More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2717 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3136  C4-dicarboxylate transport protein  87.1 
 
 
465 aa  809    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2951  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  87.96 
 
 
465 aa  800    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0943549  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2211  C4-dicarboxylate transport protein  88.82 
 
 
466 aa  774    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2808  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  87.96 
 
 
465 aa  799    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0620  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  72.9 
 
 
465 aa  655    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.447582  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1444  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  92.04 
 
 
465 aa  791    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.538957  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1724  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  91.61 
 
 
465 aa  795    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.181142 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1361  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  88.82 
 
 
465 aa  806    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.605043  normal  0.0327101 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1426  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  88.82 
 
 
465 aa  808    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0870097  normal  0.820962 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1550  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  87.96 
 
 
465 aa  800    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0883981  normal  0.362308 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2717  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  100 
 
 
465 aa  913    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0391497  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2910  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  92.26 
 
 
465 aa  823    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1414  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  88.6 
 
 
465 aa  806    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.70486  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2502  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  87.1 
 
 
465 aa  786    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2826  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  87.96 
 
 
465 aa  800    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.922037  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68290  C4-dicarboxylate transporter  59.26 
 
 
427 aa  491  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.13758 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004048  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system large permease component  57.02 
 
 
453 aa  480  1e-134  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5908  C4-dicarboxylate transporter  59.26 
 
 
427 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.75076  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1517  C4-dicarboxylate transport protein  56.8 
 
 
453 aa  476  1e-133  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4297  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  58.86 
 
 
426 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3327  TRAP dicarboxylate transporter DctM subunit  59.69 
 
 
430 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.868747  normal  0.343483 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0538  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  55.7 
 
 
457 aa  457  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0710  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  55.7 
 
 
457 aa  452  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03630  TRAP dicarboxylate transporter, large integral membrane subunit; DctM  59.26 
 
 
427 aa  452  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00244507  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3052  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  57.79 
 
 
427 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.669713  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1811  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  54.9 
 
 
458 aa  437  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0867737 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52810  C4-dicarboxylate transporter  58.99 
 
 
427 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4628  C4-dicarboxylate transporter  58.99 
 
 
427 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.60895  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1822  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  48.01 
 
 
460 aa  397  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00945671  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0331  trap dicarboxylate transporter- dctm subunit  48.6 
 
 
430 aa  396  1e-109  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2121  C4-dicarboxylate transport system permease, large subunit  48.03 
 
 
427 aa  393  1e-108  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.306053  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2787  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  48.46 
 
 
459 aa  384  1e-105  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2137  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  53.65 
 
 
428 aa  379  1e-104  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0123809  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3396  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  47.72 
 
 
427 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.903787  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2991  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  46.84 
 
 
427 aa  377  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0932755  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1574  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  48.01 
 
 
459 aa  377  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1481  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  47.07 
 
 
427 aa  369  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16562  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4175  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  47.07 
 
 
427 aa  369  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0614852  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2262  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  46.85 
 
 
441 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2115  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  46.85 
 
 
441 aa  364  2e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288069  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3676  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  47.25 
 
 
427 aa  359  5e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6041  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component (dctM subunit)  46.65 
 
 
441 aa  358  9e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.145661  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0912  TRAP dicarboxylate family transporter DctM subunit  47.35 
 
 
441 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.836274  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5946  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  47.77 
 
 
441 aa  356  5.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133391  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3483  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  47.05 
 
 
427 aa  355  7.999999999999999e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2571  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  47.13 
 
 
441 aa  355  1e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.870036  normal  0.517324 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0241  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  46.71 
 
 
441 aa  354  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.300698  normal  0.23963 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2661  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  42.54 
 
 
462 aa  354  2e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.770322  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3266  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  45.95 
 
 
427 aa  351  1e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341254  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4120  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  44.96 
 
 
440 aa  343  4e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.141301  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5226  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  47.69 
 
 
441 aa  342  7e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0960197 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3232  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  46.22 
 
 
441 aa  339  5.9999999999999996e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.941655  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0445  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  46.36 
 
 
427 aa  323  4e-87  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000085422  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0917  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  59.11 
 
 
537 aa  320  3e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0829086  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1931  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.67 
 
 
640 aa  278  1e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3956  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  38.01 
 
 
425 aa  269  7e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.148208 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0090  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  36.84 
 
 
446 aa  268  1e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1069  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.57 
 
 
426 aa  265  2e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000354395  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1939  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  36.83 
 
 
425 aa  263  4e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0392462  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1742  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  36.83 
 
 
425 aa  262  1e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0270  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.81 
 
 
425 aa  258  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1722  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  38.94 
 
 
424 aa  257  3e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11461  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3874  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  36.4 
 
 
428 aa  256  5e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.102168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1869  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  35.59 
 
 
425 aa  256  6e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0850712  normal  0.204249 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2756  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  36.38 
 
 
628 aa  256  7e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.95761  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1274  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  34.87 
 
 
635 aa  256  8e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0864144  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0369  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.93 
 
 
624 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3297  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.56 
 
 
425 aa  255  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0515873  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0543  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.15 
 
 
426 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0492  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.22 
 
 
634 aa  249  6e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.189133 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0448  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  35.08 
 
 
425 aa  249  8e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0342  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.63 
 
 
430 aa  245  9.999999999999999e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02560  hypothetical protein  35.89 
 
 
426 aa  244  1.9999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1589  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.28 
 
 
633 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000238856  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0409  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.41 
 
 
427 aa  242  7.999999999999999e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2498  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.2 
 
 
430 aa  241  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.768752  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2401  TRAP transporter, DctM subunit  34.2 
 
 
430 aa  241  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000128119  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1687  TRAP transporter subunit DctM  34.2 
 
 
429 aa  238  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00011098  normal  0.0463686 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2978  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  36.75 
 
 
426 aa  238  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.735249  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1112  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.11 
 
 
427 aa  237  3e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.192986 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3456  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.43 
 
 
426 aa  237  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.256868 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4093  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.92 
 
 
425 aa  237  4e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.164335  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2291  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  31.95 
 
 
421 aa  236  6e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.5258 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3019  C4-dicarboxylate transport system, large permease subunit  32.96 
 
 
427 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0108982  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0385  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.62 
 
 
430 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3673  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.66 
 
 
438 aa  233  4.0000000000000004e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5945  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.16 
 
 
428 aa  230  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4244  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.63 
 
 
426 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.525518  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1167  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.02 
 
 
426 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0119515 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3966  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  32.53 
 
 
464 aa  229  7e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.352958  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1201  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.25 
 
 
426 aa  229  9e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2320  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  32.97 
 
 
434 aa  229  1e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0130  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component (dctM subunit)  32.67 
 
 
430 aa  229  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3868  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  35.24 
 
 
433 aa  228  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.759388  normal  0.423135 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0898  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.53 
 
 
426 aa  227  4e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.23627  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1185  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.8 
 
 
426 aa  227  4e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0078152  normal  0.144434 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0934  ribosomal protein L16  33.98 
 
 
435 aa  226  5.0000000000000005e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.113697  hitchhiker  0.00733606 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2445  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.48 
 
 
424 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4014  TRAP-T family transporter large inner membrane subunit DctM  33.54 
 
 
446 aa  226  7e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0787  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  32.68 
 
 
425 aa  226  9e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.155072  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>