More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4230 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  100 
 
 		 379 aa  758    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  72.11 
 
 		 371 aa  542  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  71.92 
 
 		 368 aa  526  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  57.49 
 
 		 402 aa  382  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  56.4 
 
 		 401 aa  378  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  56.64 
 
 		 379 aa  373  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  57.1 
 
 		 374 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  54.07 
 
 		 352 aa  360  2e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  57.22 
 
 		 368 aa  359  4e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  52.72 
 
 		 386 aa  358  9e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  52.72 
 
 		 386 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  52.19 
 
 		 358 aa  351  1e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  51.97 
 
 		 355 aa  337  2.9999999999999997e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  50.26 
 
 		 355 aa  330  3e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  50.26 
 
 		 355 aa  330  3e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  50.68 
 
 		 355 aa  323  3e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  46.25 
 
 		 362 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  45.97 
 
 		 367 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  49.86 
 
 		 353 aa  298  8e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  47.03 
 
 		 354 aa  296  5e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  45.55 
 
 		 383 aa  290  3e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  47.7 
 
 		 352 aa  287  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  44.7 
 
 		 383 aa  279  5e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  44.36 
 
 		 383 aa  276  5e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  43.83 
 
 		 383 aa  272  7e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  43.83 
 
 		 383 aa  272  7e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  42.51 
 
 		 356 aa  272  9e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  43.83 
 
 		 383 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  43.49 
 
 		 354 aa  255  8e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  43.49 
 
 		 354 aa  255  8e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  42.71 
 
 		 377 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  41.3 
 
 		 357 aa  249  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  42.27 
 
 		 351 aa  239  4e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  41.81 
 
 		 392 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  41.81 
 
 		 392 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  40.53 
 
 		 389 aa  236  4e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  40.35 
 
 		 387 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  40.44 
 
 		 386 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  40.83 
 
 		 398 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  41.08 
 
 		 353 aa  227  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  39.95 
 
 		 379 aa  226  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  37.66 
 
 		 363 aa  225  9e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  37.66 
 
 		 363 aa  225  9e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  37.66 
 
 		 363 aa  225  9e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  38.63 
 
 		 393 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  37.66 
 
 		 363 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  37.66 
 
 		 363 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  37.66 
 
 		 449 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  39.38 
 
 		 387 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  36.99 
 
 		 358 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  37.4 
 
 		 363 aa  216  5e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  38.01 
 
 		 387 aa  215  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  38.89 
 
 		 385 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  43.39 
 
 		 273 aa  214  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  37.99 
 
 		 388 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  38.32 
 
 		 378 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  38.16 
 
 		 377 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  38.16 
 
 		 377 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  38.16 
 
 		 377 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  37.89 
 
 		 377 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  37.89 
 
 		 377 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  36.93 
 
 		 413 aa  212  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  37.89 
 
 		 377 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  37.89 
 
 		 377 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  36.57 
 
 		 361 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  40.99 
 
 		 378 aa  210  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  35.44 
 
 		 363 aa  210  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  38.21 
 
 		 367 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  37.27 
 
 		 363 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  37.07 
 
 		 363 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  37.47 
 
 		 373 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  37.47 
 
 		 373 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  37.47 
 
 		 373 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  37.08 
 
 		 354 aa  205  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  37.53 
 
 		 386 aa  203  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  37.74 
 
 		 384 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  37.74 
 
 		 384 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  37.13 
 
 		 392 aa  199  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  36.46 
 
 		 363 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  38.94 
 
 		 391 aa  199  7.999999999999999e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  37.47 
 
 		 373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  37.47 
 
 		 373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  38.8 
 
 		 353 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  36.07 
 
 		 363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  36.07 
 
 		 363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  37.5 
 
 		 383 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  37.63 
 
 		 363 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  38.15 
 
 		 365 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  38.48 
 
 		 384 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  38.67 
 
 		 367 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  37.97 
 
 		 362 aa  188  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  38.2 
 
 		 386 aa  187  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  37.8 
 
 		 386 aa  187  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  39.34 
 
 		 384 aa  186  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  36.1 
 
 		 384 aa  184  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  35.89 
 
 		 376 aa  182  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  37.26 
 
 		 350 aa  182  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  38.16 
 
 		 364 aa  179  7e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  37.92 
 
 		 381 aa  179  7e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  36.62 
 
 		 363 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>