More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3091 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  100 
 
 		 376 aa  754    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  78.1 
 
 		 376 aa  574  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  77.84 
 
 		 376 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  49.48 
 
 		 363 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  47.49 
 
 		 360 aa  298  9e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  45.8 
 
 		 357 aa  296  4e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1323  outer membrane porin protein precursor  45.7 
 
 		 357 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2974  outer membrane porin  45.12 
 
 		 354 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.598026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3099  outer membrane porin  45.12 
 
 		 354 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.345873  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  44.91 
 
 		 413 aa  263  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  43.39 
 
 		 379 aa  257  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  42.2 
 
 		 377 aa  246  6e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  42.2 
 
 		 377 aa  246  6e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  42.2 
 
 		 377 aa  246  6e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  42.2 
 
 		 377 aa  246  6e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  42.2 
 
 		 377 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  42.2 
 
 		 377 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  41.94 
 
 		 377 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  41.23 
 
 		 378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  41.85 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  41.85 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  41.85 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  42.97 
 
 		 373 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  42.18 
 
 		 373 aa  230  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  42.97 
 
 		 384 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0374  OmpC family outer membrane porin  39.49 
 
 		 382 aa  229  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.299269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  42.71 
 
 		 384 aa  229  8e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5535  porin Gram-negative type  39.58 
 
 		 391 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.438233 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0029  porin  45.09 
 
 		 264 aa  213  5.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  35.44 
 
 		 357 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  37.89 
 
 		 392 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  37.89 
 
 		 392 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  37.85 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  35.87 
 
 		 347 aa  192  6e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  36.58 
 
 		 389 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  38.78 
 
 		 355 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  38.78 
 
 		 355 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  37.85 
 
 		 355 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  36.79 
 
 		 368 aa  180  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0008  OmpC family outer membrane porin  36.68 
 
 		 365 aa  180  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  36.34 
 
 		 348 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  35.24 
 
 		 352 aa  179  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4416  porin Gram-negative type  34.26 
 
 		 354 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  34.26 
 
 		 354 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  36.08 
 
 		 348 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2320  outer membrane protein (porin)-like  34.36 
 
 		 381 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  35.22 
 
 		 350 aa  176  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5539  porin  35.7 
 
 		 386 aa  176  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  34.84 
 
 		 367 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  37.03 
 
 		 368 aa  172  7.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  36.71 
 
 		 386 aa  172  9e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0350  OmpC family outer membrane porin  34.88 
 
 		 372 aa  171  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000145681  hitchhiker  0.00000929748 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1374  outer membrane porin  38.35 
 
 		 384 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1286  putative outer membrane porin  38.35 
 
 		 384 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0263  putative outer membrane porin  38.35 
 
 		 384 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2546  outer membrane porin  38.35 
 
 		 384 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1294  outer membrane porin  38.35 
 
 		 384 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0533  putative outer membrane porin  38.35 
 
 		 384 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1034  putative outer membrane porin  38.35 
 
 		 384 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  35.15 
 
 		 371 aa  170  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  35.41 
 
 		 383 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  36.46 
 
 		 386 aa  169  9e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  34.34 
 
 		 401 aa  169  9e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2943  outer membrane porin  36.25 
 
 		 379 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  40.43 
 
 		 353 aa  168  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1454  outer membrane porin OpcP  38.35 
 
 		 414 aa  168  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176502  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2089  outer membrane porin, putative  36.01 
 
 		 379 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  34.06 
 
 		 383 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1957  putative outer membrane porin  36.01 
 
 		 379 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3009  outer membrane porin  36.01 
 
 		 379 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205234  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4019  OmpC family outer membrane porin  34.39 
 
 		 373 aa  167  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000373158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3043  outer membrane protein  35.77 
 
 		 379 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000337977  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  36.43 
 
 		 365 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  33.84 
 
 		 354 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  34.81 
 
 		 379 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  36.1 
 
 		 384 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  37.69 
 
 		 354 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  35.29 
 
 		 381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510275  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  34.7 
 
 		 384 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0910  OmpC family outer membrane porin  34.62 
 
 		 381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0510287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0680  porin Gram-negative type  34.39 
 
 		 373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0674  porin  34.39 
 
 		 381 aa  164  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.161927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  34.34 
 
 		 381 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  33.42 
 
 		 362 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  35.55 
 
 		 367 aa  162  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  36.02 
 
 		 364 aa  162  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3080  porin Gram-negative type  34.79 
 
 		 381 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1592  outer membrane porin OpcP  35.54 
 
 		 379 aa  161  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000753079  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5778  porin  33 
 
 		 358 aa  161  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  33.57 
 
 		 386 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  33.41 
 
 		 398 aa  160  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0400  porin  33.16 
 
 		 375 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.676022  normal  0.200977 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  35.26 
 
 		 379 aa  159  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  35.26 
 
 		 379 aa  159  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  37.36 
 
 		 387 aa  159  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  32.93 
 
 		 385 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  32.78 
 
 		 387 aa  159  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0189  porin Gram-negative type  35.97 
 
 		 362 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.615373  hitchhiker  0.00390966 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6321  porin  34.88 
 
 		 394 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00119227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  32.66 
 
 		 382 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>