More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2589 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2999  porin Gram-negative type  97.77 
 
 		 354 aa  701    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2589  porin Gram-negative type  100 
 
 		 358 aa  723    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2760  putative porin signal peptide protein  72.07 
 
 		 353 aa  480  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.102409  normal  0.556039 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2271  porin  61.63 
 
 		 355 aa  409  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0154536  hitchhiker  0.000000413543 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2314  porin  62.01 
 
 		 350 aa  407  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224998 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2136  porin signal peptide protein  56.84 
 
 		 352 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.101357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4097  porin  45.71 
 
 		 367 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.334732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1296  outer membrane protein (porin)  45.85 
 
 		 368 aa  289  6e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.066565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5754  porin  44.99 
 
 		 368 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4550  porin  44.99 
 
 		 368 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.537681 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3975  porin  45.3 
 
 		 369 aa  285  8e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0863036  normal  0.0262262 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4439  porin  45.3 
 
 		 369 aa  285  9e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.989602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1412  porin  44.51 
 
 		 371 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.170387  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3611  porin  43.32 
 
 		 370 aa  279  4e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1242  putative outer membrane porin  44.23 
 
 		 371 aa  279  4e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0486  putative outer membrane porin  44.23 
 
 		 371 aa  279  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.278408  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1437  outer membrane porin  44.23 
 
 		 371 aa  279  4e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.817141  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1352  outer membrane porin  44.23 
 
 		 371 aa  279  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0561388  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2592  outer membrane porin protein  44.23 
 
 		 371 aa  279  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1086  putative outer membrane porin  44.23 
 
 		 371 aa  279  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0213  putative outer membrane porin  44.23 
 
 		 371 aa  279  4e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2933  porin  47.51 
 
 		 365 aa  276  4e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435653 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3818  porin  44.86 
 
 		 369 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5307  porin Gram-negative type  42.78 
 
 		 361 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1236  outer membrane porin lipoprotein transmembrane  45.56 
 
 		 369 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1174  porin  45.88 
 
 		 363 aa  269  5e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3132  porin  39.28 
 
 		 376 aa  242  7e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.011649  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0843  OmpC family outer membrane porin  40.69 
 
 		 375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0712597 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1086  putative outer membrane porin  42.01 
 
 		 362 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.420468  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0743  outer membrane porin, putative  42.01 
 
 		 362 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000425296  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1244  porin  42.01 
 
 		 362 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289233  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2270  putative outer membrane porin  42.01 
 
 		 362 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1091  putative outer membrane porin  42.01 
 
 		 363 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.432467  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1583  putative outer membrane porin  42.01 
 
 		 362 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0360665  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3014  putative outer membrane porin  42.01 
 
 		 362 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000144829  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0884  porin  42.47 
 
 		 362 aa  237  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.273334  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2167  OmpC family outer membrane porin  42.49 
 
 		 369 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000159789  hitchhiker  0.00000436019 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6806  OmpC family outer membrane porin  40.96 
 
 		 383 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2320  outer membrane protein (porin)-like protein  41.18 
 
 		 360 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0798185  normal  0.76892 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2455  outer membrane protein (porin)-like protein  41.29 
 
 		 361 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00019464  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5737  outer membrane protein (porin)-like  40.4 
 
 		 359 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0160198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0880  outer membrane protein (porin)-like protein  40.85 
 
 		 360 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1119  outer membrane porin, OmpC family  40.33 
 
 		 383 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.561071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1798  outer membrane protein (porin)-like  40.11 
 
 		 359 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.660059  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2410  outer membrane protein (porin)-like protein  40.11 
 
 		 359 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.08631  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2414  outer membrane protein (porin)-like protein  40.11 
 
 		 358 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200003  decreased coverage  0.00381795 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1313  OmpC family outer membrane porin  37.44 
 
 		 399 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0122268  normal  0.936999 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3394  OmpC family outer membrane porin  39.78 
 
 		 383 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6941  outer membrane protein (porin)  37.64 
 
 		 373 aa  199  9e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000000310318  normal  0.643054 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7242  outer membrane protein (porin)  34.16 
 
 		 372 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.264722  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  36.61 
 
 		 355 aa  170  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  36.61 
 
 		 355 aa  170  4e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  37.64 
 
 		 355 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  37.06 
 
 		 368 aa  164  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  35.36 
 
 		 354 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  34.41 
 
 		 363 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  36.97 
 
 		 379 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  35.23 
 
 		 363 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  35.23 
 
 		 363 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  35.23 
 
 		 363 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  34.68 
 
 		 449 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  35.23 
 
 		 363 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  35.56 
 
 		 355 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  35.23 
 
 		 363 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  37.27 
 
 		 371 aa  156  6e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  33.61 
 
 		 358 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  36.16 
 
 		 402 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  34.53 
 
 		 363 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  32.61 
 
 		 367 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  34.8 
 
 		 392 aa  146  6e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  33.16 
 
 		 354 aa  146  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  35.16 
 
 		 376 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  35.41 
 
 		 363 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  35.2 
 
 		 363 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  33.33 
 
 		 367 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  35.81 
 
 		 374 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  34.04 
 
 		 386 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  34.04 
 
 		 386 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  33.63 
 
 		 353 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  33.04 
 
 		 363 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  33.85 
 
 		 361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  32.55 
 
 		 363 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  32.55 
 
 		 363 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  35 
 
 		 368 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3241  porin  32.22 
 
 		 390 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.535768 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4922  porin  32.22 
 
 		 390 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  33.52 
 
 		 352 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0285  outer membrane protein (porin)  33.42 
 
 		 367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6498  porin  31.61 
 
 		 390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0845493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0106  OmpC family outer membrane porin  33.08 
 
 		 398 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  32.82 
 
 		 376 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  32.43 
 
 		 362 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  32.52 
 
 		 365 aa  126  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6772  porin Gram-negative type  33.42 
 
 		 377 aa  126  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00264492  normal  0.103826 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6666  outer membrane protein (porin)  31.86 
 
 		 373 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16051  normal  0.0897495 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  31.75 
 
 		 364 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  30.9 
 
 		 354 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  34.38 
 
 		 353 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0061  OmpC family outer membrane porin  34.13 
 
 		 379 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  32.43 
 
 		 401 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>