More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2059 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  100 
 
 		 351 aa  701    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  74.26 
 
 		 353 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  63.69 
 
 		 377 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  48.58 
 
 		 354 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  47.83 
 
 		 353 aa  293  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  46.22 
 
 		 354 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  46.22 
 
 		 354 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  44.38 
 
 		 357 aa  273  3e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  44.31 
 
 		 352 aa  273  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  42.42 
 
 		 367 aa  268  7e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  44.38 
 
 		 355 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  44.44 
 
 		 401 aa  261  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  43.7 
 
 		 352 aa  259  4e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  40.73 
 
 		 355 aa  256  5e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  43.38 
 
 		 355 aa  255  7e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  43.38 
 
 		 355 aa  255  7e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  42.9 
 
 		 374 aa  251  9.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  44.04 
 
 		 402 aa  250  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  44.08 
 
 		 358 aa  249  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  43.75 
 
 		 383 aa  248  8e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  42.31 
 
 		 379 aa  247  3e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  44.12 
 
 		 371 aa  247  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  42.36 
 
 		 386 aa  243  3e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  44.41 
 
 		 356 aa  242  7e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  42.36 
 
 		 386 aa  242  7.999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  46.73 
 
 		 368 aa  241  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  41.55 
 
 		 383 aa  239  4e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  46.89 
 
 		 273 aa  238  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  41.02 
 
 		 383 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  41.02 
 
 		 383 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  40.75 
 
 		 383 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  40.44 
 
 		 362 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  40.75 
 
 		 383 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  41.62 
 
 		 379 aa  233  5e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  41.83 
 
 		 363 aa  218  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  41.69 
 
 		 372 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  40.6 
 
 		 365 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  37.85 
 
 		 393 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  42.24 
 
 		 371 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  40.16 
 
 		 368 aa  212  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4878  porin  41.39 
 
 		 382 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  39.37 
 
 		 379 aa  205  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  39.37 
 
 		 379 aa  205  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  41.21 
 
 		 364 aa  204  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  40.06 
 
 		 363 aa  203  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_003296  RS02151  porin signal peptide protein  40.34 
 
 		 374 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  37.22 
 
 		 358 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  38.04 
 
 		 367 aa  200  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4019  porin Gram-negative type  41.5 
 
 		 379 aa  199  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000808591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  37.37 
 
 		 386 aa  199  7e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  36.99 
 
 		 354 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6666  outer membrane protein (porin)  38.83 
 
 		 373 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16051  normal  0.0897495 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0633  putative outer membrane porin  39.37 
 
 		 379 aa  196  7e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1796  putative outer membrane porin  39.37 
 
 		 379 aa  196  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0933184  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0832  putative outer membrane porin  39.37 
 
 		 379 aa  196  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3528  OmpC family outer membrane porin  38.67 
 
 		 372 aa  196  7e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  38.21 
 
 		 387 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6973  porin  39.3 
 
 		 376 aa  194  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3218  porin  38.34 
 
 		 373 aa  194  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.819696  normal  0.0778047 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  35.41 
 
 		 392 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1352  porin  39.67 
 
 		 377 aa  193  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.198854 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  35.41 
 
 		 392 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  39.83 
 
 		 373 aa  193  4e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  36.74 
 
 		 363 aa  193  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  36.59 
 
 		 386 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  35.77 
 
 		 387 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  37.05 
 
 		 388 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  38.1 
 
 		 378 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0054  outer membrane protein (porin)  38.78 
 
 		 382 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.914863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  36.84 
 
 		 361 aa  190  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5460  porin  38.8 
 
 		 382 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.376591 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  36.73 
 
 		 387 aa  189  5e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  35.1 
 
 		 389 aa  188  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4912  porin  38.52 
 
 		 382 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.203081  normal  0.725846 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0181  outer membrane protein (porin)  37.56 
 
 		 385 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  37.14 
 
 		 363 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  38.34 
 
 		 391 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  35.83 
 
 		 363 aa  187  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  36.96 
 
 		 363 aa  186  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  35.56 
 
 		 363 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  35.56 
 
 		 363 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  35.83 
 
 		 449 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  35.56 
 
 		 363 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  35.56 
 
 		 363 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  35.56 
 
 		 363 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  36.99 
 
 		 363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  36.78 
 
 		 392 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  36.71 
 
 		 363 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  36.71 
 
 		 363 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  38.37 
 
 		 353 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2109  outer membrane protein (porin)  38.15 
 
 		 362 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0416  outer membrane protein (porin)  38.72 
 
 		 364 aa  179  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.441779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5227  porin  37.98 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0143813  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5632  porin  37.98 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0304788  decreased coverage  0.00129343 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4597  porin  37.98 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000189593 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  38.63 
 
 		 381 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5128  outer membrane protein (porin)  38.27 
 
 		 364 aa  176  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3196  outer membrane protein (porin)  35.93 
 
 		 361 aa  175  9e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00143868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  36.48 
 
 		 398 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4595  outer membrane protein (porin)  38.19 
 
 		 364 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133137  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>