More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5778 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5778  porin  100 
 
 		 358 aa  719    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  33 
 
 		 376 aa  161  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  34.39 
 
 		 355 aa  159  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  34.12 
 
 		 368 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  33.81 
 
 		 347 aa  155  8e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  34.04 
 
 		 354 aa  155  9e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  32.15 
 
 		 376 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  34.93 
 
 		 374 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  30.36 
 
 		 363 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  32.05 
 
 		 371 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  34.96 
 
 		 355 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  34.15 
 
 		 352 aa  149  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  34.77 
 
 		 368 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  34.54 
 
 		 379 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  34.97 
 
 		 401 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  31.65 
 
 		 376 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  34.22 
 
 		 355 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  32.63 
 
 		 386 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  34.22 
 
 		 355 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  32.63 
 
 		 386 aa  146  6e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  30.32 
 
 		 392 aa  146  6e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  30.32 
 
 		 392 aa  146  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  34.75 
 
 		 353 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3269  porin  32.58 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00595502  normal  0.572597 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3634  outer membrane protein, (porin)  32.51 
 
 		 383 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  34.57 
 
 		 385 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1717  OmpC family outer membrane porin  32.92 
 
 		 352 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.339565  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  30.05 
 
 		 389 aa  142  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  34.64 
 
 		 383 aa  143  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  31.91 
 
 		 367 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  34.32 
 
 		 385 aa  142  7e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0519  porin  32.76 
 
 		 383 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  31.27 
 
 		 402 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1323  outer membrane porin protein precursor  31.94 
 
 		 357 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  33.09 
 
 		 386 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  34.38 
 
 		 383 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  33.09 
 
 		 386 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  32.84 
 
 		 436 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  31.68 
 
 		 354 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3099  outer membrane porin  32.19 
 
 		 354 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.345873  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  33.09 
 
 		 386 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2974  outer membrane porin  32.19 
 
 		 354 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.598026  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  33.09 
 
 		 386 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  33.09 
 
 		 386 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  34.38 
 
 		 383 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  33.01 
 
 		 436 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  33.74 
 
 		 389 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  34.09 
 
 		 383 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  31.32 
 
 		 357 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0548  porin  32.51 
 
 		 383 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979197  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5649  outer membrane protein (porin)  34.7 
 
 		 312 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0066  porin  32.51 
 
 		 383 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5210  outer membrane protein (porin)  34.7 
 
 		 312 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00719172  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  31.59 
 
 		 358 aa  139  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0483  putative outer membrane porin  32.85 
 
 		 386 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  32.51 
 
 		 335 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  32.23 
 
 		 383 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  30.27 
 
 		 398 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  33.33 
 
 		 383 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  31.25 
 
 		 348 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  31.35 
 
 		 379 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  31.35 
 
 		 363 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0374  OmpC family outer membrane porin  33.16 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.299269  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  31.25 
 
 		 348 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  32.34 
 
 		 350 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1231  OmpC family outer membrane porin  32.45 
 
 		 396 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00623674  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  34.27 
 
 		 354 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  34.27 
 
 		 354 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  27.82 
 
 		 357 aa  133  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  30.79 
 
 		 386 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  34.47 
 
 		 367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  34.45 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  29.62 
 
 		 413 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  29.2 
 
 		 387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  31.74 
 
 		 392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  29.25 
 
 		 387 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  30.42 
 
 		 388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  28.92 
 
 		 354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4416  porin Gram-negative type  28.92 
 
 		 354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3723  porin  32.82 
 
 		 375 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0948757 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5539  porin  29.6 
 
 		 386 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4640  porin  32.82 
 
 		 375 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  31.48 
 
 		 363 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  31.48 
 
 		 363 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0933  porin  31.83 
 
 		 374 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.760858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0350  OmpC family outer membrane porin  32.21 
 
 		 372 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000145681  hitchhiker  0.00000929748 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  31.03 
 
 		 377 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  31.48 
 
 		 449 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  29.7 
 
 		 363 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  31.01 
 
 		 363 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5535  porin Gram-negative type  33.95 
 
 		 391 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.438233 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  31.62 
 
 		 378 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  30.16 
 
 		 378 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  30.59 
 
 		 353 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  29.28 
 
 		 393 aa  129  8.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2739  OmpC family outer membrane porin  34.9 
 
 		 364 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0788528 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  29.97 
 
 		 377 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  29.97 
 
 		 377 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1748  outer membrane protein (porin)  31.16 
 
 		 404 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0278155  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  29.97 
 
 		 377 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>