More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3663 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  93.39 
 
 		 363 aa  676    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  91.41 
 
 		 392 aa  649    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  93.66 
 
 		 363 aa  680    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  98.9 
 
 		 363 aa  728    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  91.74 
 
 		 363 aa  686    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  100 
 
 		 363 aa  735    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  93.39 
 
 		 363 aa  676    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  82.92 
 
 		 449 aa  622  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  83.2 
 
 		 363 aa  620  1e-176  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  83.2 
 
 		 363 aa  620  1e-176  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  82.92 
 
 		 363 aa  617  1e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  82.92 
 
 		 363 aa  617  1e-175  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  82.92 
 
 		 363 aa  617  1e-175  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  82.09 
 
 		 363 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  72.55 
 
 		 358 aa  523  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  64.11 
 
 		 361 aa  477  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  63.98 
 
 		 354 aa  449  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  61.88 
 
 		 367 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  66.97 
 
 		 353 aa  443  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  40.54 
 
 		 355 aa  219  7e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  37.04 
 
 		 367 aa  213  5.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  39.73 
 
 		 402 aa  210  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  38.96 
 
 		 355 aa  208  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  41.83 
 
 		 352 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  38.96 
 
 		 355 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  40.55 
 
 		 379 aa  206  7e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  37.78 
 
 		 355 aa  205  8e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  36.74 
 
 		 371 aa  205  9e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  37.87 
 
 		 386 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  37.57 
 
 		 350 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  36.36 
 
 		 383 aa  203  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  37.6 
 
 		 386 aa  202  7e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  38.22 
 
 		 383 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  42.31 
 
 		 368 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  41.12 
 
 		 374 aa  200  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  36.34 
 
 		 379 aa  199  7.999999999999999e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  35.81 
 
 		 383 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  36.78 
 
 		 368 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  38.01 
 
 		 363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  36.59 
 
 		 383 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  37.54 
 
 		 353 aa  195  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  36.59 
 
 		 383 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  36.59 
 
 		 383 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  37.18 
 
 		 353 aa  193  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  35.62 
 
 		 389 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  35.1 
 
 		 362 aa  191  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  37.14 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  35.03 
 
 		 356 aa  182  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  37.93 
 
 		 354 aa  182  7e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  37.93 
 
 		 354 aa  182  7e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  35.26 
 
 		 358 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  33.69 
 
 		 377 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  35.57 
 
 		 392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  36.83 
 
 		 354 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  35.57 
 
 		 392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  37.11 
 
 		 357 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  36.57 
 
 		 393 aa  179  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  34.85 
 
 		 401 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  34.63 
 
 		 398 aa  172  6.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  34.7 
 
 		 387 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  33.62 
 
 		 352 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  33.5 
 
 		 388 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3196  outer membrane protein (porin)  35.04 
 
 		 361 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00143868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  35.19 
 
 		 387 aa  162  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  35.47 
 
 		 386 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  34.56 
 
 		 373 aa  159  7e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  33.51 
 
 		 391 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  34.15 
 
 		 357 aa  156  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2109  outer membrane protein (porin)  33.62 
 
 		 362 aa  156  7e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  36.94 
 
 		 367 aa  155  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  34.03 
 
 		 387 aa  155  9e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  32.99 
 
 		 390 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4101  porin  34.42 
 
 		 372 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6483  porin  35.5 
 
 		 351 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6718  porin  35.5 
 
 		 351 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.6284  normal  0.457172 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0416  outer membrane protein (porin)  33.67 
 
 		 364 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.441779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  34.13 
 
 		 375 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  31.73 
 
 		 378 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0374  OmpC family outer membrane porin  34.31 
 
 		 382 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.299269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  31.98 
 
 		 379 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  31.98 
 
 		 379 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2999  porin Gram-negative type  35.56 
 
 		 354 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  33.89 
 
 		 377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  33.89 
 
 		 377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5128  outer membrane protein (porin)  33.86 
 
 		 364 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  33.89 
 
 		 377 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  33.89 
 
 		 377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1471  OmpC family outer membrane porin  34.82 
 
 		 371 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.620688  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  33.89 
 
 		 377 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  33.89 
 
 		 377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  33.89 
 
 		 377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2589  porin Gram-negative type  35.24 
 
 		 358 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  34.18 
 
 		 383 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1076  outer membrane protein (porin)  34.47 
 
 		 362 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0592135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3119  outer membrane porin  35.95 
 
 		 430 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0341441  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  33.92 
 
 		 386 aa  146  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  33.88 
 
 		 379 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4019  porin Gram-negative type  33.14 
 
 		 379 aa  146  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000808591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  33.92 
 
 		 383 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1076  outer membrane protein (porin)  34.19 
 
 		 362 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.441264  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>