More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4962 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  100 
 
 		 354 aa  714    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  100 
 
 		 354 aa  714    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  76.83 
 
 		 357 aa  544  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  45.07 
 
 		 352 aa  288  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  44.17 
 
 		 367 aa  288  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  46.39 
 
 		 351 aa  286  5e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  46.24 
 
 		 353 aa  281  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  43.3 
 
 		 355 aa  276  4e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  43.3 
 
 		 355 aa  276  4e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  44.28 
 
 		 377 aa  275  7e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  43.54 
 
 		 354 aa  272  6e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  42.2 
 
 		 355 aa  270  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  44.6 
 
 		 352 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  44.44 
 
 		 353 aa  267  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  42.5 
 
 		 401 aa  264  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  41.79 
 
 		 355 aa  262  4.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  42.18 
 
 		 383 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  42.18 
 
 		 383 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  43.21 
 
 		 402 aa  260  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  40.43 
 
 		 383 aa  260  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  41.62 
 
 		 383 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  40.5 
 
 		 383 aa  259  6e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  42.01 
 
 		 383 aa  258  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  44.01 
 
 		 374 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  43.02 
 
 		 379 aa  250  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  43.79 
 
 		 368 aa  249  7e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  39.39 
 
 		 362 aa  248  8e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  42.39 
 
 		 371 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  42.03 
 
 		 379 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  41.13 
 
 		 386 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  41.13 
 
 		 386 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  39.42 
 
 		 356 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  39.44 
 
 		 358 aa  229  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  39.63 
 
 		 368 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  40.44 
 
 		 358 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  40.29 
 
 		 273 aa  203  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  39.14 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  36.58 
 
 		 387 aa  196  7e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4019  porin Gram-negative type  41.76 
 
 		 379 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000808591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  38.36 
 
 		 350 aa  194  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  36.16 
 
 		 393 aa  193  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  38.55 
 
 		 361 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  37.37 
 
 		 379 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  37.53 
 
 		 363 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  37.37 
 
 		 379 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  37.18 
 
 		 363 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  38.42 
 
 		 363 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  37.93 
 
 		 392 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  38.38 
 
 		 363 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  34.99 
 
 		 389 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  36.75 
 
 		 388 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  36.87 
 
 		 363 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  35.81 
 
 		 386 aa  184  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  36.87 
 
 		 363 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  36.87 
 
 		 363 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  36.87 
 
 		 363 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  36.87 
 
 		 363 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  35.97 
 
 		 387 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  34.5 
 
 		 392 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  34.5 
 
 		 392 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  35.31 
 
 		 391 aa  182  6e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  36.87 
 
 		 449 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0633  putative outer membrane porin  37.93 
 
 		 379 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1796  putative outer membrane porin  37.93 
 
 		 379 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0933184  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  37.93 
 
 		 363 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0832  putative outer membrane porin  37.93 
 
 		 379 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  35.81 
 
 		 398 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  37.98 
 
 		 363 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  38.07 
 
 		 363 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  36.72 
 
 		 365 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  38.53 
 
 		 363 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  38.53 
 
 		 363 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  35.93 
 
 		 367 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  38.89 
 
 		 371 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  35.41 
 
 		 386 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0181  outer membrane protein (porin)  36.99 
 
 		 385 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5460  porin  36.71 
 
 		 382 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.376591 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  35.82 
 
 		 363 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4912  porin  36.44 
 
 		 382 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.203081  normal  0.725846 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  34.05 
 
 		 354 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  37.4 
 
 		 383 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0812  OmpC family outer membrane porin  36.91 
 
 		 388 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0416  outer membrane protein (porin)  39 
 
 		 364 aa  172  9e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.441779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2109  outer membrane protein (porin)  38.31 
 
 		 362 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  37.21 
 
 		 372 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0054  outer membrane protein (porin)  36.26 
 
 		 382 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.914863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5128  outer membrane protein (porin)  39.06 
 
 		 364 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3809  porin  36.11 
 
 		 392 aa  172  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.261808  normal  0.302186 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  35.84 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  35.57 
 
 		 367 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3218  porin  37.2 
 
 		 373 aa  170  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.819696  normal  0.0778047 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4595  outer membrane protein (porin)  39.06 
 
 		 364 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  36.76 
 
 		 373 aa  169  7e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  33.77 
 
 		 379 aa  169  8e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  35.48 
 
 		 384 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  36.95 
 
 		 384 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3196  outer membrane protein (porin)  38.38 
 
 		 361 aa  167  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00143868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5227  porin  37.33 
 
 		 382 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0143813  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5632  porin  37.33 
 
 		 382 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0304788  decreased coverage  0.00129343 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4597  porin  37.33 
 
 		 382 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000189593 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>