More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5757 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  100 
 
 		 387 aa  779    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  61.21 
 
 		 393 aa  477  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  58.27 
 
 		 386 aa  464  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  57.51 
 
 		 388 aa  455  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  58.99 
 
 		 387 aa  449  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  61.87 
 
 		 387 aa  451  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  59.85 
 
 		 391 aa  448  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  58.38 
 
 		 386 aa  438  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  56.38 
 
 		 398 aa  432  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  50.97 
 
 		 389 aa  350  3e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  48.56 
 
 		 392 aa  344  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  48.56 
 
 		 392 aa  344  2e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  50.64 
 
 		 378 aa  333  4e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  55.95 
 
 		 362 aa  333  4e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  46.21 
 
 		 379 aa  325  8.000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  48.21 
 
 		 367 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  46.97 
 
 		 381 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  45.48 
 
 		 384 aa  298  8e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  45.93 
 
 		 382 aa  293  4e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  46.73 
 
 		 381 aa  286  4e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  42.58 
 
 		 385 aa  266  2.9999999999999995e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  41.56 
 
 		 354 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  40.57 
 
 		 402 aa  229  9e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  40.25 
 
 		 356 aa  226  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  40 
 
 		 357 aa  225  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  40.4 
 
 		 386 aa  223  6e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  40.4 
 
 		 386 aa  222  7e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  40.66 
 
 		 352 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  37.76 
 
 		 353 aa  219  5e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  38.27 
 
 		 371 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  37.56 
 
 		 368 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  40 
 
 		 374 aa  214  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  37.47 
 
 		 401 aa  212  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  39.85 
 
 		 355 aa  212  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  39.03 
 
 		 379 aa  209  8e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  38.97 
 
 		 355 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  36.55 
 
 		 362 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  39.16 
 
 		 368 aa  207  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  38.52 
 
 		 352 aa  205  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  37.82 
 
 		 379 aa  205  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  38.64 
 
 		 355 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  38.64 
 
 		 355 aa  205  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  37.76 
 
 		 377 aa  199  6e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  37.01 
 
 		 358 aa  199  7e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  36.62 
 
 		 367 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  36 
 
 		 383 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  35.87 
 
 		 383 aa  192  6e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  34.64 
 
 		 383 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  34.34 
 
 		 383 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  34.34 
 
 		 383 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  34.09 
 
 		 383 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  37.07 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  34.34 
 
 		 358 aa  184  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  35.84 
 
 		 361 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1952  putative outer membrane porin  35.86 
 
 		 359 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.832177  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1256  putative outer membrane porin  35.86 
 
 		 359 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0969  putative outer membrane porin  35.86 
 
 		 359 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.449227  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2230  putative outer membrane porin  35.86 
 
 		 359 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.856101  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1274  porin  35.86 
 
 		 359 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.688217  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2917  outer membrane porin  35.86 
 
 		 359 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2236  porin  36.88 
 
 		 359 aa  181  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  35.89 
 
 		 354 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  35.32 
 
 		 367 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  34.98 
 
 		 350 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  36.07 
 
 		 353 aa  173  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3041  outer membrane porin  35.79 
 
 		 359 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  34.37 
 
 		 363 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  35.32 
 
 		 449 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  35.06 
 
 		 363 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  35.06 
 
 		 363 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  36.43 
 
 		 413 aa  168  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  34.69 
 
 		 363 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  33.93 
 
 		 363 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  33.93 
 
 		 363 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  33.93 
 
 		 363 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  33.59 
 
 		 363 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  37.13 
 
 		 273 aa  164  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  34.53 
 
 		 379 aa  164  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  35.7 
 
 		 353 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  33.25 
 
 		 363 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  34.03 
 
 		 392 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0181  outer membrane protein (porin)  37.53 
 
 		 385 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  34.87 
 
 		 377 aa  159  7e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  34.87 
 
 		 377 aa  159  7e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  34.87 
 
 		 377 aa  159  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  34.87 
 
 		 377 aa  159  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  33.51 
 
 		 363 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  33.51 
 
 		 363 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  36.91 
 
 		 364 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  32.34 
 
 		 379 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  34.79 
 
 		 377 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  32.34 
 
 		 379 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  34.79 
 
 		 377 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  33.77 
 
 		 363 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0633  putative outer membrane porin  33 
 
 		 379 aa  157  4e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0832  putative outer membrane porin  33 
 
 		 379 aa  157  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1796  putative outer membrane porin  33 
 
 		 379 aa  157  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0933184  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  34.67 
 
 		 377 aa  157  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  32.64 
 
 		 357 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1228  OmpC family outer membrane porin  33.72 
 
 		 387 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.208027 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>