More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0880 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0880  porin  100 
 
 		 361 aa  728    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0359628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  71.47 
 
 		 359 aa  528  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  61.61 
 
 		 352 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  61.38 
 
 		 356 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  61.61 
 
 		 352 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  61.98 
 
 		 356 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  58.75 
 
 		 351 aa  379  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0343  outer membrane porin  49.71 
 
 		 358 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  49.71 
 
 		 387 aa  305  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0355  outer membrane porin  49.71 
 
 		 358 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17583  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  50 
 
 		 358 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5685  porin  49.42 
 
 		 357 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  50.72 
 
 		 358 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5908  porin  49.12 
 
 		 357 aa  301  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359102  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  50.29 
 
 		 358 aa  298  9e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  48.46 
 
 		 367 aa  295  7e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2354  porin  49.42 
 
 		 358 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2988  porin  49.42 
 
 		 358 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2968  porin  49.42 
 
 		 358 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0429  porin Gram-negative type  49.56 
 
 		 361 aa  293  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.568653 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  49.86 
 
 		 358 aa  293  3e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  49.57 
 
 		 358 aa  292  5e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4279  OmpC family outer membrane porin  48.69 
 
 		 361 aa  291  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3020  outer membrane protein (porin)  45.08 
 
 		 365 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.377594 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0804  OmpC family outer membrane porin  41.67 
 
 		 363 aa  255  8e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.554989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  40.34 
 
 		 344 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  39.01 
 
 		 344 aa  243  5e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5435  porin precursor transmembrane protein  49.02 
 
 		 332 aa  242  6e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1469  outer membrane protein (porin)-like  41.81 
 
 		 360 aa  239  4e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00910235  normal  0.207544 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  39.2 
 
 		 344 aa  239  4e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  41.96 
 
 		 340 aa  239  4e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  40.83 
 
 		 341 aa  228  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6742  porin  37.85 
 
 		 357 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1795  porin  39.66 
 
 		 362 aa  206  6e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2920  porin  38.95 
 
 		 342 aa  199  6e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281008 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3229  porin  37.05 
 
 		 357 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.484687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4931  porin  37.05 
 
 		 357 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6266  porin  37.46 
 
 		 357 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1564  porin  37.46 
 
 		 357 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247151  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1479  porin Gram-negative type  33.7 
 
 		 341 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7659  outer membrane protein (porin)  33.53 
 
 		 340 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.24829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  34.46 
 
 		 344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  32.32 
 
 		 369 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  33.33 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  31.76 
 
 		 383 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  32.12 
 
 		 352 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  32.35 
 
 		 339 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5676  porin  36.48 
 
 		 389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4628  porin  36.48 
 
 		 389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  31.5 
 
 		 351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3740  porin  36.48 
 
 		 389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  33.43 
 
 		 387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  31.3 
 
 		 391 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  32.9 
 
 		 355 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  32.9 
 
 		 355 aa  115  8.999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  31.23 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  33.16 
 
 		 376 aa  114  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  31.2 
 
 		 386 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  30.07 
 
 		 376 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  30.32 
 
 		 376 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  31.46 
 
 		 389 aa  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  32.63 
 
 		 355 aa  113  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4157  porin  31.07 
 
 		 395 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142098  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4106  porin  31.68 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437968  normal  0.0586067 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  31.44 
 
 		 384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1102  outer membrane protein (porin)  32.33 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  31.2 
 
 		 384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3981  porin  31.41 
 
 		 359 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0266554 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  30.83 
 
 		 386 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  29.33 
 
 		 390 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4209  porin  30.79 
 
 		 395 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0172598  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5588  porin  32.14 
 
 		 359 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406297 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3655  porin  31.87 
 
 		 359 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228307  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4571  porin  31.73 
 
 		 359 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.442786  hitchhiker  0.0000361687 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4712  porin  31.87 
 
 		 359 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.875326  normal  0.163784 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  31.18 
 
 		 354 aa  110  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3359  porin  30.64 
 
 		 394 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00120299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  30.93 
 
 		 338 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0812  OmpC family outer membrane porin  32.33 
 
 		 388 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1674  putative outer membrane porin  30.14 
 
 		 411 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264148  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  34.81 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1882  putative outer membrane porin  30.14 
 
 		 384 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.400971  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1698  putative outer membrane porin  30.14 
 
 		 384 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  34.81 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  35.15 
 
 		 449 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  32.08 
 
 		 379 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  34.81 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  34.81 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0554  putative outer membrane porin  30.14 
 
 		 384 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.830781  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  34.81 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4230  porin  28.17 
 
 		 357 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  31.46 
 
 		 392 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  31.46 
 
 		 392 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0745  outer membrane porin  30.97 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.812329  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4515  porin  30.38 
 
 		 404 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.808645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1546  outer membrane protein (porin)  29.95 
 
 		 403 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1873  outer membrane protein (porin)  29.58 
 
 		 395 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000645139  normal  0.212155 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2416  outer membrane porin  30.97 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163493  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  30.73 
 
 		 398 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2277  outer membrane porin  30.97 
 
 		 384 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>