18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1259 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1259  porin  100 
 
 		 386 aa  796    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042009 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1360  porin  62.89 
 
 		 383 aa  508  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.646468  hitchhiker  0.000832338 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0238  porin  47.68 
 
 		 362 aa  363  3e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4215  porin  54.28 
 
 		 352 aa  353  4e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.489674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2545  porin  44.19 
 
 		 373 aa  345  7e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000114495  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0282  porin  46.18 
 
 		 348 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3663  porin  45.85 
 
 		 348 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2365  porin  40.17 
 
 		 361 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.132494  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0635  outer membrane insertion C-terminal signal  32.8 
 
 		 355 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0613  porin  32.8 
 
 		 355 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3752  porin  32.54 
 
 		 355 aa  196  6e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0640  porin  32.8 
 
 		 355 aa  196  6e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0677  porin  33.95 
 
 		 350 aa  192  8e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3847  porin  33.59 
 
 		 354 aa  179  5.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2472  porin  31.3 
 
 		 358 aa  158  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0827968  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  25.83 
 
 		 351 aa  47.4  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0024  porin Gram-negative type  31.82 
 
 		 350 aa  43.9  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.133917 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  30.51 
 
 		 357 aa  43.5  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>