27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1360 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1360  porin  100 
 
 		 383 aa  790    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.646468  hitchhiker  0.000832338 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1259  porin  65.3 
 
 		 386 aa  494  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042009 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0238  porin  48.65 
 
 		 362 aa  344  1e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4215  porin  49.1 
 
 		 352 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.489674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2545  porin  44.92 
 
 		 373 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000114495  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2365  porin  41.14 
 
 		 361 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.132494  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0282  porin  43.85 
 
 		 348 aa  261  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3663  porin  43.52 
 
 		 348 aa  259  4e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0635  outer membrane insertion C-terminal signal  34.71 
 
 		 355 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0640  porin  35.16 
 
 		 355 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3752  porin  34.89 
 
 		 355 aa  199  9e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0613  porin  35.16 
 
 		 355 aa  199  9e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0677  porin  37.09 
 
 		 350 aa  194  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3847  porin  32.78 
 
 		 354 aa  184  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2472  porin  30.87 
 
 		 358 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0827968  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  28.11 
 
 		 384 aa  46.2  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0024  porin Gram-negative type  29.65 
 
 		 350 aa  45.4  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.133917 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  29.03 
 
 		 373 aa  45.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  27.57 
 
 		 384 aa  45.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001232  outer membrane protein OmpU  26.94 
 
 		 319 aa  45.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0870457  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  26.49 
 
 		 373 aa  44.3  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  26.49 
 
 		 373 aa  44.3  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  22.62 
 
 		 349 aa  43.9  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  26.49 
 
 		 373 aa  44.3  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  26.49 
 
 		 373 aa  44.3  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  31.09 
 
 		 357 aa  43.5  0.007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  35.8 
 
 		 370 aa  43.1  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>