More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5288 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  100 
 
 		 386 aa  779    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  74.42 
 
 		 386 aa  598  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  64.95 
 
 		 388 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  62.89 
 
 		 387 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  62.94 
 
 		 393 aa  494  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  65.67 
 
 		 387 aa  488  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  59.9 
 
 		 391 aa  468  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  58.38 
 
 		 387 aa  451  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  55.53 
 
 		 398 aa  414  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  48.67 
 
 		 389 aa  319  6e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  47.97 
 
 		 378 aa  312  5.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  47.46 
 
 		 392 aa  311  9e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  47.46 
 
 		 392 aa  311  9e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  50.6 
 
 		 362 aa  302  8.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  44.16 
 
 		 379 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  44.88 
 
 		 381 aa  276  5e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  43 
 
 		 384 aa  272  7e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  45.24 
 
 		 381 aa  266  5.999999999999999e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  43.27 
 
 		 382 aa  262  6e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  41.88 
 
 		 367 aa  262  8.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  41.12 
 
 		 385 aa  248  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  40.66 
 
 		 356 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  39.37 
 
 		 401 aa  229  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  41.03 
 
 		 354 aa  229  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  39.39 
 
 		 355 aa  222  8e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  40.16 
 
 		 402 aa  219  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  37.38 
 
 		 362 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  39.07 
 
 		 352 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  40.27 
 
 		 368 aa  216  5e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  39.79 
 
 		 379 aa  215  9e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  40.62 
 
 		 353 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  36.75 
 
 		 371 aa  213  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  39.53 
 
 		 355 aa  212  7e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  40.56 
 
 		 383 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  40.56 
 
 		 383 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  40 
 
 		 383 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  37.25 
 
 		 368 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  38.89 
 
 		 383 aa  205  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  37.4 
 
 		 377 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  38.36 
 
 		 383 aa  204  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  37.47 
 
 		 352 aa  203  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  37.03 
 
 		 367 aa  202  6e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  39.27 
 
 		 374 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  38.79 
 
 		 355 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  38.79 
 
 		 355 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  37.04 
 
 		 379 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  38.01 
 
 		 383 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  35.34 
 
 		 357 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  38.13 
 
 		 386 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  38.13 
 
 		 386 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  36.13 
 
 		 358 aa  193  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  36.76 
 
 		 351 aa  193  6e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  34.03 
 
 		 357 aa  180  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  35.62 
 
 		 353 aa  179  9e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  35.41 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  35.41 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  35.7 
 
 		 350 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  36.96 
 
 		 363 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  35.01 
 
 		 365 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2917  outer membrane porin  32.41 
 
 		 359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  35.54 
 
 		 367 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1274  porin  32.41 
 
 		 359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.688217  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  36.46 
 
 		 363 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0969  putative outer membrane porin  32.66 
 
 		 359 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.449227  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1952  putative outer membrane porin  32.66 
 
 		 359 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.832177  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2230  putative outer membrane porin  32.66 
 
 		 359 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.856101  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1256  putative outer membrane porin  32.66 
 
 		 359 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  36.48 
 
 		 364 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  36.71 
 
 		 363 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6321  porin  35.13 
 
 		 394 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00119227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5138  porin  34.97 
 
 		 396 aa  164  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0176797  normal  0.966332 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  36.96 
 
 		 384 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  36.39 
 
 		 386 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2596  outer membrane protein (porin)  34.66 
 
 		 394 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  35.66 
 
 		 383 aa  162  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  34.6 
 
 		 358 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3041  outer membrane porin  32.88 
 
 		 359 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  34.35 
 
 		 354 aa  159  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  36.34 
 
 		 371 aa  159  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  33.01 
 
 		 376 aa  159  8e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  35.76 
 
 		 449 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0370  outer membrane porin  36.83 
 
 		 382 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1801  putative porin-related protein  37.08 
 
 		 424 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0466  outer membrane porin  36.83 
 
 		 382 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.965464  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  35.47 
 
 		 363 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  35.47 
 
 		 363 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  35.47 
 
 		 363 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  35.53 
 
 		 372 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  35.47 
 
 		 363 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  35.47 
 
 		 363 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  35.99 
 
 		 386 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5435  porin  36.93 
 
 		 385 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00368116  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  32.75 
 
 		 379 aa  157  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4842  porin  36.93 
 
 		 385 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5427  porin  36.93 
 
 		 385 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.914056  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  32.78 
 
 		 376 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  33 
 
 		 413 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2135  porin  36.46 
 
 		 422 aa  155  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  33.52 
 
 		 361 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  33.25 
 
 		 386 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>