More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3704 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  100 
 
 		 363 aa  731    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  82.19 
 
 		 365 aa  627  1e-179  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  78.85 
 
 		 364 aa  569  1e-161  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  68.32 
 
 		 363 aa  521  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  69.39 
 
 		 371 aa  494  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  66.28 
 
 		 372 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3809  porin  56.98 
 
 		 392 aa  387  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.261808  normal  0.302186 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  52.67 
 
 		 373 aa  368  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  52.8 
 
 		 375 aa  368  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1374  porin  49.57 
 
 		 368 aa  352  5.9999999999999994e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0265  porin  51.07 
 
 		 373 aa  347  2e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0179073  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1352  porin  50.55 
 
 		 377 aa  340  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.198854 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4539  porin  50.29 
 
 		 382 aa  337  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.516976  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02151  porin signal peptide protein  47.98 
 
 		 374 aa  317  2e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0181  outer membrane protein (porin)  46.11 
 
 		 385 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5460  porin  46.67 
 
 		 382 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.376591 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6973  porin  48.26 
 
 		 376 aa  311  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0054  outer membrane protein (porin)  46.2 
 
 		 382 aa  311  1e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.914863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4912  porin  46.39 
 
 		 382 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.203081  normal  0.725846 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4019  porin Gram-negative type  45.19 
 
 		 379 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000808591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  46.26 
 
 		 379 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  46.26 
 
 		 379 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4597  porin  46.67 
 
 		 382 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000189593 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3218  porin  45.83 
 
 		 373 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.819696  normal  0.0778047 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5632  porin  46.67 
 
 		 382 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0304788  decreased coverage  0.00129343 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5227  porin  46.67 
 
 		 382 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0143813  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3196  outer membrane protein (porin)  46.43 
 
 		 361 aa  298  8e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00143868  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0633  putative outer membrane porin  46.26 
 
 		 379 aa  296  4e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1796  putative outer membrane porin  46.26 
 
 		 379 aa  296  4e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0933184  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0832  putative outer membrane porin  46.26 
 
 		 379 aa  296  4e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4878  porin  44.78 
 
 		 382 aa  293  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0416  outer membrane protein (porin)  46.01 
 
 		 364 aa  290  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.441779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5128  outer membrane protein (porin)  46.7 
 
 		 364 aa  289  6e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3528  OmpC family outer membrane porin  45.03 
 
 		 372 aa  288  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4595  outer membrane protein (porin)  45.6 
 
 		 364 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1076  outer membrane protein (porin)  45.19 
 
 		 362 aa  281  9e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0592135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1076  outer membrane protein (porin)  44.9 
 
 		 362 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.441264  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2109  outer membrane protein (porin)  44.54 
 
 		 362 aa  277  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  40.27 
 
 		 354 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  41.38 
 
 		 355 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  41.38 
 
 		 355 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  37.18 
 
 		 371 aa  209  9e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  39.68 
 
 		 355 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  37.66 
 
 		 367 aa  206  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  38.38 
 
 		 386 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  40 
 
 		 355 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  40.51 
 
 		 352 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  39.58 
 
 		 362 aa  203  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  40.06 
 
 		 351 aa  203  4e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  38.12 
 
 		 386 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  39.12 
 
 		 353 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  39.2 
 
 		 353 aa  197  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  38.54 
 
 		 352 aa  197  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  40.93 
 
 		 387 aa  196  6e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  38.5 
 
 		 374 aa  196  8.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  38.79 
 
 		 356 aa  195  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  39.5 
 
 		 388 aa  195  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  37.53 
 
 		 379 aa  189  8e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  38.77 
 
 		 377 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  37.05 
 
 		 368 aa  187  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  37.23 
 
 		 401 aa  186  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  38.5 
 
 		 398 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  37.53 
 
 		 368 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  35.43 
 
 		 358 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  38.02 
 
 		 386 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  37.14 
 
 		 357 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  37.77 
 
 		 402 aa  176  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  37.35 
 
 		 393 aa  175  9e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  35.82 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  35.82 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  34.73 
 
 		 383 aa  173  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  34.06 
 
 		 392 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  34.06 
 
 		 392 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  35.75 
 
 		 379 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  34.29 
 
 		 383 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  38.44 
 
 		 391 aa  168  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  37.93 
 
 		 387 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  38.05 
 
 		 273 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  36.05 
 
 		 386 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  36.27 
 
 		 367 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  34.76 
 
 		 383 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  33.73 
 
 		 389 aa  163  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  36.26 
 
 		 367 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  34.9 
 
 		 357 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  32.47 
 
 		 383 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  32.47 
 
 		 383 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  32.21 
 
 		 383 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  34.11 
 
 		 363 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  37.28 
 
 		 387 aa  159  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  35.66 
 
 		 376 aa  155  8e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  35.83 
 
 		 353 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  35.2 
 
 		 350 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  34.46 
 
 		 360 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  36.03 
 
 		 384 aa  153  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  35.77 
 
 		 383 aa  153  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  36.06 
 
 		 376 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  34.67 
 
 		 384 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  35.25 
 
 		 354 aa  150  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4416  porin Gram-negative type  35.25 
 
 		 354 aa  150  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  34.63 
 
 		 354 aa  149  9e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>