52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3663 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0282  porin  99.14 
 
 		 348 aa  705    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3663  porin  100 
 
 		 348 aa  709    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2365  porin  53.74 
 
 		 361 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.132494  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4215  porin  49.86 
 
 		 352 aa  365  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.489674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0238  porin  52.76 
 
 		 362 aa  362  6e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2545  porin  49.01 
 
 		 373 aa  342  7e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000114495  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1259  porin  45.72 
 
 		 386 aa  288  7e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042009 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1360  porin  40.29 
 
 		 383 aa  264  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.646468  hitchhiker  0.000832338 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0640  porin  34.08 
 
 		 355 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0613  porin  34.08 
 
 		 355 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0635  outer membrane insertion C-terminal signal  33.8 
 
 		 355 aa  210  3e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3752  porin  33.62 
 
 		 355 aa  209  8e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3847  porin  33.89 
 
 		 354 aa  200  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0677  porin  33.15 
 
 		 350 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2472  porin  31.23 
 
 		 358 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0827968  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06741  hypothetical protein  26.05 
 
 		 330 aa  54.7  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  29.17 
 
 		 349 aa  54.7  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  29.69 
 
 		 377 aa  48.1  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  29.69 
 
 		 377 aa  48.1  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  29.69 
 
 		 377 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  29.69 
 
 		 377 aa  48.1  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  29.69 
 
 		 377 aa  48.1  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  29.69 
 
 		 377 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  30.16 
 
 		 378 aa  47.4  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  29.69 
 
 		 377 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1687  outer membrane porin protein LC  26.15 
 
 		 362 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.535168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1770  outer membrane porin protein LC  26.15 
 
 		 362 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.895795 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1750  outer membrane porin protein LC  26.15 
 
 		 362 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  26.94 
 
 		 349 aa  47  0.0005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1689  outer membrane porin protein LC  26.15 
 
 		 362 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.808726 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1124  outer membrane protein N  27.68 
 
 		 403 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181987  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  29.41 
 
 		 357 aa  46.6  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1776  outer membrane protein N  35.71 
 
 		 372 aa  46.2  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.728933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  30.38 
 
 		 357 aa  45.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0935  OmpC family outer membrane porin  27.63 
 
 		 372 aa  44.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000655737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04813  hypothetical protein  26.4 
 
 		 365 aa  44.7  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3613  porin  23.28 
 
 		 310 aa  45.1  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.479442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0572  outer membrane protein, putative porin  24.6 
 
 		 312 aa  45.1  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6772  porin Gram-negative type  25.52 
 
 		 377 aa  45.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00264492  normal  0.103826 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1952  putative outer membrane porin  24.52 
 
 		 359 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.832177  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  26.55 
 
 		 413 aa  44.3  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2230  putative outer membrane porin  24.52 
 
 		 359 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.856101  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1256  putative outer membrane porin  24.52 
 
 		 359 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0969  putative outer membrane porin  24.52 
 
 		 359 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.449227  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2010  porin  32.41 
 
 		 347 aa  43.5  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1474  porin  23.18 
 
 		 311 aa  43.1  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  29.35 
 
 		 340 aa  43.1  0.007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2159  outer membrane protein N  34.34 
 
 		 398 aa  42.7  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.142593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2212  outer membrane protein N  34.34 
 
 		 398 aa  43.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466216  normal  0.580794 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2155  outer membrane protein F  34.34 
 
 		 400 aa  43.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.977291  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  23.26 
 
 		 346 aa  42.7  0.01  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2057  porin  33.65 
 
 		 359 aa  42.7  0.01  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>