46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0677 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0677  porin  100 
 
 		 350 aa  711    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0613  porin  79.15 
 
 		 355 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0635  outer membrane insertion C-terminal signal  79.15 
 
 		 355 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0640  porin  79.15 
 
 		 355 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3752  porin  78.87 
 
 		 355 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3847  porin  49.16 
 
 		 354 aa  330  2e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2472  porin  45.33 
 
 		 358 aa  291  1e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0827968  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0238  porin  37.09 
 
 		 362 aa  227  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2545  porin  37.54 
 
 		 373 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000114495  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4215  porin  37.73 
 
 		 352 aa  211  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.489674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1360  porin  37.09 
 
 		 383 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.646468  hitchhiker  0.000832338 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1259  porin  34.89 
 
 		 386 aa  188  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042009 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2365  porin  32.12 
 
 		 361 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.132494  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3663  porin  34 
 
 		 348 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0282  porin  34 
 
 		 348 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3127  porin Gram-negative type  31.15 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.970335  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06287  hypothetical protein  25.46 
 
 		 322 aa  57  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0024  porin Gram-negative type  32.47 
 
 		 350 aa  54.7  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.133917 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0230  putative outer membrane protein  24.54 
 
 		 331 aa  53.9  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  27.04 
 
 		 308 aa  52.8  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001436  non-specific porin  23.7 
 
 		 323 aa  50.8  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.154506  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1474  porin  24.41 
 
 		 311 aa  50.1  0.00006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  25.18 
 
 		 340 aa  50.1  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2182  outer membrane protein, porin  23.76 
 
 		 352 aa  48.9  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2569  porin  24.28 
 
 		 365 aa  48.9  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.0000000237522  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  26.98 
 
 		 372 aa  47.8  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05099  porin  23.29 
 
 		 321 aa  47.4  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  25.59 
 
 		 316 aa  47.4  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2010  porin  29.51 
 
 		 347 aa  46.6  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0427  putative outer membrane pore protein  25.91 
 
 		 340 aa  45.8  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0162  outer membrane protein OmpU  25 
 
 		 350 aa  44.7  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000502396  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  24.92 
 
 		 314 aa  45.1  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3613  porin  23.48 
 
 		 310 aa  45.1  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.479442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002599  outer membrane protein OmpU  25.25 
 
 		 336 aa  44.7  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0233564  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  35.23 
 
 		 345 aa  44.3  0.003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  27.65 
 
 		 321 aa  44.3  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  30.83 
 
 		 377 aa  43.5  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  30.83 
 
 		 377 aa  43.5  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  30.83 
 
 		 377 aa  43.5  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  30.83 
 
 		 377 aa  43.5  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  32.5 
 
 		 378 aa  43.5  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  30.83 
 
 		 377 aa  43.5  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  30.83 
 
 		 377 aa  43.5  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  30.83 
 
 		 377 aa  43.5  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  24.9 
 
 		 302 aa  42.7  0.009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  24.67 
 
 		 314 aa  42.7  0.01  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>