More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3786 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  100 
 
 		 391 aa  787    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  66.5 
 
 		 387 aa  528  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  65.31 
 
 		 388 aa  525  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  63.27 
 
 		 393 aa  507  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  62.97 
 
 		 387 aa  476  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  60.05 
 
 		 386 aa  454  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  60.75 
 
 		 386 aa  456  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  59.85 
 
 		 387 aa  448  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  58 
 
 		 398 aa  441  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  46.82 
 
 		 378 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  45.78 
 
 		 392 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  45.78 
 
 		 392 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  44.79 
 
 		 389 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  42.42 
 
 		 379 aa  301  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  47.24 
 
 		 381 aa  296  5e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  46.8 
 
 		 384 aa  290  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  46.56 
 
 		 381 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  46.45 
 
 		 362 aa  280  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  45.91 
 
 		 382 aa  281  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  43.43 
 
 		 367 aa  272  8.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  38.98 
 
 		 356 aa  231  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  39.9 
 
 		 385 aa  230  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  40.05 
 
 		 352 aa  226  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  39.66 
 
 		 401 aa  223  6e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  41.22 
 
 		 402 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  38.46 
 
 		 371 aa  216  7e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  39.22 
 
 		 354 aa  215  9e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  38.14 
 
 		 353 aa  213  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  39.54 
 
 		 355 aa  212  7e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  39.54 
 
 		 355 aa  212  7e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  40.05 
 
 		 355 aa  206  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  40.86 
 
 		 377 aa  206  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  39.31 
 
 		 379 aa  204  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  39.6 
 
 		 368 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  38.83 
 
 		 352 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  38.77 
 
 		 374 aa  204  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  38 
 
 		 367 aa  201  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  35.52 
 
 		 357 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  37.98 
 
 		 386 aa  199  7e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  37.98 
 
 		 386 aa  199  9e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  37.06 
 
 		 368 aa  199  9e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  36.5 
 
 		 362 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  38.66 
 
 		 355 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  36.45 
 
 		 383 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  35.97 
 
 		 354 aa  188  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  37.8 
 
 		 379 aa  187  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  35.52 
 
 		 383 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  35.52 
 
 		 383 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  38.42 
 
 		 353 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  36 
 
 		 367 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  38.61 
 
 		 351 aa  182  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  37.75 
 
 		 350 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  35.11 
 
 		 358 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  33.75 
 
 		 358 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  35.8 
 
 		 383 aa  180  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  35.28 
 
 		 383 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  35.01 
 
 		 383 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  35.11 
 
 		 354 aa  178  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  35.11 
 
 		 354 aa  178  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  33.42 
 
 		 357 aa  176  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  37.4 
 
 		 364 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  34.6 
 
 		 449 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  37.25 
 
 		 365 aa  169  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  34.34 
 
 		 363 aa  169  9e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  34.34 
 
 		 363 aa  169  9e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  34.34 
 
 		 363 aa  169  9e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  34.34 
 
 		 363 aa  169  9e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  34.34 
 
 		 363 aa  169  9e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  35.21 
 
 		 357 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2596  outer membrane protein (porin)  35.9 
 
 		 394 aa  168  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  36.21 
 
 		 363 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  36.31 
 
 		 363 aa  164  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  38.56 
 
 		 363 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  33.67 
 
 		 363 aa  162  7e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5138  porin  35.55 
 
 		 396 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0176797  normal  0.966332 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6321  porin  34.32 
 
 		 394 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00119227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4825  porin  33.87 
 
 		 383 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0552625  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1274  porin  31.12 
 
 		 359 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.688217  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2917  outer membrane porin  31.12 
 
 		 359 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  31.97 
 
 		 361 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  33.49 
 
 		 376 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2236  porin  32.91 
 
 		 359 aa  160  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  33.49 
 
 		 376 aa  160  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  34.35 
 
 		 386 aa  159  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  34.68 
 
 		 353 aa  158  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  33.42 
 
 		 392 aa  158  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1937  porin  34.48 
 
 		 386 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0139631 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  34.11 
 
 		 386 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  34.11 
 
 		 386 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  34.11 
 
 		 386 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5137  porin  34.5 
 
 		 397 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.918884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  33.87 
 
 		 386 aa  156  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  33.87 
 
 		 386 aa  156  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1952  putative outer membrane porin  31.38 
 
 		 359 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.832177  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3041  outer membrane porin  31.65 
 
 		 359 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1256  putative outer membrane porin  31.38 
 
 		 359 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0969  putative outer membrane porin  31.38 
 
 		 359 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.449227  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2230  putative outer membrane porin  31.38 
 
 		 359 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.856101  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7493  porin  33.18 
 
 		 383 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0254041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4608  porin  34.27 
 
 		 397 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>