54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_3127 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_3127  porin Gram-negative type  100 
 
 		 333 aa  672    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.970335  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0024  porin Gram-negative type  53.18 
 
 		 350 aa  309  4e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.133917 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3847  porin  29.53 
 
 		 354 aa  72  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  28.87 
 
 		 302 aa  67.8  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0677  porin  31.32 
 
 		 350 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0635  outer membrane insertion C-terminal signal  30.04 
 
 		 355 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3752  porin  28.99 
 
 		 355 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0640  porin  30.47 
 
 		 355 aa  63.9  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2010  porin  27.95 
 
 		 347 aa  61.2  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0613  porin  29.08 
 
 		 355 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2472  porin  27.05 
 
 		 358 aa  60.8  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0827968  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  26.74 
 
 		 308 aa  60.8  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  28.32 
 
 		 314 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  27.6 
 
 		 314 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  28.32 
 
 		 314 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  24.92 
 
 		 350 aa  58.2  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  24.43 
 
 		 316 aa  57.4  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  25.91 
 
 		 314 aa  57  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1474  porin  25.55 
 
 		 311 aa  57.4  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  24.76 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  25.31 
 
 		 329 aa  55.5  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  25.72 
 
 		 316 aa  54.7  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  27.6 
 
 		 314 aa  53.9  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3619  porin  28.46 
 
 		 319 aa  53.5  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00814713  hitchhiker  0.000626755 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  27.24 
 
 		 313 aa  53.1  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  25.65 
 
 		 316 aa  52.8  0.000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  27.24 
 
 		 314 aa  52  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  27.24 
 
 		 314 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0818  porin  24.06 
 
 		 356 aa  50.8  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.94844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0773  outer membrane protein (porin)  26.22 
 
 		 333 aa  51.2  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000136886  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1445  ompT protein  21.93 
 
 		 368 aa  50.4  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000193384  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  23.27 
 
 		 315 aa  49.7  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  24.62 
 
 		 336 aa  49.3  0.00009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  24.62 
 
 		 336 aa  48.9  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  26.59 
 
 		 342 aa  48.9  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  26.83 
 
 		 413 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  23.17 
 
 		 340 aa  48.5  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  22.42 
 
 		 345 aa  47.8  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0545  OmpC family outer membrane porin  29.33 
 
 		 352 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  24.28 
 
 		 362 aa  47.8  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  28.57 
 
 		 351 aa  46.6  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2566  porin  26.99 
 
 		 307 aa  46.2  0.0008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00957532 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0493  putative porin  29.19 
 
 		 349 aa  45.8  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0108098  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  24.48 
 
 		 317 aa  45.8  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5190  outer membrane porin  26.28 
 
 		 371 aa  45.8  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.353922 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  25.54 
 
 		 368 aa  44.7  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000197819  unclonable  2.8842300000000004e-18 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1748  outer membrane protein (porin)  26.92 
 
 		 404 aa  44.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0278155  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4263  porin  27.97 
 
 		 406 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  normal  0.182769 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4103  porin  27.97 
 
 		 406 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0297241  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3254  porin  27.97 
 
 		 406 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.238701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1750  outer membrane porin protein LC  25.48 
 
 		 362 aa  42.7  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1689  outer membrane porin protein LC  25.48 
 
 		 362 aa  42.7  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.808726 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1770  outer membrane porin protein LC  25.48 
 
 		 362 aa  42.7  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.895795 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1687  outer membrane porin protein LC  25.48 
 
 		 362 aa  42.7  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.535168 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>