More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4239 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  100 
 
 		 377 aa  759    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  62.71 
 
 		 353 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  65.76 
 
 		 351 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  48.59 
 
 		 354 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  51.92 
 
 		 353 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  50.89 
 
 		 352 aa  304  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  47.51 
 
 		 355 aa  289  6e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  47.51 
 
 		 355 aa  289  6e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  46.8 
 
 		 355 aa  287  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  45.38 
 
 		 355 aa  279  7e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  43.28 
 
 		 367 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  44.85 
 
 		 352 aa  270  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  44.58 
 
 		 354 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  44.58 
 
 		 354 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  46.03 
 
 		 371 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  43.34 
 
 		 383 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  42.3 
 
 		 357 aa  264  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  41.21 
 
 		 362 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  44.62 
 
 		 401 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  42.23 
 
 		 383 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  44.41 
 
 		 356 aa  263  4e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  42.23 
 
 		 383 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  43.41 
 
 		 402 aa  261  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  41.69 
 
 		 383 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  41.41 
 
 		 383 aa  259  4e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  43.73 
 
 		 374 aa  258  1e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  44.11 
 
 		 379 aa  257  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  45.76 
 
 		 368 aa  257  3e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  40.6 
 
 		 383 aa  250  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  47.99 
 
 		 273 aa  248  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  44.63 
 
 		 358 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  42.47 
 
 		 386 aa  239  4e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  42.47 
 
 		 386 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  42.3 
 
 		 379 aa  239  5.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  38.75 
 
 		 392 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  38.75 
 
 		 392 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  40.85 
 
 		 368 aa  233  5e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  37.91 
 
 		 389 aa  227  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  40.36 
 
 		 387 aa  225  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  38.99 
 
 		 393 aa  218  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  37.76 
 
 		 388 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  38.21 
 
 		 358 aa  212  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  39.44 
 
 		 386 aa  209  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  40.7 
 
 		 372 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  40.86 
 
 		 391 aa  206  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  36.44 
 
 		 354 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  37.3 
 
 		 367 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  37.79 
 
 		 387 aa  204  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  39.36 
 
 		 398 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  37.76 
 
 		 387 aa  199  6e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  37.84 
 
 		 386 aa  199  9e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  39.08 
 
 		 363 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  39.52 
 
 		 365 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  37.04 
 
 		 378 aa  195  8.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  40.63 
 
 		 367 aa  195  9e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  38.07 
 
 		 361 aa  195  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  39.83 
 
 		 371 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02151  porin signal peptide protein  40.91 
 
 		 374 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  37.19 
 
 		 381 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  37.01 
 
 		 381 aa  188  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  34.76 
 
 		 363 aa  186  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  35.14 
 
 		 449 aa  186  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  39.32 
 
 		 363 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  35.29 
 
 		 363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  35.29 
 
 		 363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  35.29 
 
 		 363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  37.05 
 
 		 384 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  36.44 
 
 		 382 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  39.88 
 
 		 362 aa  182  7e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  35.29 
 
 		 363 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  35.75 
 
 		 363 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  35.29 
 
 		 363 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4878  porin  39.39 
 
 		 382 aa  182  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  36.44 
 
 		 350 aa  182  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0181  outer membrane protein (porin)  37.23 
 
 		 385 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  34.57 
 
 		 392 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3528  OmpC family outer membrane porin  34.66 
 
 		 372 aa  179  8e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  38.35 
 
 		 364 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  35.37 
 
 		 379 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4019  porin Gram-negative type  37.07 
 
 		 379 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000808591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  35.37 
 
 		 379 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  37.87 
 
 		 373 aa  177  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  34.97 
 
 		 363 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0416  outer membrane protein (porin)  34.7 
 
 		 364 aa  175  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.441779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  36.11 
 
 		 385 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  34.88 
 
 		 363 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4539  porin  37.36 
 
 		 382 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.516976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5128  outer membrane protein (porin)  35.79 
 
 		 364 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3043  outer membrane protein  36.07 
 
 		 379 aa  173  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000337977  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2089  outer membrane porin, putative  36.07 
 
 		 379 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3009  outer membrane porin  36.07 
 
 		 379 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205234  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1957  putative outer membrane porin  36.07 
 
 		 379 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2943  outer membrane porin  36.07 
 
 		 379 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4595  outer membrane protein (porin)  34.97 
 
 		 364 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133137  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0633  putative outer membrane porin  35.14 
 
 		 379 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0832  putative outer membrane porin  35.14 
 
 		 379 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1796  putative outer membrane porin  35.14 
 
 		 379 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0933184  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  34.12 
 
 		 379 aa  170  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  34.3 
 
 		 363 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  36.34 
 
 		 353 aa  170  5e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>