More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2863 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  100 
 
 		 374 aa  739    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  84.27 
 
 		 368 aa  551  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  77.81 
 
 		 379 aa  542  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  69.44 
 
 		 386 aa  494  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  69.44 
 
 		 386 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  59.75 
 
 		 402 aa  386  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  56.54 
 
 		 368 aa  385  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  56.74 
 
 		 371 aa  385  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  58.23 
 
 		 401 aa  375  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  55.56 
 
 		 352 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  56.75 
 
 		 379 aa  367  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  51.32 
 
 		 367 aa  345  7e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  52.09 
 
 		 354 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  50.67 
 
 		 355 aa  336  3.9999999999999995e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  50.67 
 
 		 355 aa  336  3.9999999999999995e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  50 
 
 		 355 aa  328  8e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  48.45 
 
 		 362 aa  322  6e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  50.84 
 
 		 353 aa  312  6.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  48.66 
 
 		 358 aa  311  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  47.97 
 
 		 355 aa  309  5e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  46.96 
 
 		 352 aa  293  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  42.78 
 
 		 383 aa  271  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  43.22 
 
 		 383 aa  270  4e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  43.39 
 
 		 377 aa  269  5.9999999999999995e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  43.36 
 
 		 356 aa  268  8e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  44.83 
 
 		 383 aa  269  8e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  42.79 
 
 		 389 aa  267  2e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  42.89 
 
 		 383 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  42.89 
 
 		 383 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  42.89 
 
 		 383 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  41.19 
 
 		 392 aa  259  4e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  41.19 
 
 		 392 aa  259  4e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  43.06 
 
 		 351 aa  253  3e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  44.01 
 
 		 354 aa  253  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  44.01 
 
 		 354 aa  253  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  41.71 
 
 		 357 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  41.94 
 
 		 386 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  42.55 
 
 		 353 aa  242  7e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  40.74 
 
 		 387 aa  239  4e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  41.22 
 
 		 393 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  45.82 
 
 		 273 aa  233  5e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  42.26 
 
 		 388 aa  230  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  42.06 
 
 		 361 aa  227  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  40.73 
 
 		 387 aa  226  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  39.62 
 
 		 398 aa  226  7e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  41.36 
 
 		 367 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  42.86 
 
 		 367 aa  223  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  42.43 
 
 		 378 aa  223  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  41.44 
 
 		 387 aa  222  7e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  40.2 
 
 		 385 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  39.69 
 
 		 354 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  40.38 
 
 		 358 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  42.35 
 
 		 353 aa  218  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  41.48 
 
 		 363 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  38.77 
 
 		 391 aa  215  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  41.6 
 
 		 363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  42.42 
 
 		 449 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  42.29 
 
 		 363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  41.6 
 
 		 363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  41.6 
 
 		 363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  42.29 
 
 		 363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  40.74 
 
 		 363 aa  209  8e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  41.43 
 
 		 363 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  41.74 
 
 		 392 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  41.18 
 
 		 363 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  41.74 
 
 		 363 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  39.27 
 
 		 386 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  41.74 
 
 		 363 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  38.42 
 
 		 365 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  41.74 
 
 		 363 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  38.5 
 
 		 363 aa  196  6e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  39.7 
 
 		 384 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  38.68 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  38.73 
 
 		 384 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  39.01 
 
 		 386 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  38.17 
 
 		 364 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  38.58 
 
 		 350 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  37.43 
 
 		 379 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  36.19 
 
 		 377 aa  189  9e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  36.19 
 
 		 377 aa  189  9e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  36.19 
 
 		 377 aa  189  9e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  36.19 
 
 		 377 aa  189  9e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  35.94 
 
 		 377 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  35.94 
 
 		 377 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  35.85 
 
 		 378 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  37.87 
 
 		 384 aa  187  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  38.27 
 
 		 386 aa  186  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  35.7 
 
 		 377 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  38.21 
 
 		 383 aa  185  9e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  36.5 
 
 		 379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  36.5 
 
 		 379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  38.27 
 
 		 371 aa  184  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1352  porin  38.87 
 
 		 377 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.198854 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  36.31 
 
 		 362 aa  183  5.0000000000000004e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  35.57 
 
 		 357 aa  182  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  37 
 
 		 372 aa  182  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5435  porin  39.12 
 
 		 385 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00368116  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  34.31 
 
 		 413 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  35.26 
 
 		 347 aa  180  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4842  porin  38.86 
 
 		 385 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>