More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5190 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5190  outer membrane porin  100 
 
 		 371 aa  754    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.353922 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  36.87 
 
 		 371 aa  192  6e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  37.22 
 
 		 366 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  34.24 
 
 		 374 aa  186  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  33.04 
 
 		 394 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0338  porin  31.7 
 
 		 431 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0350  porin  31.41 
 
 		 431 aa  119  7e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.675543  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  28.96 
 
 		 362 aa  106  7e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  30.47 
 
 		 329 aa  99.4  9e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5890  porin Gram-negative type  30.62 
 
 		 358 aa  92.8  9e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654987  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  29.07 
 
 		 374 aa  88.2  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  26.52 
 
 		 339 aa  87.8  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3474  porin  26.63 
 
 		 384 aa  85.9  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00203539  normal  0.190966 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  26.79 
 
 		 348 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  27.88 
 
 		 327 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  30.3 
 
 		 363 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  28.3 
 
 		 335 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  27.56 
 
 		 340 aa  85.1  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  27.15 
 
 		 351 aa  83.6  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  30.4 
 
 		 355 aa  83.2  0.000000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  28.77 
 
 		 326 aa  82  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  28.45 
 
 		 336 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  28.45 
 
 		 336 aa  80.9  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  28.91 
 
 		 350 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3680  porin  30.25 
 
 		 366 aa  80.1  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.218397  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  30.25 
 
 		 359 aa  79.3  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  28.24 
 
 		 349 aa  76.3  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  27.47 
 
 		 338 aa  75.5  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7660  outer membrane protein (porin)  27.15 
 
 		 366 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0194748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  23.81 
 
 		 357 aa  74.3  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  27.89 
 
 		 362 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3712  porin  26.98 
 
 		 350 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0718332  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  29.21 
 
 		 370 aa  72.8  0.000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  28.66 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  25.2 
 
 		 356 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  28.69 
 
 		 362 aa  72.4  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  26.28 
 
 		 369 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1469  outer membrane protein (porin)-like  26.09 
 
 		 360 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00910235  normal  0.207544 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2271  porin  28.15 
 
 		 355 aa  72  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0154536  hitchhiker  0.000000413543 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1141  porin  25.91 
 
 		 327 aa  72  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3122  periplasmic-binding protein  28.53 
 
 		 413 aa  70.9  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00833115  normal  0.0608186 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  25.65 
 
 		 349 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  25.2 
 
 		 356 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2933  porin  27.2 
 
 		 365 aa  70.5  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435653 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  25.2 
 
 		 356 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  27.58 
 
 		 352 aa  70.1  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  27.58 
 
 		 352 aa  70.1  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  24.8 
 
 		 356 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  28.45 
 
 		 344 aa  69.7  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3210  porin Gram-negative type  26.9 
 
 		 375 aa  70.1  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.114966  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  27.75 
 
 		 352 aa  69.3  0.00000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1245  porin  25.49 
 
 		 342 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.240847  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1478  porin Gram-negative type  27.45 
 
 		 346 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0610  porin Gram-negative type  28.01 
 
 		 400 aa  67.8  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  27.57 
 
 		 350 aa  67.4  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  27.06 
 
 		 344 aa  67  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  28.88 
 
 		 344 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  28.53 
 
 		 344 aa  67  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  25.74 
 
 		 358 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1378  porin  27.22 
 
 		 354 aa  66.6  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0478872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4279  OmpC family outer membrane porin  27.36 
 
 		 361 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  29.32 
 
 		 351 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0949  porin Gram-negative type  24.86 
 
 		 411 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0379261 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  27.51 
 
 		 344 aa  65.5  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2423  porin  27.3 
 
 		 357 aa  65.1  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0610665 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4252  porin  28.57 
 
 		 385 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73857  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  27.63 
 
 		 344 aa  65.1  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  26.6 
 
 		 362 aa  65.5  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  25.56 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  26.38 
 
 		 344 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3740  porin  27.24 
 
 		 389 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4628  porin  27.24 
 
 		 389 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2999  porin Gram-negative type  27.49 
 
 		 354 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0343  outer membrane porin  25.75 
 
 		 358 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  27.91 
 
 		 356 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  26.26 
 
 		 363 aa  63.2  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0429  porin Gram-negative type  27.03 
 
 		 361 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.568653 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2717  OmpC family outer membrane porin  25.77 
 
 		 355 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000457721  normal  0.182742 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  26.65 
 
 		 358 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0768  OmpC family outer membrane porin  30.58 
 
 		 393 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  27.54 
 
 		 356 aa  62  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  25.21 
 
 		 387 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2589  porin Gram-negative type  27.22 
 
 		 358 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2739  OmpC family outer membrane porin  26 
 
 		 364 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0788528 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  26.13 
 
 		 349 aa  61.6  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3158  porin  24.8 
 
 		 368 aa  62  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1174  porin  26.15 
 
 		 363 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5676  porin  26.9 
 
 		 389 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4328  porin  26.41 
 
 		 391 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.428613  normal  0.0399975 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2038  porin  28.05 
 
 		 360 aa  62  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0355  outer membrane porin  25.63 
 
 		 358 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17583  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1114  porin  27.1 
 
 		 365 aa  60.8  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.600912 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0152  porin Gram-negative type  26.67 
 
 		 326 aa  60.8  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0265  porin  26.18 
 
 		 373 aa  61.2  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0179073  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4447  porin Gram-negative type  29.27 
 
 		 393 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  27.16 
 
 		 344 aa  60.5  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  26.89 
 
 		 358 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  26.61 
 
 		 358 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6530  outer membrane protein, (porin)-like  28.38 
 
 		 417 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0134  porin  27.13 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>