More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1733 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1733  porin  100 
 
 
398 aa  803    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  62.06 
 
 
387 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  59.55 
 
 
388 aa  483  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  60.2 
 
 
393 aa  466  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  62.01 
 
 
387 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  58 
 
 
391 aa  441  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  56.38 
 
 
387 aa  432  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  55.36 
 
 
386 aa  424  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  56.08 
 
 
386 aa  402  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  48.79 
 
 
392 aa  346  5e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  48.79 
 
 
392 aa  346  5e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  48.06 
 
 
389 aa  342  5.999999999999999e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  48.5 
 
 
378 aa  324  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  52.62 
 
 
362 aa  323  4e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  44.64 
 
 
379 aa  315  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  47.65 
 
 
384 aa  310  4e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  46.8 
 
 
381 aa  300  3e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  44.69 
 
 
367 aa  286  4e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  46.89 
 
 
381 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  44.83 
 
 
382 aa  282  6.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  43.07 
 
 
385 aa  258  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  42.37 
 
 
402 aa  243  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  42.04 
 
 
354 aa  243  5e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  40.26 
 
 
356 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  40.73 
 
 
401 aa  234  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  38.73 
 
 
371 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  38.69 
 
 
352 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  38.64 
 
 
353 aa  227  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  37.77 
 
 
368 aa  226  4e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  39.24 
 
 
386 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  39.24 
 
 
386 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  39.32 
 
 
383 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  42.17 
 
 
379 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  39.62 
 
 
374 aa  214  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  40.2 
 
 
368 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  40.31 
 
 
379 aa  212  9e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  35.31 
 
 
357 aa  208  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  38.31 
 
 
355 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  38.14 
 
 
355 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  38.14 
 
 
355 aa  208  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  36.86 
 
 
362 aa  207  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  38.64 
 
 
352 aa  202  7e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  39.36 
 
 
377 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  36.98 
 
 
355 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  37.01 
 
 
383 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  36.91 
 
 
367 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  36.14 
 
 
354 aa  198  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  35.37 
 
 
383 aa  197  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  34.62 
 
 
383 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  34.38 
 
 
383 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  34.38 
 
 
383 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  36.25 
 
 
358 aa  192  9e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  35.04 
 
 
367 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  38.88 
 
 
365 aa  182  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  38.31 
 
 
363 aa  180  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  36.57 
 
 
350 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  37.02 
 
 
364 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  36.1 
 
 
363 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  33.58 
 
 
358 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  35.09 
 
 
354 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  35.09 
 
 
354 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  38.32 
 
 
363 aa  173  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  33.75 
 
 
357 aa  172  9e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  34.97 
 
 
386 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  33.57 
 
 
386 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  34.97 
 
 
386 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  35.19 
 
 
376 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  33.57 
 
 
386 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5348  porin  34.62 
 
 
388 aa  170  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.118369 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1937  porin  34.15 
 
 
386 aa  170  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0139631 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  34.43 
 
 
363 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  34.43 
 
 
363 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  34.73 
 
 
386 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  34.43 
 
 
363 aa  170  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  34.43 
 
 
363 aa  170  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  34.43 
 
 
363 aa  170  5e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  34.43 
 
 
449 aa  170  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  36.76 
 
 
351 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  32.36 
 
 
363 aa  169  8e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  34.04 
 
 
386 aa  169  9e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  33.67 
 
 
361 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  34.71 
 
 
376 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  36.92 
 
 
371 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  34.26 
 
 
363 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1674  putative outer membrane porin  36.04 
 
 
411 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264148  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1698  putative outer membrane porin  36.04 
 
 
384 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0554  putative outer membrane porin  36.04 
 
 
384 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.830781  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1882  putative outer membrane porin  36.04 
 
 
384 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.400971  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  32.71 
 
 
390 aa  166  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2277  outer membrane porin  36.04 
 
 
384 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0745  outer membrane porin  36.04 
 
 
430 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.812329  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2416  outer membrane porin  36.04 
 
 
430 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163493  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  38.07 
 
 
353 aa  166  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  34.18 
 
 
363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  35.38 
 
 
353 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2917  outer membrane porin  32.67 
 
 
359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1274  porin  32.67 
 
 
359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.688217  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  34.6 
 
 
392 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0969  putative outer membrane porin  32.18 
 
 
359 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.449227  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2230  putative outer membrane porin  32.18 
 
 
359 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.856101  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>