More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5504 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  100 
 
 		 379 aa  763    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  47.47 
 
 		 387 aa  327  3e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  46.21 
 
 		 387 aa  325  7e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  44.64 
 
 		 398 aa  315  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  44.96 
 
 		 388 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  46.19 
 
 		 387 aa  311  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  43.85 
 
 		 393 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  42.42 
 
 		 391 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  43.58 
 
 		 386 aa  298  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  43.61 
 
 		 389 aa  297  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  42.79 
 
 		 392 aa  293  4e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  42.79 
 
 		 392 aa  293  4e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  44.56 
 
 		 386 aa  289  7e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  42.67 
 
 		 378 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  42.02 
 
 		 381 aa  278  9e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  41.39 
 
 		 384 aa  276  5e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  40.62 
 
 		 382 aa  269  5e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  42.23 
 
 		 381 aa  268  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  45.18 
 
 		 362 aa  266  5.999999999999999e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  41.08 
 
 		 367 aa  256  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  36.62 
 
 		 385 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  37.08 
 
 		 367 aa  217  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  33.24 
 
 		 357 aa  205  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  35.22 
 
 		 352 aa  203  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  35.2 
 
 		 354 aa  199  7.999999999999999e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  35.79 
 
 		 355 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  35.79 
 
 		 355 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  36.16 
 
 		 353 aa  190  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  34.89 
 
 		 356 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  34.49 
 
 		 352 aa  186  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  35.11 
 
 		 355 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  33.77 
 
 		 362 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  34.84 
 
 		 355 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  34.75 
 
 		 401 aa  180  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  34.41 
 
 		 386 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  35.45 
 
 		 402 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1274  porin  30.95 
 
 		 359 aa  178  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.688217  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2917  outer membrane porin  30.95 
 
 		 359 aa  178  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  34.41 
 
 		 386 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3041  outer membrane porin  31.96 
 
 		 359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  34.63 
 
 		 368 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  33.76 
 
 		 383 aa  172  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1952  putative outer membrane porin  31.48 
 
 		 359 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.832177  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  34.01 
 
 		 367 aa  172  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1256  putative outer membrane porin  31.48 
 
 		 359 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2230  putative outer membrane porin  31.48 
 
 		 359 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.856101  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0969  putative outer membrane porin  31.48 
 
 		 359 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.449227  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  34.12 
 
 		 377 aa  170  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  33.24 
 
 		 374 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2236  porin  31.48 
 
 		 359 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  32.64 
 
 		 354 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  33.97 
 
 		 368 aa  167  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  34.27 
 
 		 354 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  34.27 
 
 		 354 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  32.12 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  32.26 
 
 		 379 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  35.39 
 
 		 351 aa  163  6e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  33.08 
 
 		 383 aa  159  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  32.11 
 
 		 361 aa  159  7e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  32.56 
 
 		 383 aa  158  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  34.46 
 
 		 350 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  32.2 
 
 		 383 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  32.2 
 
 		 383 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  34.32 
 
 		 376 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  33.7 
 
 		 353 aa  155  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  34.32 
 
 		 376 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  31.68 
 
 		 383 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  33.16 
 
 		 379 aa  151  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  31.63 
 
 		 371 aa  151  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  34.03 
 
 		 364 aa  150  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  34.07 
 
 		 376 aa  150  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  31.52 
 
 		 358 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  30.27 
 
 		 357 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  33.92 
 
 		 365 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  33.85 
 
 		 363 aa  142  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  31.04 
 
 		 392 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  31.88 
 
 		 363 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  32.32 
 
 		 353 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3798  porin  33.08 
 
 		 375 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0973702 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  32.79 
 
 		 372 aa  139  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  33.08 
 
 		 413 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  31.28 
 
 		 379 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2227  porin Gram-negative type  32.32 
 
 		 387 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0459424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6973  porin  32.58 
 
 		 376 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4640  porin  32.58 
 
 		 375 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3723  porin  32.58 
 
 		 375 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0948757 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  31.36 
 
 		 379 aa  135  9e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  31.36 
 
 		 379 aa  135  9e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  32.35 
 
 		 384 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2385  outer membrane protein (porin)  32.23 
 
 		 375 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  32.08 
 
 		 384 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  30.5 
 
 		 363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  30.5 
 
 		 363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  30.5 
 
 		 363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  30.5 
 
 		 449 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  30.5 
 
 		 363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  30.5 
 
 		 363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  33.07 
 
 		 363 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1250  OmpC family outer membrane porin  31.41 
 
 		 376 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.748402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  31.15 
 
 		 378 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>