More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1756 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  100 
 
 		 355 aa  711    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  100 
 
 		 355 aa  711    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  80.86 
 
 		 355 aa  587  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  76.12 
 
 		 355 aa  558  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  53.72 
 
 		 402 aa  345  7e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  52.08 
 
 		 354 aa  344  2e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  49.46 
 
 		 367 aa  342  5.999999999999999e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  52.92 
 
 		 353 aa  339  5e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  50.9 
 
 		 386 aa  329  3e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  52.76 
 
 		 352 aa  329  4e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  50.9 
 
 		 386 aa  329  6e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  51.11 
 
 		 379 aa  326  5e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  51.27 
 
 		 374 aa  325  8.000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  51.09 
 
 		 401 aa  322  5e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  49.19 
 
 		 371 aa  322  8e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  49.87 
 
 		 368 aa  318  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  49.27 
 
 		 352 aa  317  2e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  51.71 
 
 		 368 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  50.99 
 
 		 379 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  48.32 
 
 		 358 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  47.99 
 
 		 356 aa  305  6e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  45.65 
 
 		 362 aa  302  5.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  45.19 
 
 		 383 aa  295  6e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  43.32 
 
 		 383 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  43.32 
 
 		 383 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  43.32 
 
 		 383 aa  292  5e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  47.51 
 
 		 377 aa  289  5.0000000000000004e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  43.58 
 
 		 383 aa  286  4e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  45.58 
 
 		 383 aa  281  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  43.24 
 
 		 354 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  43.24 
 
 		 354 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  42.66 
 
 		 357 aa  264  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  44.29 
 
 		 353 aa  256  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  48.39 
 
 		 273 aa  256  5e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  43.13 
 
 		 358 aa  250  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  43.57 
 
 		 351 aa  247  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  43.01 
 
 		 361 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  43.63 
 
 		 367 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  41.46 
 
 		 392 aa  235  9e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  41.46 
 
 		 392 aa  235  9e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  42.97 
 
 		 354 aa  235  9e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  40.21 
 
 		 387 aa  233  5e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  41.41 
 
 		 393 aa  232  7.000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  39.24 
 
 		 389 aa  226  4e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  42.23 
 
 		 363 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  42.23 
 
 		 449 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  42.23 
 
 		 363 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  41.69 
 
 		 363 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  41.69 
 
 		 363 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  41.69 
 
 		 363 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  43.1 
 
 		 353 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  39.39 
 
 		 386 aa  216  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  40.79 
 
 		 392 aa  215  8e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  41.57 
 
 		 363 aa  215  8e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  41.11 
 
 		 365 aa  215  9e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  39.54 
 
 		 391 aa  212  5.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  39.51 
 
 		 363 aa  212  7e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  39.94 
 
 		 363 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  39.94 
 
 		 363 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  39.94 
 
 		 363 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  39.03 
 
 		 388 aa  210  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  38.14 
 
 		 398 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  39.69 
 
 		 387 aa  207  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  40.96 
 
 		 363 aa  206  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  40.85 
 
 		 364 aa  205  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  39.09 
 
 		 363 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  38.64 
 
 		 387 aa  205  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  39.27 
 
 		 363 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  39.05 
 
 		 363 aa  203  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  38.14 
 
 		 379 aa  202  6e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  37.31 
 
 		 413 aa  202  7e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  38.56 
 
 		 386 aa  198  9e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  37.81 
 
 		 367 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  38.36 
 
 		 350 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  35.79 
 
 		 379 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  40.32 
 
 		 381 aa  190  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4878  porin  39.13 
 
 		 382 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  36.83 
 
 		 372 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  37.63 
 
 		 384 aa  186  7e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  38.78 
 
 		 376 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  36.5 
 
 		 378 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  36.32 
 
 		 377 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  36.32 
 
 		 377 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  36.32 
 
 		 377 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  35.7 
 
 		 373 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  35.7 
 
 		 373 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  35.7 
 
 		 373 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  36.06 
 
 		 377 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  36.06 
 
 		 377 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  36.06 
 
 		 377 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  36.06 
 
 		 377 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  37.22 
 
 		 371 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3528  OmpC family outer membrane porin  37.7 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  36.53 
 
 		 373 aa  180  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  36.6 
 
 		 378 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  37.17 
 
 		 381 aa  179  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  35.53 
 
 		 385 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  37.97 
 
 		 382 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  36 
 
 		 384 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  35.73 
 
 		 384 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>