More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3015 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_2988  porin  96.09 
 
 		 358 aa  676    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2968  porin  96.09 
 
 		 358 aa  676    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  96.09 
 
 		 358 aa  684    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2354  porin  96.09 
 
 		 358 aa  676    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296881  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  99.72 
 
 		 358 aa  726    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  95.53 
 
 		 358 aa  671    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  100 
 
 		 358 aa  726    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  75.7 
 
 		 358 aa  551  1e-156  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0343  outer membrane porin  75.98 
 
 		 358 aa  547  1e-155  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  75.98 
 
 		 387 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0355  outer membrane porin  75.98 
 
 		 358 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17583  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  71.39 
 
 		 367 aa  524  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0429  porin Gram-negative type  71.55 
 
 		 361 aa  494  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.568653 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4279  OmpC family outer membrane porin  71.27 
 
 		 361 aa  494  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1469  outer membrane protein (porin)-like  53.04 
 
 		 360 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00910235  normal  0.207544 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0804  OmpC family outer membrane porin  50.14 
 
 		 363 aa  363  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.554989  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  58.84 
 
 		 356 aa  362  5.0000000000000005e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  57.75 
 
 		 352 aa  358  6e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  57.75 
 
 		 352 aa  358  6e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  57.8 
 
 		 356 aa  358  8e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5685  porin  55.22 
 
 		 357 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5908  porin  55.22 
 
 		 357 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359102  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  54.98 
 
 		 351 aa  347  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  47.51 
 
 		 359 aa  300  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0880  porin  47.97 
 
 		 361 aa  299  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0359628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  45.17 
 
 		 344 aa  256  4e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  44.44 
 
 		 344 aa  252  6e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3020  outer membrane protein (porin)  41.24 
 
 		 365 aa  250  3e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.377594 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  44.41 
 
 		 344 aa  242  6e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  42.12 
 
 		 340 aa  217  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5435  porin precursor transmembrane protein  44.84 
 
 		 332 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  39.64 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1795  porin  38.84 
 
 		 362 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2920  porin  39.1 
 
 		 342 aa  194  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281008 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1479  porin Gram-negative type  37.29 
 
 		 341 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3229  porin  36.07 
 
 		 357 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.484687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4931  porin  36.07 
 
 		 357 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7659  outer membrane protein (porin)  38.32 
 
 		 340 aa  182  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.24829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6742  porin  36.57 
 
 		 357 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6266  porin  36.12 
 
 		 357 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1564  porin  36.12 
 
 		 357 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247151  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  35.14 
 
 		 386 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  35.14 
 
 		 386 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1102  outer membrane protein (porin)  34.36 
 
 		 359 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1937  porin  35.58 
 
 		 386 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0139631 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  34.49 
 
 		 386 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  35.14 
 
 		 386 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  34.77 
 
 		 386 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  35.14 
 
 		 386 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4291  porin Gram-negative type  32.35 
 
 		 383 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407078  normal  0.139177 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0620  OmpC family outer membrane porin  33.33 
 
 		 383 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0145861 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2708  porin  33.94 
 
 		 400 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4106  porin  33.89 
 
 		 359 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437968  normal  0.0586067 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4712  porin  32.96 
 
 		 359 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.875326  normal  0.163784 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3655  porin  32.96 
 
 		 359 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228307  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5588  porin  33.24 
 
 		 359 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406297 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  34.53 
 
 		 390 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4571  porin  33.89 
 
 		 359 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.442786  hitchhiker  0.0000361687 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  33.24 
 
 		 386 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2582  porin  33.16 
 
 		 400 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  33.6 
 
 		 389 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  33.24 
 
 		 436 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3981  porin  34.1 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0266554 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  33.24 
 
 		 386 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  33.24 
 
 		 386 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  33.24 
 
 		 386 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  33.24 
 
 		 386 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6531  porin Gram-negative type  33.86 
 
 		 395 aa  125  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.158369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  32.98 
 
 		 436 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0388  OmpC family outer membrane porin  33.07 
 
 		 384 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.62464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1202  outer membrane protein (porin)  34.22 
 
 		 361 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.818549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0483  putative outer membrane porin  32.98 
 
 		 386 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4594  porin  34.02 
 
 		 376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.561867 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0066  porin  33.52 
 
 		 383 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  33.15 
 
 		 385 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3634  outer membrane protein, (porin)  33.06 
 
 		 383 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0548  porin  33.52 
 
 		 383 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979197  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  32.52 
 
 		 350 aa  119  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  32.88 
 
 		 385 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0519  porin  33.52 
 
 		 383 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3740  porin  31.56 
 
 		 389 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4628  porin  31.56 
 
 		 389 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  32.44 
 
 		 352 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  33.03 
 
 		 338 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4230  porin  30.94 
 
 		 357 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6406  porin Gram-negative type  31.17 
 
 		 381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  31.51 
 
 		 369 aa  117  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  34.38 
 
 		 394 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  33.62 
 
 		 357 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7084  outer membrane protein (porin)  32.03 
 
 		 394 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  32.77 
 
 		 384 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5676  porin  31.3 
 
 		 389 aa  117  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  35.17 
 
 		 368 aa  116  6e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5740  porin Gram-negative type  35.11 
 
 		 403 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.917391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0475  Outer membrane protein (porin)  33.61 
 
 		 389 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0924719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2803  outer membrane protein (porin)  31.62 
 
 		 387 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0760601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  32.7 
 
 		 383 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3481  porin Gram-negative type  33.67 
 
 		 389 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00201616  hitchhiker  0.00388153 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6313  porin  34.71 
 
 		 376 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4640  porin  31.62 
 
 		 375 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>