More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1414 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3136  C4-dicarboxylate transport protein  92.9 
 
 
465 aa  857    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2910  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  88.6 
 
 
465 aa  788    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2502  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  93.33 
 
 
465 aa  833    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1444  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  88.82 
 
 
465 aa  764    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.538957  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1550  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  95.27 
 
 
465 aa  853    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0883981  normal  0.362308 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2808  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  95.05 
 
 
465 aa  851    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2211  C4-dicarboxylate transport protein  87.74 
 
 
466 aa  757    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0620  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  72.26 
 
 
465 aa  655    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.447582  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1724  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  87.74 
 
 
465 aa  759    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.181142 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2826  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  95.27 
 
 
465 aa  853    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.922037  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2951  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  95.27 
 
 
465 aa  853    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0943549  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1361  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  99.35 
 
 
465 aa  905    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.605043  normal  0.0327101 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1426  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  98.71 
 
 
465 aa  900    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0870097  normal  0.820962 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2717  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  88.6 
 
 
465 aa  785    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0391497  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1414  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  100 
 
 
465 aa  910    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.70486  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68290  C4-dicarboxylate transporter  58.74 
 
 
427 aa  488  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.13758 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5908  C4-dicarboxylate transporter  58.74 
 
 
427 aa  478  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.75076  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004048  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system large permease component  57.08 
 
 
453 aa  476  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1517  C4-dicarboxylate transport protein  56.21 
 
 
453 aa  477  1e-133  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4297  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  56.95 
 
 
426 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0538  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  55.99 
 
 
457 aa  459  9.999999999999999e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03630  TRAP dicarboxylate transporter, large integral membrane subunit; DctM  58.56 
 
 
427 aa  450  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00244507  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3052  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  56.88 
 
 
427 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.669713  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0710  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  55.34 
 
 
457 aa  451  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3327  TRAP dicarboxylate transporter DctM subunit  57.96 
 
 
430 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.868747  normal  0.343483 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1811  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  53.83 
 
 
458 aa  437  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0867737 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4628  C4-dicarboxylate transporter  58.24 
 
 
427 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.60895  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52810  C4-dicarboxylate transporter  58.24 
 
 
427 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1822  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  48.8 
 
 
460 aa  402  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00945671  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2787  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  49.78 
 
 
459 aa  392  1e-107  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2991  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  48.9 
 
 
427 aa  388  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0932755  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0331  trap dicarboxylate transporter- dctm subunit  46.45 
 
 
430 aa  385  1e-106  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2137  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  53.27 
 
 
428 aa  383  1e-105  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0123809  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3396  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  48.37 
 
 
427 aa  382  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.903787  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1574  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  49.12 
 
 
459 aa  385  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2121  C4-dicarboxylate transport system permease, large subunit  45.65 
 
 
427 aa  380  1e-104  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.306053  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2262  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  47.48 
 
 
441 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1481  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  49.35 
 
 
427 aa  372  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16562  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4175  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  49.35 
 
 
427 aa  373  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0614852  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2115  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  47.27 
 
 
441 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288069  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3676  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  48.58 
 
 
427 aa  369  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6041  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component (dctM subunit)  48.81 
 
 
441 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.145661  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2661  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  43.76 
 
 
462 aa  367  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.770322  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5946  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  49.15 
 
 
441 aa  365  1e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133391  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3483  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  48.37 
 
 
427 aa  363  3e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2571  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  47.57 
 
 
441 aa  363  5.0000000000000005e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.870036  normal  0.517324 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0912  TRAP dicarboxylate family transporter DctM subunit  47.36 
 
 
441 aa  362  9e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.836274  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3266  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  45.51 
 
 
427 aa  362  1e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341254  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0241  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  46.93 
 
 
441 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.300698  normal  0.23963 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5226  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  48.95 
 
 
441 aa  352  8e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0960197 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3232  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  47.27 
 
 
441 aa  346  5e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.941655  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4120  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  44.44 
 
 
440 aa  346  5e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.141301  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0445  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  46.38 
 
 
427 aa  331  2e-89  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000085422  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0917  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  59.7 
 
 
537 aa  324  2e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0829086  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1931  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.58 
 
 
640 aa  280  4e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3956  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.97 
 
 
425 aa  278  2e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.148208 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1939  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.44 
 
 
425 aa  276  5e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0392462  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1742  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.44 
 
 
425 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0090  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  37.94 
 
 
446 aa  273  3e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3874  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.06 
 
 
428 aa  272  1e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.102168 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1069  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  36.01 
 
 
426 aa  270  5.9999999999999995e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000354395  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0369  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.17 
 
 
624 aa  269  8e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2756  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  36.68 
 
 
628 aa  266  8e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.95761  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3297  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.78 
 
 
425 aa  265  8.999999999999999e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0515873  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1722  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  39.04 
 
 
424 aa  262  8.999999999999999e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11461  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1869  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  37.06 
 
 
425 aa  262  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0850712  normal  0.204249 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1274  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  35.96 
 
 
635 aa  261  2e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0864144  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0270  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.21 
 
 
425 aa  260  3e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0448  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  36.48 
 
 
425 aa  258  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0492  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.66 
 
 
634 aa  252  1e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.189133 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0543  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  36.11 
 
 
426 aa  251  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0342  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.19 
 
 
430 aa  251  3e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0934  ribosomal protein L16  37.5 
 
 
435 aa  249  7e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.113697  hitchhiker  0.00733606 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1589  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.28 
 
 
633 aa  246  6e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000238856  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2401  TRAP transporter, DctM subunit  33.48 
 
 
430 aa  246  6.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000128119  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2498  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.48 
 
 
430 aa  246  6.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.768752  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2291  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.41 
 
 
421 aa  245  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.5258 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3673  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.56 
 
 
438 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0409  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.27 
 
 
427 aa  243  5e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4093  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.12 
 
 
425 aa  243  6e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.164335  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1687  TRAP transporter subunit DctM  33.48 
 
 
429 aa  242  7.999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00011098  normal  0.0463686 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2978  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  36.08 
 
 
426 aa  242  9e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.735249  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02560  hypothetical protein  34.52 
 
 
426 aa  242  1e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0385  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.84 
 
 
430 aa  241  2e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1112  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.43 
 
 
427 aa  237  3e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.192986 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3456  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  32.46 
 
 
426 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.256868 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5945  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.89 
 
 
428 aa  236  7e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3868  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  36.44 
 
 
433 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.759388  normal  0.423135 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2320  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  32.24 
 
 
434 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3019  C4-dicarboxylate transport system, large permease subunit  32.37 
 
 
427 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0108982  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3001  TRAP transporter - DctM subunit  35.16 
 
 
438 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2445  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.01 
 
 
424 aa  233  6e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0130  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component (dctM subunit)  33.41 
 
 
430 aa  232  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3116  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.61 
 
 
422 aa  231  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.827435  hitchhiker  0.000905066 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4244  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.95 
 
 
426 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.525518  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1201  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.51 
 
 
426 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1167  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.29 
 
 
426 aa  227  4e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0119515 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4014  TRAP-T family transporter large inner membrane subunit DctM  32.28 
 
 
446 aa  226  6e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1185  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.51 
 
 
426 aa  226  7e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0078152  normal  0.144434 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1266  alanyl-tRNA synthetase class IIC  36.75 
 
 
432 aa  226  8e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00488824  hitchhiker  0.00240758 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>