More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5999 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007971  Rmet_5999  porin  100 
 
 		 352 aa  711    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  48.48 
 
 		 355 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  48.48 
 
 		 355 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  48.31 
 
 		 354 aa  317  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  49.71 
 
 		 355 aa  312  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  47.77 
 
 		 355 aa  309  4e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  49.44 
 
 		 377 aa  307  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  46.42 
 
 		 367 aa  305  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  50 
 
 		 368 aa  296  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  47.93 
 
 		 401 aa  296  3e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  47.06 
 
 		 386 aa  293  4e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  44.84 
 
 		 362 aa  292  5e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  46.85 
 
 		 379 aa  291  9e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  46.3 
 
 		 371 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  46.79 
 
 		 386 aa  290  2e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  46.67 
 
 		 374 aa  289  4e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  46.13 
 
 		 402 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  45.05 
 
 		 354 aa  286  5e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  45.05 
 
 		 354 aa  286  5e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  47.45 
 
 		 353 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  47.62 
 
 		 353 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  42.69 
 
 		 357 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  44.88 
 
 		 356 aa  280  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  43.45 
 
 		 352 aa  278  9e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  47.22 
 
 		 379 aa  277  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  44.31 
 
 		 351 aa  273  3e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  45.63 
 
 		 368 aa  273  3e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  42.86 
 
 		 383 aa  271  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  41.87 
 
 		 383 aa  265  7e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  41.87 
 
 		 383 aa  265  7e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  43.7 
 
 		 383 aa  264  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  41.87 
 
 		 383 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  41.6 
 
 		 383 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  40.87 
 
 		 358 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  39.64 
 
 		 387 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  45.09 
 
 		 273 aa  225  7e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  38.46 
 
 		 367 aa  222  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  39.85 
 
 		 386 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  37.69 
 
 		 388 aa  216  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  36.96 
 
 		 354 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  38.52 
 
 		 387 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  38.83 
 
 		 391 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  36.84 
 
 		 389 aa  208  9e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  38.4 
 
 		 398 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  40.4 
 
 		 363 aa  205  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  36.07 
 
 		 392 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  36.07 
 
 		 392 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  37.47 
 
 		 393 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  37.11 
 
 		 387 aa  203  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  40.68 
 
 		 364 aa  202  7e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  39.62 
 
 		 365 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  40.35 
 
 		 372 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  37.32 
 
 		 353 aa  200  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  37.94 
 
 		 367 aa  199  7e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  37.6 
 
 		 378 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  37.63 
 
 		 386 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  38.92 
 
 		 363 aa  193  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  40.56 
 
 		 371 aa  192  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  34.49 
 
 		 379 aa  189  8e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  35.33 
 
 		 361 aa  186  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  36.01 
 
 		 379 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  33.51 
 
 		 358 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  35.15 
 
 		 363 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  35.15 
 
 		 363 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  35.15 
 
 		 449 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  34.88 
 
 		 363 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  35.73 
 
 		 350 aa  179  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  34.43 
 
 		 363 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  34.43 
 
 		 363 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  34.43 
 
 		 363 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  34.43 
 
 		 363 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  34.47 
 
 		 379 aa  175  8e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  34.47 
 
 		 379 aa  175  8e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  33.85 
 
 		 384 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  36.73 
 
 		 413 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1352  porin  36.44 
 
 		 377 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.198854 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6666  outer membrane protein (porin)  34.71 
 
 		 373 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16051  normal  0.0897495 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5230  outer membrane protein, (porin)  37.75 
 
 		 348 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  34.59 
 
 		 381 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  33.24 
 
 		 392 aa  169  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0181  outer membrane protein (porin)  35.88 
 
 		 385 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  35.37 
 
 		 382 aa  169  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3528  OmpC family outer membrane porin  35.37 
 
 		 372 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  35.81 
 
 		 381 aa  169  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  34.32 
 
 		 363 aa  169  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  33.52 
 
 		 363 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  33.62 
 
 		 363 aa  168  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  34.55 
 
 		 378 aa  166  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  35.03 
 
 		 362 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  32.95 
 
 		 363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  32.95 
 
 		 363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  35.53 
 
 		 373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  35.53 
 
 		 373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  35.53 
 
 		 373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2400  OmpC family outer membrane porin  34.07 
 
 		 390 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0762385  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02151  porin signal peptide protein  35.29 
 
 		 374 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  35.87 
 
 		 386 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  35.87 
 
 		 386 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  35.87 
 
 		 386 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  34.38 
 
 		 377 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>