More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05376 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  100 
 
 		 368 aa  736    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0189  porin Gram-negative type  58.45 
 
 		 362 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.615373  hitchhiker  0.00390966 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1936  OmpC family outer membrane porin  57.45 
 
 		 369 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000467885  normal  0.0609572 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0973  OmpC family outer membrane porin  56.4 
 
 		 393 aa  392  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000310087  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  48.86 
 
 		 347 aa  293  3e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  45.12 
 
 		 357 aa  269  5e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  43.47 
 
 		 354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4416  porin Gram-negative type  43.47 
 
 		 354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  36.14 
 
 		 392 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  36.14 
 
 		 392 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  36.79 
 
 		 376 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  35.34 
 
 		 389 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  34.62 
 
 		 383 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  35.79 
 
 		 352 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  37.75 
 
 		 385 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  37.75 
 
 		 385 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0519  porin  37.37 
 
 		 383 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2320  outer membrane protein (porin)-like  33.81 
 
 		 381 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2385  outer membrane protein (porin)  36.55 
 
 		 375 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3798  porin  36.8 
 
 		 375 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0973702 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  36.79 
 
 		 368 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  35.47 
 
 		 376 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  36.18 
 
 		 383 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  36.92 
 
 		 436 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  37.56 
 
 		 436 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3080  porin Gram-negative type  35.35 
 
 		 381 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  37.56 
 
 		 386 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  37.56 
 
 		 386 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  37.56 
 
 		 386 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  37.56 
 
 		 386 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  37.56 
 
 		 386 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5539  porin  32.77 
 
 		 386 aa  169  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0548  porin  36.48 
 
 		 383 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979197  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0066  porin  36.48 
 
 		 383 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  35.63 
 
 		 374 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  36.17 
 
 		 386 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2803  outer membrane protein (porin)  33.5 
 
 		 387 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0760601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  36.17 
 
 		 386 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  35.29 
 
 		 387 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  34.98 
 
 		 376 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3606  porin  35.48 
 
 		 383 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.616699 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  33.5 
 
 		 384 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  36.01 
 
 		 389 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0483  putative outer membrane porin  37.31 
 
 		 386 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6299  porin Gram-negative type  34.76 
 
 		 369 aa  166  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3634  outer membrane protein, (porin)  36.05 
 
 		 383 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4640  porin  36.55 
 
 		 375 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3723  porin  36.55 
 
 		 375 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0948757 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2000  porin Gram-negative type  34.22 
 
 		 404 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  34.68 
 
 		 387 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1231  OmpC family outer membrane porin  34.53 
 
 		 396 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00623674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  35.68 
 
 		 371 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  32.08 
 
 		 386 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0910  OmpC family outer membrane porin  34.08 
 
 		 381 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0510287  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  36.57 
 
 		 379 aa  162  7e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6212  porin Gram-negative type  33.65 
 
 		 389 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5077  porin Gram-negative type  34.92 
 
 		 382 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0332495  hitchhiker  0.00543855 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  35 
 
 		 360 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  32.33 
 
 		 386 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2270  outer membrane porin OpcP  34.17 
 
 		 386 aa  161  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.272228  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0388  OmpC family outer membrane porin  34.08 
 
 		 384 aa  161  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.62464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  34.86 
 
 		 393 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4097  OmpC family outer membrane porin  33.65 
 
 		 389 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0112259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3374  porin  37.15 
 
 		 385 aa  160  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0299  OmpC family outer membrane porin  35.59 
 
 		 391 aa  160  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90902  normal  0.882508 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0620  OmpC family outer membrane porin  34.07 
 
 		 383 aa  160  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0145861 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1571  OmpC family outer membrane porin  35.19 
 
 		 382 aa  160  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.319374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6404  porin Gram-negative type  34.83 
 
 		 359 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1789  outer membrane porin  35.16 
 
 		 399 aa  159  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0497  OmpC family outer membrane porin  33.9 
 
 		 393 aa  159  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0440197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1453  outer membrane porin  37 
 
 		 430 aa  159  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3119  outer membrane porin  37 
 
 		 430 aa  159  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0341441  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3234  outer membrane porin  37 
 
 		 430 aa  159  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.283288  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2059  putative outer membrane porin  37 
 
 		 390 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2703  porin Gram-negative type  33.15 
 
 		 372 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0812  OmpC family outer membrane porin  33.57 
 
 		 388 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1085  putative outer membrane porin  36.75 
 
 		 430 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.376652  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  34.32 
 
 		 383 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2350  putative outer membrane porin  36.75 
 
 		 430 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1962  OmpC family outer membrane porin  35.7 
 
 		 391 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.350651  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1367  putative outer membrane porin  36.75 
 
 		 430 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  33.85 
 
 		 357 aa  157  4e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0674  porin  33.92 
 
 		 381 aa  157  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.161927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  35.87 
 
 		 386 aa  156  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4291  porin Gram-negative type  32.92 
 
 		 383 aa  156  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407078  normal  0.139177 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3288  porin  32.81 
 
 		 380 aa  156  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3876  porin  37.53 
 
 		 385 aa  156  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.311637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  35.87 
 
 		 386 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7685  outer membrane protein (porin)  37.69 
 
 		 390 aa  155  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.350624 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6498  porin  33.25 
 
 		 390 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0845493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  34.87 
 
 		 386 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0285  outer membrane protein (porin)  34.65 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3115  outer membrane protein (porin)  35.01 
 
 		 374 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  34.2 
 
 		 355 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6772  porin Gram-negative type  36.34 
 
 		 377 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00264492  normal  0.103826 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1817  putative outer membrane porin  34.9 
 
 		 399 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.356492  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1250  OmpC family outer membrane porin  34.36 
 
 		 376 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.748402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0815  putative outer membrane porin  34.9 
 
 		 399 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1106  putative outer membrane porin  34.9 
 
 		 399 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2079  putative outer membrane porin  34.9 
 
 		 399 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>