97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0238 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0238  porin  100 
 
 		 362 aa  743    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2545  porin  77.69 
 
 		 373 aa  586  1e-166  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000114495  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4215  porin  76.7 
 
 		 352 aa  552  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.489674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2365  porin  51.87 
 
 		 361 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.132494  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1259  porin  47.68 
 
 		 386 aa  361  1e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042009 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3663  porin  53.8 
 
 		 348 aa  345  8e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0282  porin  53.47 
 
 		 348 aa  344  1e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1360  porin  48.65 
 
 		 383 aa  344  1e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.646468  hitchhiker  0.000832338 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0640  porin  36.26 
 
 		 355 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3752  porin  36.54 
 
 		 355 aa  232  9e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0635  outer membrane insertion C-terminal signal  36.26 
 
 		 355 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0613  porin  36.26 
 
 		 355 aa  230  3e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0677  porin  37.09 
 
 		 350 aa  227  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3847  porin  35.05 
 
 		 354 aa  205  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2472  porin  34.21 
 
 		 358 aa  180  4e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0827968  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3634  outer membrane protein, (porin)  30.81 
 
 		 383 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  30.05 
 
 		 349 aa  57  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0519  porin  29.8 
 
 		 383 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  28.78 
 
 		 389 aa  55.8  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  31.33 
 
 		 370 aa  55.1  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  29.27 
 
 		 385 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  28.21 
 
 		 413 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  28.78 
 
 		 385 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  27.47 
 
 		 329 aa  54.3  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6406  porin Gram-negative type  27.9 
 
 		 381 aa  54.7  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3481  porin Gram-negative type  28.72 
 
 		 389 aa  54.7  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00201616  hitchhiker  0.00388153 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0066  porin  29.29 
 
 		 383 aa  53.1  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  28.98 
 
 		 377 aa  53.1  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0548  porin  29.29 
 
 		 383 aa  53.1  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979197  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  29.31 
 
 		 377 aa  52.8  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  29.31 
 
 		 377 aa  52.8  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0299  OmpC family outer membrane porin  32.59 
 
 		 391 aa  53.1  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90902  normal  0.882508 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  29.31 
 
 		 377 aa  52.8  0.000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  29.31 
 
 		 377 aa  52.8  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  29.31 
 
 		 377 aa  52.8  0.000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  29.31 
 
 		 377 aa  52.8  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2010  porin  33.33 
 
 		 347 aa  52.8  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0475  Outer membrane protein (porin)  28.19 
 
 		 389 aa  51.6  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0924719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0667  OmpC family outer membrane porin  30.46 
 
 		 389 aa  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000990839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  25.3 
 
 		 357 aa  51.6  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1250  OmpC family outer membrane porin  26.16 
 
 		 376 aa  50.8  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.748402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  29.87 
 
 		 354 aa  50.1  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  29.87 
 
 		 354 aa  50.1  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  28.25 
 
 		 378 aa  49.7  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  27.75 
 
 		 326 aa  48.9  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1937  porin  29.79 
 
 		 386 aa  48.1  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0139631 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  23.66 
 
 		 336 aa  48.1  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5740  porin Gram-negative type  28.93 
 
 		 403 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.917391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  28.82 
 
 		 436 aa  48.9  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4637  porin Gram-negative type  31.45 
 
 		 397 aa  47.8  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.546229 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  28.82 
 
 		 436 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  27.57 
 
 		 386 aa  47.8  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  27.57 
 
 		 386 aa  47.8  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  27.57 
 
 		 386 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  27.57 
 
 		 386 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  23.9 
 
 		 327 aa  47.8  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  27.57 
 
 		 386 aa  47.8  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  23.66 
 
 		 336 aa  47.4  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1819  OmpC family outer membrane porin  27.27 
 
 		 364 aa  47.4  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.223264  normal  0.224519 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0024  porin Gram-negative type  32.71 
 
 		 350 aa  46.6  0.0006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.133917 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  27.54 
 
 		 363 aa  46.6  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0483  putative outer membrane porin  27.57 
 
 		 386 aa  46.6  0.0006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1947  hypothetical protein  33.33 
 
 		 393 aa  46.6  0.0007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.309501  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5138  porin  26.51 
 
 		 396 aa  46.2  0.0009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0176797  normal  0.966332 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0393  OmpC family outer membrane porin  24.23 
 
 		 386 aa  45.4  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.728955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5348  porin  27.96 
 
 		 388 aa  46.2  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118369 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  29.82 
 
 		 384 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  29.66 
 
 		 384 aa  46.2  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5547  porin  27.4 
 
 		 362 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  29.55 
 
 		 373 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  29.55 
 
 		 373 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3632  porin  27.4 
 
 		 362 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  29.55 
 
 		 373 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4735  porin  27.4 
 
 		 362 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  28.12 
 
 		 365 aa  44.7  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1228  OmpC family outer membrane porin  24.89 
 
 		 387 aa  44.3  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.208027 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  28.7 
 
 		 373 aa  43.9  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  30 
 
 		 360 aa  43.9  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  27.5 
 
 		 354 aa  43.9  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0818  porin  30.61 
 
 		 356 aa  43.9  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.94844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  27.5 
 
 		 354 aa  43.9  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2684  porin  26.23 
 
 		 402 aa  43.5  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5024  porin  31.68 
 
 		 397 aa  43.5  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2364  OmpC family outer membrane porin  32.09 
 
 		 409 aa  43.5  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.247928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6531  porin Gram-negative type  28.48 
 
 		 395 aa  43.5  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.158369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2596  outer membrane protein (porin)  24.12 
 
 		 394 aa  43.5  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3119  porin  31.68 
 
 		 421 aa  43.1  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5248  porin  31.68 
 
 		 421 aa  43.1  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  22.55 
 
 		 371 aa  43.1  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4373  outer membrane protein (porin)-like  26.64 
 
 		 351 aa  43.1  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0705727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3463  porin  30.49 
 
 		 445 aa  43.1  0.007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06284  hypothetical protein  23.79 
 
 		 352 aa  43.1  0.008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1952  porin  31.52 
 
 		 348 aa  43.1  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0650784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0926  OmpC family outer membrane porin  27.43 
 
 		 386 aa  42.7  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.412323  normal  0.203503 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  28.7 
 
 		 373 aa  42.7  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1343  porin  30.53 
 
 		 355 aa  42.7  0.01  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.674319  normal  0.0139944 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  25 
 
 		 368 aa  42.7  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>