More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3234 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3234  porin  100 
 
 		 401 aa  808    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  67.08 
 
 		 402 aa  497  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  58.17 
 
 		 379 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  54.17 
 
 		 352 aa  378  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  53.37 
 
 		 371 aa  375  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  56.05 
 
 		 379 aa  372  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  58.23 
 
 		 374 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  53.55 
 
 		 368 aa  369  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  57.36 
 
 		 368 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  51.85 
 
 		 358 aa  354  1e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  53.17 
 
 		 353 aa  352  5.9999999999999994e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  50.66 
 
 		 355 aa  350  3e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  49.48 
 
 		 362 aa  342  5e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  52.06 
 
 		 386 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  52.06 
 
 		 386 aa  339  5.9999999999999996e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  50.52 
 
 		 355 aa  333  4e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  50.52 
 
 		 355 aa  333  4e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  47.3 
 
 		 367 aa  331  1e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  48.56 
 
 		 354 aa  330  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  48.29 
 
 		 355 aa  318  1e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  48.08 
 
 		 352 aa  300  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  46.24 
 
 		 383 aa  293  5e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  41.44 
 
 		 383 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  41.98 
 
 		 383 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  41.98 
 
 		 383 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  44.62 
 
 		 377 aa  276  6e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  42.56 
 
 		 383 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  41.71 
 
 		 383 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  42.03 
 
 		 356 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  42.5 
 
 		 354 aa  264  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  42.5 
 
 		 354 aa  264  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  44.6 
 
 		 351 aa  262  8e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  39.47 
 
 		 357 aa  256  4e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  41.23 
 
 		 393 aa  255  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  40.2 
 
 		 387 aa  250  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  41.23 
 
 		 388 aa  249  7e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  40.48 
 
 		 389 aa  248  9e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  40.73 
 
 		 398 aa  245  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  40.94 
 
 		 387 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  40.75 
 
 		 386 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  40.28 
 
 		 392 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  40.28 
 
 		 392 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  44.37 
 
 		 273 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  41.51 
 
 		 353 aa  234  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  40 
 
 		 391 aa  234  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  39.37 
 
 		 386 aa  229  5e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  38.33 
 
 		 387 aa  223  4e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  38.18 
 
 		 367 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  38.58 
 
 		 354 aa  220  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  37.12 
 
 		 361 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  41.41 
 
 		 378 aa  208  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  38.61 
 
 		 353 aa  205  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  38.95 
 
 		 362 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  39.9 
 
 		 365 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  35.75 
 
 		 449 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  37.31 
 
 		 363 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  36.43 
 
 		 363 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  37.31 
 
 		 363 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  34.92 
 
 		 367 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  36.09 
 
 		 358 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  36.72 
 
 		 384 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  37.05 
 
 		 363 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  37.05 
 
 		 363 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  37.05 
 
 		 363 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  37.5 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  36.04 
 
 		 379 aa  194  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  36.19 
 
 		 385 aa  191  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  38.59 
 
 		 364 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  35.09 
 
 		 413 aa  190  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  36.53 
 
 		 363 aa  190  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  37.23 
 
 		 363 aa  186  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  36.34 
 
 		 392 aa  187  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  34.51 
 
 		 379 aa  187  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  35.9 
 
 		 350 aa  186  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  35.56 
 
 		 376 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  38.75 
 
 		 371 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  37.26 
 
 		 376 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  36.98 
 
 		 384 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  37.06 
 
 		 372 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  34.68 
 
 		 357 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  36.21 
 
 		 381 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510275  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  35.12 
 
 		 363 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  34.93 
 
 		 363 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  35.66 
 
 		 363 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  37.02 
 
 		 376 aa  180  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  35.18 
 
 		 377 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  35.18 
 
 		 377 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  37.68 
 
 		 383 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  35.18 
 
 		 377 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  35.18 
 
 		 377 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  37.2 
 
 		 383 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  34.99 
 
 		 383 aa  179  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  35.18 
 
 		 377 aa  178  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  35.39 
 
 		 363 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  36.32 
 
 		 379 aa  178  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  36.32 
 
 		 379 aa  178  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1352  porin  38.02 
 
 		 377 aa  178  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.198854 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  35.18 
 
 		 377 aa  178  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  35.39 
 
 		 363 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3218  porin  41 
 
 		 373 aa  178  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.819696  normal  0.0778047 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>