102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3252 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3252  porin  100 
 
 		 352 aa  706    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  78.25 
 
 		 354 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  79.72 
 
 		 354 aa  568  1e-161  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  72.03 
 
 		 354 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  72.03 
 
 		 354 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  71.75 
 
 		 354 aa  522  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  71.19 
 
 		 354 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  66.95 
 
 		 354 aa  498  1e-140  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  67.23 
 
 		 354 aa  497  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  66.95 
 
 		 354 aa  496  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  66.85 
 
 		 355 aa  484  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  58.89 
 
 		 342 aa  394  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  56.06 
 
 		 342 aa  391  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  56.39 
 
 		 346 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  56.66 
 
 		 344 aa  387  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  55.77 
 
 		 353 aa  382  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  55.46 
 
 		 354 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  55.11 
 
 		 365 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  55.46 
 
 		 354 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  55.56 
 
 		 347 aa  369  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  53.42 
 
 		 353 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  55.4 
 
 		 348 aa  365  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  54.93 
 
 		 342 aa  365  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  52.15 
 
 		 361 aa  362  6e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  52.66 
 
 		 369 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  52.73 
 
 		 356 aa  355  7.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  51.08 
 
 		 359 aa  345  8.999999999999999e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  49.55 
 
 		 338 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  47.81 
 
 		 372 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  47.81 
 
 		 347 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  47.04 
 
 		 351 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  39.33 
 
 		 346 aa  223  3e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  40.99 
 
 		 346 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  38.87 
 
 		 349 aa  209  8e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  38.22 
 
 		 345 aa  208  1e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  37.65 
 
 		 351 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  34.42 
 
 		 342 aa  192  8e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  28.44 
 
 		 314 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  28.03 
 
 		 340 aa  125  8.000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  31.18 
 
 		 317 aa  124  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  28.15 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  31.03 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  31.69 
 
 		 316 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  30.69 
 
 		 314 aa  117  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  30.69 
 
 		 314 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  28.96 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  29.74 
 
 		 321 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  30.69 
 
 		 314 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  30.69 
 
 		 314 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  30.69 
 
 		 314 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  30.69 
 
 		 313 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  29.33 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  29.32 
 
 		 315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  28.81 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  28.36 
 
 		 302 aa  101  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  29.48 
 
 		 362 aa  93.2  6e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  28.33 
 
 		 345 aa  90.9  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  28.34 
 
 		 339 aa  81.3  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  24.58 
 
 		 371 aa  70.5  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  26.67 
 
 		 367 aa  70.5  0.00000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  24.57 
 
 		 374 aa  67.4  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  24.42 
 
 		 366 aa  67  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  26.75 
 
 		 357 aa  66.6  0.0000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  26.51 
 
 		 342 aa  63.2  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  32.05 
 
 		 338 aa  61.6  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  24.13 
 
 		 394 aa  58.2  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  29.59 
 
 		 361 aa  54.7  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000050808  unclonable  0.0000817359 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  24.61 
 
 		 336 aa  54.7  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  27.5 
 
 		 338 aa  54.3  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  24.56 
 
 		 350 aa  53.5  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  23.78 
 
 		 329 aa  53.1  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  30.54 
 
 		 344 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  30.54 
 
 		 344 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  30.54 
 
 		 344 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  29.35 
 
 		 365 aa  51.6  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  24.38 
 
 		 336 aa  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  27.11 
 
 		 363 aa  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  31.86 
 
 		 349 aa  50.4  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  32.65 
 
 		 376 aa  50.4  0.00005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  27.39 
 
 		 354 aa  47.4  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000227625  unclonable  3.1886500000000004e-18 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  23.6 
 
 		 326 aa  47.4  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3099  outer membrane porin  29.82 
 
 		 354 aa  47  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.345873  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2974  outer membrane porin  29.82 
 
 		 354 aa  47  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.598026  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  26.12 
 
 		 358 aa  47  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3474  porin  28.93 
 
 		 384 aa  47  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00203539  normal  0.190966 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1323  outer membrane porin protein precursor  29.82 
 
 		 357 aa  46.6  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3880  porin  31.67 
 
 		 384 aa  46.2  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00909398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  31.72 
 
 		 363 aa  46.2  0.0009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  24.86 
 
 		 369 aa  45.4  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  33.59 
 
 		 379 aa  45.8  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0698  OmpC family outer membrane porin  25.58 
 
 		 351 aa  44.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  23.25 
 
 		 327 aa  44.7  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3374  porin  28.57 
 
 		 385 aa  43.9  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  25.73 
 
 		 335 aa  44.3  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3876  porin  28.5 
 
 		 385 aa  44.3  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.311637  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  30.14 
 
 		 413 aa  43.9  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0415  OmpC family outer membrane porin  26.96 
 
 		 386 aa  43.9  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  29.52 
 
 		 356 aa  43.5  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2103  outer membrane protein (porin)  28.92 
 
 		 385 aa  43.1  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.938895  normal  0.317864 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  29.91 
 
 		 356 aa  43.1  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>