 		 372 aa  141  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0464814  normal  0.0831491 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  32.18 
 
 		 338 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0713  porin  32.65 
 
 		 358 aa  125  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.788227 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  30.65 
 
 		 344 aa  114  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2423  porin  30.29 
 
 		 357 aa  114  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0610665 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  29.82 
 
 		 335 aa  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  30.02 
 
 		 370 aa  110  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  33.42 
 
 		 369 aa  110  6e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0216  hypothetical protein  45 
 
 		 220 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1374  porin  30.2 
 
 		 368 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  29.89 
 
 		 360 aa  102  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  29.66 
 
 		 373 aa  100  7e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  29.9 
 
 		 350 aa  99.8  8e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  29.41 
 
 		 367 aa  98.6  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  28.5 
 
 		 354 aa  99  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  28.94 
 
 		 352 aa  97.1  6e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4894  porin  30.12 
 
 		 361 aa  96.7  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  27.86 
 
 		 372 aa  94.7  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  27.73 
 
 		 392 aa  94.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  27.73 
 
 		 392 aa  94.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  29.06 
 
 		 363 aa  93.2  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  29.06 
 
 		 363 aa  93.2  7e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  30.08 
 
 		 351 aa  93.2  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  28.9 
 
 		 389 aa  92.4  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  30.45 
 
 		 359 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  29.24 
 
 		 449 aa  92  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  31.88 
 
 		 363 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  31.88 
 
 		 363 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  31.88 
 
 		 363 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3009  putative outer membrane porin signal peptide protein  40 
 
 		 367 aa  90.9  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.494139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  26.26 
 
 		 327 aa  90.1  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  29.58 
 
 		 363 aa  89.7  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1014  porin Gram-negative type  36.62 
 
 		 402 aa  89.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  29.27 
 
 		 355 aa  88.2  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  32.32 
 
 		 392 aa  88.6  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  31.07 
 
 		 402 aa  87.8  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4608  porin  33.9 
 
 		 397 aa  87.8  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  28.74 
 
 		 375 aa  87.8  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  32.07 
 
 		 335 aa  87.4  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5230  outer membrane protein, (porin)  40.6 
 
 		 348 aa  87.4  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5137  porin  33.9 
 
 		 397 aa  87.4  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.918884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  33.46 
 
 		 363 aa  86.7  7e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  29.44 
 
 		 340 aa  86.7  7e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  30.88 
 
 		 363 aa  86.7  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  40.52 
 
 		 413 aa  86.7  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0949  porin Gram-negative type  35.24 
 
 		 411 aa  86.3  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0379261 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4315  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  33.96 
 
 		 357 aa  85.9  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  29.56 
 
 		 362 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4436  porin  34.63 
 
 		 383 aa  85.5  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.412738 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  28.67 
 
 		 376 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  31.1 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  29.35 
 
 		 361 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  31.1 
 
 		 358 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1378  porin  31.87 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0478872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  32.07 
 
 		 353 aa  85.5  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  28.92 
 
 		 352 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  28.92 
 
 		 352 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  28.57 
 
 		 341 aa  84.7  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3528  OmpC family outer membrane porin  39.71 
 
 		 372 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  27.2 
 
 		 336 aa  84.3  0.000000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  26.68 
 
 		 353 aa  84  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  32.53 
 
 		 352 aa  84  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2544  porin  29.43 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644529 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  31.32 
 
 		 377 aa  84  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  32.84 
 
 		 363 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2582  porin  43.61 
 
 		 400 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  40.29 
 
 		 365 aa  83.2  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  40.58 
 
 		 363 aa  83.2  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2708  porin  42.86 
 
 		 400 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  27.2 
 
 		 336 aa  83.2  0.000000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1082  porin transmembrane protein  36.06 
 
 		 394 aa  82.8  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000550491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  29.18 
 
 		 368 aa  82.8  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  28.35 
 
 		 384 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5890  porin Gram-negative type  27.97 
 
 		 358 aa  82.4  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654987  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  41.18 
 
 		 363 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  38.51 
 
 		 398 aa  82.4  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1091  putative outer membrane porin  32.68 
 
 		 363 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.432467  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>