More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1112 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3456  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  74.7 
 
 
426 aa  649    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.256868 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3874  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  73.77 
 
 
428 aa  640    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.102168 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1112  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  100 
 
 
427 aa  822    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.192986 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0342  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  72.37 
 
 
430 aa  644    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1201  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  75.83 
 
 
426 aa  631  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1167  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  75.12 
 
 
426 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0119515 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1185  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  75.59 
 
 
426 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0078152  normal  0.144434 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3303  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  76.3 
 
 
426 aa  629  1e-179  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.99332 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4244  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  75.12 
 
 
426 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.525518  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0898  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  75.12 
 
 
426 aa  626  1e-178  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.23627  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2498  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  71.9 
 
 
430 aa  625  1e-178  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.768752  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2401  TRAP transporter, DctM subunit  71.9 
 
 
430 aa  625  1e-178  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000128119  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1049  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  74.41 
 
 
426 aa  622  1e-177  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.29892  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0385  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  72.13 
 
 
430 aa  623  1e-177  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1687  TRAP transporter subunit DctM  71.9 
 
 
429 aa  621  1e-177  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00011098  normal  0.0463686 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5744  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component  61.83 
 
 
429 aa  507  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2409  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  50 
 
 
426 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.112427 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0484  TRAP dicarboxylate family transporter DctM subunit  50.24 
 
 
426 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.424428  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2136  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  50.24 
 
 
426 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.486862  normal  0.94208 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2477  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  49.88 
 
 
426 aa  379  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.984848  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0934  ribosomal protein L16  46.98 
 
 
435 aa  373  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.113697  hitchhiker  0.00733606 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4746  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  48.46 
 
 
427 aa  359  6e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.001349 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1595  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  43.93 
 
 
430 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0130  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component (dctM subunit)  44 
 
 
430 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3105  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  43.29 
 
 
429 aa  350  4e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257739  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1266  alanyl-tRNA synthetase class IIC  45.81 
 
 
432 aa  349  7e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00488824  hitchhiker  0.00240758 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0233  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  47.42 
 
 
426 aa  342  1e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3868  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  47.53 
 
 
433 aa  338  7e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.759388  normal  0.423135 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4298  trap dicarboxylate transporter, dctm subunit  43.19 
 
 
435 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4382  trap dicarboxylate transporter subunit DctM  42.96 
 
 
435 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4450  trap dicarboxylate transporter DctM subunit  42.96 
 
 
435 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4338  trap dicarboxylate transporter subunit DctM  42.96 
 
 
435 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00909615 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4269  trap dicarboxylate transporter dctm subunit  42.72 
 
 
435 aa  330  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4766  TRAP transporter, DctM subunit  46.12 
 
 
433 aa  329  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.428747  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4449  TRAP transporter, DctM subunit  45.88 
 
 
433 aa  329  6e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3808  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  45.88 
 
 
433 aa  329  6e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0700836 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4675  TRAP transporter, DctM subunit  45.88 
 
 
433 aa  329  6e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1722  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  44.1 
 
 
431 aa  323  4e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0105525  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1822  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  40.24 
 
 
460 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00945671  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2594  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  43.44 
 
 
431 aa  319  6e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.149006 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3421  hypothetical protein  46.45 
 
 
435 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3427  hypothetical protein  46.45 
 
 
435 aa  313  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3522  hypothetical protein  46.45 
 
 
435 aa  313  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.392469  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3352  YgiK  46.45 
 
 
435 aa  313  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3307  TRAP transporter, DctM subunit  46.08 
 
 
434 aa  311  1e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.512903  decreased coverage  0.00482175 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2782  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  44.96 
 
 
432 aa  305  8.000000000000001e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0479747  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68290  C4-dicarboxylate transporter  43.86 
 
 
427 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.13758 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0133  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  45.31 
 
 
435 aa  304  2.0000000000000002e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0170692  normal  0.860525 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0543  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  42.15 
 
 
426 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3396  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  39.49 
 
 
427 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.903787  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3266  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  38.64 
 
 
427 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341254  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1931  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  41.94 
 
 
640 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2661  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  38.22 
 
 
462 aa  301  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.770322  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2115  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  37.5 
 
 
441 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288069  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2787  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  40.87 
 
 
459 aa  299  5e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2991  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  39.72 
 
 
427 aa  299  6e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0932755  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3366  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  40.33 
 
 
426 aa  299  6e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2262  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.27 
 
 
441 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5908  C4-dicarboxylate transporter  43.61 
 
 
427 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.75076  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1574  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  39.9 
 
 
459 aa  295  9e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0787  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  40.38 
 
 
425 aa  295  9e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.155072  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0409  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  39.38 
 
 
427 aa  294  2e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2445  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  42.49 
 
 
424 aa  294  2e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2978  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  42.69 
 
 
426 aa  292  7e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.735249  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4120  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.78 
 
 
440 aa  291  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.141301  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0331  trap dicarboxylate transporter- dctm subunit  40.14 
 
 
430 aa  290  3e-77  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0369  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  41.13 
 
 
624 aa  290  4e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4632  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  42.42 
 
 
624 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000248929  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3483  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  40.42 
 
 
427 aa  289  6e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2278  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  45.2 
 
 
433 aa  288  2e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5946  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.95 
 
 
441 aa  288  2e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133391  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2121  C4-dicarboxylate transport system permease, large subunit  38.8 
 
 
427 aa  287  2e-76  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.306053  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0492  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  41.19 
 
 
634 aa  286  4e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.189133 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1745  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  40.38 
 
 
418 aa  286  4e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4175  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  38.08 
 
 
427 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0614852  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6041  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component (dctM subunit)  36.77 
 
 
441 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.145661  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4093  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  39.76 
 
 
425 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.164335  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4297  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  43.37 
 
 
426 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1274  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  41.45 
 
 
635 aa  283  3.0000000000000004e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0864144  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2756  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  41.45 
 
 
628 aa  284  3.0000000000000004e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.95761  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1481  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  37.85 
 
 
427 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16562  n/a   
 
 
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NC_009952  Dshi_2753  TRAP dicarboxylate transporter  44.27 
 
 
429 aa  282  7.000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.580382  normal  0.0302374 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2481  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  42.82 
 
 
425 aa  280  3e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0196  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  45.01 
 
 
437 aa  280  5e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.288202  normal  0.148956 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1523  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  39.05 
 
 
429 aa  279  7e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.112561  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2137  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  40.19 
 
 
427 aa  278  1e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3676  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  38.79 
 
 
427 aa  278  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_3052  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  41.26 
 
 
427 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.669713  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02560  hypothetical protein  39.32 
 
 
426 aa  275  9e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009457  VC0395_A1517  C4-dicarboxylate transport protein  39.5 
 
 
453 aa  275  1.0000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_5945  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  38.48 
 
 
428 aa  275  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_012560  Avin_03630  TRAP dicarboxylate transporter, large integral membrane subunit; DctM  42.62 
 
 
427 aa  272  7e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00244507  n/a   
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_3946  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  39.27 
 
 
422 aa  272  8.000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009428  Rsph17025_0241  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.45 
 
 
441 aa  272  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.300698  normal  0.23963 
 
 
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NC_010511  M446_5226  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.27 
 
 
441 aa  271  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0960197 
 
 
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NC_007493  RSP_0912  TRAP dicarboxylate family transporter DctM subunit  35.91 
 
 
441 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.836274  n/a   
 
 
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NC_011368  Rleg2_4820  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  36.76 
 
 
468 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198908  normal  0.914376 
 
 
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NC_008228  Patl_0772  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  40.88 
 
 
426 aa  271  2e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2571  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.68 
 
 
441 aa  270  5e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.870036  normal  0.517324 
 
 
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NC_009952  Dshi_0956  TRAP dicarboxylate transporter  40.68 
 
 
428 aa  269  7e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.943457 
 
 
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