60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4215 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4215  porin  100 
 
 		 352 aa  719    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.489674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0238  porin  76.7 
 
 		 362 aa  552  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2545  porin  75.71 
 
 		 373 aa  547  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000114495  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2365  porin  53.71 
 
 		 361 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.132494  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1259  porin  54.28 
 
 		 386 aa  353  4e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042009 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3663  porin  54.15 
 
 		 348 aa  348  7e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0282  porin  53.82 
 
 		 348 aa  347  2e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1360  porin  49.1 
 
 		 383 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.646468  hitchhiker  0.000832338 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0640  porin  39.14 
 
 		 355 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3752  porin  38.53 
 
 		 355 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0635  outer membrane insertion C-terminal signal  38.53 
 
 		 355 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0613  porin  38.23 
 
 		 355 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0677  porin  37.73 
 
 		 350 aa  211  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3847  porin  32.97 
 
 		 354 aa  196  6e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2472  porin  32.73 
 
 		 358 aa  162  6e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0827968  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3634  outer membrane protein, (porin)  29.95 
 
 		 383 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  28.43 
 
 		 389 aa  54.3  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  30.67 
 
 		 370 aa  53.9  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3481  porin Gram-negative type  28.43 
 
 		 389 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00201616  hitchhiker  0.00388153 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0519  porin  28.93 
 
 		 383 aa  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  28.43 
 
 		 385 aa  50.8  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  27.92 
 
 		 385 aa  50.1  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  27.43 
 
 		 326 aa  50.1  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  26.92 
 
 		 329 aa  49.7  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  27.33 
 
 		 413 aa  49.3  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0548  porin  28.43 
 
 		 383 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979197  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0066  porin  28.43 
 
 		 383 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  28.34 
 
 		 349 aa  48.5  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2010  porin  22.95 
 
 		 347 aa  48.1  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  27.04 
 
 		 357 aa  48.1  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0475  Outer membrane protein (porin)  27.41 
 
 		 389 aa  47.8  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0924719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  29.25 
 
 		 354 aa  47  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  29.25 
 
 		 354 aa  47  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  29.01 
 
 		 436 aa  47  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  27.55 
 
 		 436 aa  46.2  0.0009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  27.55 
 
 		 386 aa  46.2  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  27.55 
 
 		 386 aa  46.2  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  27.55 
 
 		 386 aa  46.2  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  27.55 
 
 		 386 aa  46.2  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  27.55 
 
 		 386 aa  46.2  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4230  porin  26.18 
 
 		 357 aa  45.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0024  porin Gram-negative type  30.84 
 
 		 350 aa  44.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.133917 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0483  putative outer membrane porin  27.55 
 
 		 386 aa  45.1  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0230  putative outer membrane protein  24.69 
 
 		 331 aa  44.7  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  27.33 
 
 		 377 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  27.33 
 
 		 377 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  27.33 
 
 		 377 aa  44.3  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1819  OmpC family outer membrane porin  27.49 
 
 		 364 aa  44.3  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.223264  normal  0.224519 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  27.33 
 
 		 377 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  27.33 
 
 		 377 aa  44.3  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  27.33 
 
 		 377 aa  44.3  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  27.33 
 
 		 377 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5740  porin Gram-negative type  28.43 
 
 		 403 aa  43.9  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.917391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1947  hypothetical protein  31.18 
 
 		 393 aa  43.5  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.309501  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  24.21 
 
 		 362 aa  43.5  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  26.42 
 
 		 378 aa  43.5  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  31.58 
 
 		 365 aa  43.5  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0667  OmpC family outer membrane porin  28.43 
 
 		 389 aa  43.1  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000990839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1937  porin  29.17 
 
 		 386 aa  42.7  0.008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0139631 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  23.19 
 
 		 327 aa  42.7  0.01  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>