More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5721 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  100 
 
 		 352 aa  709    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  55.96 
 
 		 402 aa  376  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  56.02 
 
 		 379 aa  365  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  55.41 
 
 		 386 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  55.41 
 
 		 386 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  55.76 
 
 		 368 aa  362  4e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  54.17 
 
 		 401 aa  359  5e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  55.56 
 
 		 374 aa  355  5.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  51.72 
 
 		 371 aa  342  7e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  54.52 
 
 		 379 aa  340  2.9999999999999998e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  50.54 
 
 		 368 aa  334  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  53.46 
 
 		 355 aa  331  1e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  52.76 
 
 		 355 aa  329  4e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  52.76 
 
 		 355 aa  329  4e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  48.79 
 
 		 367 aa  323  3e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  51.82 
 
 		 353 aa  322  7e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  47.38 
 
 		 358 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  51.55 
 
 		 355 aa  311  7.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  49.45 
 
 		 354 aa  309  4e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  43.87 
 
 		 362 aa  299  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  45.31 
 
 		 383 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  46.69 
 
 		 383 aa  279  5e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  44.03 
 
 		 383 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  44.03 
 
 		 383 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  46.24 
 
 		 356 aa  276  4e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  43.77 
 
 		 383 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  43.77 
 
 		 352 aa  272  7e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  44.85 
 
 		 377 aa  270  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  42.9 
 
 		 383 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  41.62 
 
 		 387 aa  261  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  44.12 
 
 		 354 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  44.12 
 
 		 354 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  41.22 
 
 		 388 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  43.86 
 
 		 351 aa  250  3e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  45.43 
 
 		 353 aa  249  6e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  42.54 
 
 		 357 aa  246  4e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  39.39 
 
 		 393 aa  242  6e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  40.56 
 
 		 387 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  41.15 
 
 		 392 aa  237  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  41.15 
 
 		 392 aa  237  3e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  40.4 
 
 		 389 aa  236  4e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  41.22 
 
 		 386 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  38.69 
 
 		 398 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  40.05 
 
 		 391 aa  226  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  45.39 
 
 		 273 aa  224  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  40.59 
 
 		 358 aa  223  4e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  40.66 
 
 		 387 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  40.44 
 
 		 354 aa  219  7e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  40.76 
 
 		 367 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  39.34 
 
 		 367 aa  212  7e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  40.86 
 
 		 361 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  40.31 
 
 		 378 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  38.98 
 
 		 386 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  41.76 
 
 		 392 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  38.54 
 
 		 379 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  42.32 
 
 		 353 aa  204  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  35.22 
 
 		 379 aa  203  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  41.26 
 
 		 363 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  41.26 
 
 		 363 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  41.26 
 
 		 363 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  39.78 
 
 		 350 aa  202  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  41.26 
 
 		 363 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  41.26 
 
 		 449 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  41.26 
 
 		 363 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  41.5 
 
 		 363 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  40.33 
 
 		 363 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  41.67 
 
 		 363 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  40.06 
 
 		 362 aa  199  7e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  41.95 
 
 		 363 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  41.21 
 
 		 363 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  37.4 
 
 		 413 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  41.95 
 
 		 363 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  40.44 
 
 		 363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  38.4 
 
 		 364 aa  195  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  38.97 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  37.98 
 
 		 383 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  38.54 
 
 		 357 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  36.59 
 
 		 363 aa  189  8e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  37.43 
 
 		 365 aa  185  8e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  37.89 
 
 		 384 aa  186  8e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  35.64 
 
 		 378 aa  183  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  38.36 
 
 		 386 aa  184  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  36.92 
 
 		 384 aa  182  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  35.96 
 
 		 373 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  35.96 
 
 		 373 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  35.96 
 
 		 373 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  35.48 
 
 		 377 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  37.75 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  35.48 
 
 		 377 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  36.29 
 
 		 373 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  35.48 
 
 		 377 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  35.48 
 
 		 377 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  35.48 
 
 		 377 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  35.48 
 
 		 377 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  36.78 
 
 		 363 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  35.22 
 
 		 377 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  35.24 
 
 		 376 aa  179  9e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  37.34 
 
 		 386 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  33.92 
 
 		 376 aa  178  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  35.75 
 
 		 373 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>