More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4912 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010086  Bmul_3218  porin  90.64 
 
 		 373 aa  667    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.819696  normal  0.0778047 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4597  porin  96.6 
 
 		 382 aa  697    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000189593 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0054  outer membrane protein (porin)  95.29 
 
 		 382 aa  708    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.914863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5460  porin  99.74 
 
 		 382 aa  763    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.376591 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4912  porin  100 
 
 		 382 aa  764    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.203081  normal  0.725846 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5632  porin  96.6 
 
 		 382 aa  697    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0304788  decreased coverage  0.00129343 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5227  porin  96.6 
 
 		 382 aa  697    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0143813  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  75.4 
 
 		 379 aa  569  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  75.4 
 
 		 379 aa  569  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0633  putative outer membrane porin  75.67 
 
 		 379 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0832  putative outer membrane porin  75.67 
 
 		 379 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1796  putative outer membrane porin  75.67 
 
 		 379 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0933184  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4019  porin Gram-negative type  73.53 
 
 		 379 aa  531  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000808591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0181  outer membrane protein (porin)  66.58 
 
 		 385 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1352  porin  66.22 
 
 		 377 aa  496  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.198854 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6973  porin  64.44 
 
 		 376 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02151  porin signal peptide protein  58.87 
 
 		 374 aa  389  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  50.42 
 
 		 371 aa  330  2e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  47.01 
 
 		 365 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  48.88 
 
 		 364 aa  324  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3196  outer membrane protein (porin)  48.66 
 
 		 361 aa  322  5e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00143868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  47.47 
 
 		 363 aa  322  6e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0416  outer membrane protein (porin)  49.48 
 
 		 364 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.441779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  45.33 
 
 		 375 aa  313  2.9999999999999996e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2109  outer membrane protein (porin)  49.04 
 
 		 362 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  46.09 
 
 		 373 aa  311  1e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  46.2 
 
 		 363 aa  310  4e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5128  outer membrane protein (porin)  50.13 
 
 		 364 aa  307  3e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  49.16 
 
 		 372 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4595  outer membrane protein (porin)  49.61 
 
 		 364 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0265  porin  43.54 
 
 		 373 aa  291  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0179073  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3528  OmpC family outer membrane porin  45.65 
 
 		 372 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4539  porin  45.97 
 
 		 382 aa  285  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.516976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1076  outer membrane protein (porin)  46.93 
 
 		 362 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.441264  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3809  porin  45.86 
 
 		 392 aa  283  3.0000000000000004e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.261808  normal  0.302186 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1076  outer membrane protein (porin)  46.93 
 
 		 362 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0592135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4878  porin  42.48 
 
 		 382 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1374  porin  40.54 
 
 		 368 aa  255  9e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  39.15 
 
 		 354 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  35.93 
 
 		 367 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  38.4 
 
 		 351 aa  186  6e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  37.17 
 
 		 352 aa  176  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  37.77 
 
 		 402 aa  176  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  37.79 
 
 		 355 aa  175  9e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  35.94 
 
 		 353 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  34.2 
 
 		 377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  36.57 
 
 		 356 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  39.47 
 
 		 401 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  33.78 
 
 		 357 aa  169  9e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  35.91 
 
 		 354 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  35.91 
 
 		 354 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  36.55 
 
 		 355 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  35.43 
 
 		 355 aa  166  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  35.43 
 
 		 355 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  35.62 
 
 		 386 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  36.52 
 
 		 383 aa  164  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  35.62 
 
 		 386 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  34.61 
 
 		 368 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  36.05 
 
 		 384 aa  162  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  35.25 
 
 		 358 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  34.57 
 
 		 353 aa  161  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  33.33 
 
 		 352 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  35.73 
 
 		 383 aa  159  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  34.02 
 
 		 371 aa  159  8e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  36.1 
 
 		 383 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  35.66 
 
 		 383 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  35.66 
 
 		 383 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  33.51 
 
 		 374 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  35.66 
 
 		 383 aa  156  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  33.08 
 
 		 358 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  33.67 
 
 		 398 aa  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  34.74 
 
 		 379 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  34.39 
 
 		 363 aa  154  4e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  34.39 
 
 		 363 aa  153  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  34.39 
 
 		 363 aa  154  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  34.39 
 
 		 363 aa  153  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  34.39 
 
 		 363 aa  154  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  34.3 
 
 		 379 aa  153  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  34.66 
 
 		 449 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  33.6 
 
 		 362 aa  152  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  34.79 
 
 		 376 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  34.91 
 
 		 357 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  34.79 
 
 		 376 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  33.42 
 
 		 354 aa  151  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  34.41 
 
 		 383 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0812  OmpC family outer membrane porin  35.53 
 
 		 388 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  33.69 
 
 		 363 aa  150  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  33.25 
 
 		 350 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  34.46 
 
 		 363 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  31.19 
 
 		 379 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  32.65 
 
 		 367 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  34.38 
 
 		 361 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  31.07 
 
 		 363 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  35.01 
 
 		 386 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  34.62 
 
 		 388 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  32.1 
 
 		 378 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  34.99 
 
 		 386 aa  144  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  32.36 
 
 		 368 aa  143  6e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  33.81 
 
 		 387 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  34.56 
 
 		 360 aa  143  7e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>