More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0713 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0713  porin  100 
 
 
358 aa  705    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.788227 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2423  porin  65.64 
 
 
357 aa  446  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0610665 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5627  porin  42.35 
 
 
372 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0464814  normal  0.0831491 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3210  porin Gram-negative type  37.73 
 
 
375 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.114966  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  37.53 
 
 
348 aa  179  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  38.86 
 
 
349 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  36.15 
 
 
348 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3158  porin  34.52 
 
 
368 aa  155  9e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  36.04 
 
 
344 aa  155  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0610  porin Gram-negative type  33.33 
 
 
400 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1088  porin  34.65 
 
 
414 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  34.56 
 
 
362 aa  149  9e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4252  porin  35.7 
 
 
385 aa  148  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73857  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  35.16 
 
 
374 aa  146  6e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  34.79 
 
 
338 aa  146  6e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3605  OmpC family outer membrane porin  32.46 
 
 
355 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000104312  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4383  putative porin precursor transmembrane protein  34.13 
 
 
355 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1085  porin Gram-negative type  36.71 
 
 
381 aa  143  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.923155  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  32.98 
 
 
362 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  33.15 
 
 
339 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  32.47 
 
 
387 aa  139  6e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3680  porin  31.16 
 
 
366 aa  139  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.218397  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  33.8 
 
 
355 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  34.03 
 
 
351 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5961  porin Gram-negative type  31.24 
 
 
426 aa  138  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116317  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  32.17 
 
 
335 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5927  porin  31.58 
 
 
431 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2014  porin  33.43 
 
 
454 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  30.57 
 
 
362 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  29.97 
 
 
358 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  30.49 
 
 
350 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  32.98 
 
 
370 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  33.23 
 
 
335 aa  106  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  29.37 
 
 
350 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  29.89 
 
 
344 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  29.37 
 
 
350 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  29.37 
 
 
350 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5890  porin Gram-negative type  30.25 
 
 
358 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654987  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  30 
 
 
344 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4956  porin  31.34 
 
 
347 aa  99.8  7e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6717  porin  27.23 
 
 
382 aa  96.3  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.653963  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6482  porin  27.23 
 
 
382 aa  96.3  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0226396  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  28.97 
 
 
372 aa  96.3  8e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  28.57 
 
 
354 aa  96.3  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  30.9 
 
 
361 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2000  porin Gram-negative type  29.76 
 
 
404 aa  93.6  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  28.16 
 
 
344 aa  93.2  6e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  30.98 
 
 
363 aa  92.4  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  27.32 
 
 
360 aa  90.9  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  30.28 
 
 
363 aa  90.5  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  29.5 
 
 
344 aa  90.5  5e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1258  porin  29.19 
 
 
322 aa  89.7  7e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170456 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4594  porin  24.6 
 
 
376 aa  89.7  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.561867 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5966  porin  28.75 
 
 
380 aa  89.4  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.084261 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  30.4 
 
 
363 aa  89.7  8e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  30.4 
 
 
363 aa  89.7  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  30.7 
 
 
363 aa  89.7  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  30.4 
 
 
363 aa  89.7  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  30.7 
 
 
363 aa  89.7  8e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5676  porin  25.57 
 
 
389 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4628  porin  25.57 
 
 
389 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0667  OmpC family outer membrane porin  32.42 
 
 
389 aa  89  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000990839  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3740  porin  25.57 
 
 
389 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4632  porin Gram-negative type  28.65 
 
 
368 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.656997 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  30.4 
 
 
449 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  30.19 
 
 
352 aa  88.6  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  31.31 
 
 
363 aa  87.8  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1014  porin Gram-negative type  27.6 
 
 
402 aa  87  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303268  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1102  outer membrane protein (porin)  26.67 
 
 
359 aa  86.7  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3601  porin  27.79 
 
 
390 aa  86.3  8e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5517  porin  27.79 
 
 
390 aa  86.3  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4766  porin  27.79 
 
 
390 aa  86.3  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38639  normal  0.209657 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4106  porin  25.19 
 
 
359 aa  85.9  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437968  normal  0.0586067 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5897  outer membrane protein (porin)-like protein  29.12 
 
 
390 aa  85.9  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0466663 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4712  porin  24.94 
 
 
359 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.875326  normal  0.163784 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0482  outer membrane protein (porin)  28.57 
 
 
357 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1516  porin  33.33 
 
 
376 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3413  outer membrane porin  26.97 
 
 
348 aa  85.5  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000336209 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6313  porin  33.33 
 
 
376 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3655  porin  24.94 
 
 
359 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228307  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  38.81 
 
 
367 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  30.62 
 
 
329 aa  84.7  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4571  porin  24.94 
 
 
359 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.442786  hitchhiker  0.0000361687 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6971  porin  33.33 
 
 
376 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829977  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  29.34 
 
 
392 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2920  porin  31.8 
 
 
342 aa  84.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.281008 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2400  OmpC family outer membrane porin  44.63 
 
 
390 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0762385  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6078  porin  31.43 
 
 
390 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5195  outer membrane porin  26.81 
 
 
382 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163302  normal  0.133933 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0548  porin  29.04 
 
 
383 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979197  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0066  porin  29.04 
 
 
383 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  28.95 
 
 
386 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  29.61 
 
 
363 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  29.02 
 
 
363 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  30.54 
 
 
383 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  28.5 
 
 
386 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  28.5 
 
 
386 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2596  outer membrane protein (porin)  34.3 
 
 
394 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5588  porin  24.68 
 
 
359 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00406297 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5892  porin Gram-negative type  34.39 
 
 
391 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957036  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>