More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2933 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  100 
 
 		 379 aa  751    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  78.07 
 
 		 374 aa  547  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  77.11 
 
 		 368 aa  526  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  72.15 
 
 		 386 aa  523  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  72.15 
 
 		 386 aa  524  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  57.03 
 
 		 371 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  56.02 
 
 		 352 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  58.17 
 
 		 401 aa  385  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  55.04 
 
 		 368 aa  379  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  57.14 
 
 		 402 aa  372  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  56.56 
 
 		 379 aa  368  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  50.91 
 
 		 367 aa  347  2e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  50.79 
 
 		 355 aa  340  2e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  50.79 
 
 		 355 aa  340  2e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  49.87 
 
 		 355 aa  338  8e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  50.26 
 
 		 358 aa  331  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  49.2 
 
 		 355 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  50.52 
 
 		 354 aa  320  3e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  49.44 
 
 		 353 aa  312  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  46.29 
 
 		 362 aa  309  4e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  47.41 
 
 		 352 aa  299  7e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  44.74 
 
 		 356 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  44.44 
 
 		 383 aa  281  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  44.23 
 
 		 389 aa  279  6e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  43.91 
 
 		 383 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  43.9 
 
 		 383 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  43.9 
 
 		 383 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  46.21 
 
 		 383 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  42.43 
 
 		 392 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  42.43 
 
 		 392 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  43.9 
 
 		 383 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  43.75 
 
 		 377 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  43.29 
 
 		 351 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  42.4 
 
 		 386 aa  249  6e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  42.31 
 
 		 354 aa  248  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  42.31 
 
 		 354 aa  248  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  40.37 
 
 		 357 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  40.29 
 
 		 387 aa  246  6.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  42.51 
 
 		 353 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  41.32 
 
 		 393 aa  242  7.999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  45.72 
 
 		 273 aa  233  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  42.17 
 
 		 398 aa  233  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  39.74 
 
 		 361 aa  228  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  39.74 
 
 		 367 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  40.51 
 
 		 354 aa  224  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  40.05 
 
 		 387 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  40.29 
 
 		 388 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  39.95 
 
 		 387 aa  220  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  41.16 
 
 		 363 aa  220  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  39.27 
 
 		 391 aa  219  5e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  42.77 
 
 		 449 aa  219  6e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  40.21 
 
 		 386 aa  218  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  39.79 
 
 		 367 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  42.77 
 
 		 363 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  42.77 
 
 		 363 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  44.1 
 
 		 363 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  44.1 
 
 		 363 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  44.1 
 
 		 363 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  40.99 
 
 		 378 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  40.92 
 
 		 353 aa  216  8e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  38.99 
 
 		 358 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  41.16 
 
 		 392 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  41.59 
 
 		 363 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  41.46 
 
 		 363 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  41.46 
 
 		 363 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  40.85 
 
 		 363 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  41.16 
 
 		 363 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  40.61 
 
 		 363 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  37.72 
 
 		 385 aa  209  8e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  39.44 
 
 		 363 aa  203  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  38.64 
 
 		 365 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  38.81 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  37.05 
 
 		 357 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  38.01 
 
 		 371 aa  195  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  36.36 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  36.84 
 
 		 379 aa  192  9e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  38.31 
 
 		 383 aa  192  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  38.06 
 
 		 384 aa  192  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  37.53 
 
 		 363 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  37.8 
 
 		 384 aa  189  8e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1352  porin  36.59 
 
 		 377 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.198854 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  37.47 
 
 		 386 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  36.79 
 
 		 350 aa  187  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  38.93 
 
 		 372 aa  187  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  37.5 
 
 		 384 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  36.11 
 
 		 379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  36.11 
 
 		 379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  37.43 
 
 		 378 aa  184  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  37.53 
 
 		 377 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  37.53 
 
 		 377 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4539  porin  37.66 
 
 		 382 aa  182  8.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.516976  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  35.11 
 
 		 377 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  35.11 
 
 		 377 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  35.11 
 
 		 377 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  35.11 
 
 		 377 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  37.27 
 
 		 377 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  36.96 
 
 		 413 aa  179  7e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  36.48 
 
 		 386 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4265  porin Gram-negative type  34.03 
 
 		 348 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.505475 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6973  porin  36.52 
 
 		 376 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>