More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3136 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1444  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  86.45 
 
 
465 aa  750    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.538957  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3136  C4-dicarboxylate transport protein  100 
 
 
465 aa  910    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2808  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  89.68 
 
 
465 aa  815    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2826  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  89.89 
 
 
465 aa  817    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.922037  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0620  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  70.97 
 
 
465 aa  650    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.447582  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1724  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  85.59 
 
 
465 aa  746    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.181142 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2910  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  86.45 
 
 
465 aa  771    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1550  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  89.89 
 
 
465 aa  817    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0883981  normal  0.362308 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2951  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  89.89 
 
 
465 aa  817    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0943549  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2502  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  90.11 
 
 
465 aa  815    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1361  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  92.9 
 
 
465 aa  843    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.605043  normal  0.0327101 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1426  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  93.55 
 
 
465 aa  849    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0870097  normal  0.820962 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2717  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  87.1 
 
 
465 aa  771    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0391497  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1414  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  92.9 
 
 
465 aa  843    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.70486  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2211  C4-dicarboxylate transport protein  86.88 
 
 
466 aa  748    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68290  C4-dicarboxylate transporter  59.87 
 
 
427 aa  498  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.13758 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5908  C4-dicarboxylate transporter  59.87 
 
 
427 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.75076  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4297  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  58.74 
 
 
426 aa  476  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1517  C4-dicarboxylate transport protein  56.43 
 
 
453 aa  473  1e-132  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004048  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system large permease component  55.77 
 
 
453 aa  469  1.0000000000000001e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03630  TRAP dicarboxylate transporter, large integral membrane subunit; DctM  59.68 
 
 
427 aa  461  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00244507  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3052  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  58.92 
 
 
427 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.669713  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0538  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  55.56 
 
 
457 aa  456  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3327  TRAP dicarboxylate transporter DctM subunit  59.47 
 
 
430 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.868747  normal  0.343483 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0710  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  54.9 
 
 
457 aa  447  1.0000000000000001e-124  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52810  C4-dicarboxylate transporter  60.27 
 
 
427 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4628  C4-dicarboxylate transporter  60.27 
 
 
427 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.60895  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1811  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  52.94 
 
 
458 aa  434  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0867737 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1822  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  49.45 
 
 
460 aa  412  1e-114  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00945671  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2787  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  49.78 
 
 
459 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0331  trap dicarboxylate transporter- dctm subunit  48.05 
 
 
430 aa  393  1e-108  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2991  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  49.34 
 
 
427 aa  391  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0932755  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1574  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  49.34 
 
 
459 aa  391  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2121  C4-dicarboxylate transport system permease, large subunit  47.61 
 
 
427 aa  390  1e-107  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.306053  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3396  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  49.57 
 
 
427 aa  389  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.903787  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4175  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  49.35 
 
 
427 aa  379  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0614852  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2115  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  47.69 
 
 
441 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288069  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2137  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  53.5 
 
 
428 aa  381  1e-104  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0123809  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2262  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  47.69 
 
 
441 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3676  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  49.46 
 
 
427 aa  376  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1481  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  49.35 
 
 
427 aa  378  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16562  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2661  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  43.98 
 
 
462 aa  372  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.770322  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5946  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  49.36 
 
 
441 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133391  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6041  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component (dctM subunit)  48.38 
 
 
441 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.145661  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2571  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  47.99 
 
 
441 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.870036  normal  0.517324 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3483  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  48.8 
 
 
427 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3266  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  45.95 
 
 
427 aa  368  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341254  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0912  TRAP dicarboxylate family transporter DctM subunit  47.78 
 
 
441 aa  364  2e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.836274  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0241  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  47.57 
 
 
441 aa  364  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.300698  normal  0.23963 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5226  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  49.16 
 
 
441 aa  361  1e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0960197 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4120  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  45.51 
 
 
440 aa  358  1.9999999999999998e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.141301  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3232  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  47.06 
 
 
441 aa  352  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.941655  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0445  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  46.38 
 
 
427 aa  331  2e-89  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000085422  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0917  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  57.04 
 
 
537 aa  318  9e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0829086  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1931  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  39.34 
 
 
640 aa  287  2e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1069  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  36.01 
 
 
426 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000354395  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3956  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.72 
 
 
425 aa  275  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.148208 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0369  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.39 
 
 
624 aa  273  7e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1939  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.72 
 
 
425 aa  271  2.9999999999999997e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0392462  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1742  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.72 
 
 
425 aa  269  7e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2756  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.17 
 
 
628 aa  269  8.999999999999999e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.95761  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3874  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  36.6 
 
 
428 aa  268  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.102168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0090  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  37.06 
 
 
446 aa  265  1e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1274  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  35.98 
 
 
635 aa  263  6.999999999999999e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0864144  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3297  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.72 
 
 
425 aa  262  8.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0515873  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1722  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  38.77 
 
 
424 aa  261  1e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11461  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1869  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  36.84 
 
 
425 aa  261  2e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0850712  normal  0.204249 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0270  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.67 
 
 
425 aa  260  3e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0492  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.32 
 
 
634 aa  256  8e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.189133 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0543  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.57 
 
 
426 aa  256  9e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0448  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  36.11 
 
 
425 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0342  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.27 
 
 
430 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0409  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.91 
 
 
427 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2401  TRAP transporter, DctM subunit  34.57 
 
 
430 aa  249  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000128119  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2498  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.57 
 
 
430 aa  249  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.768752  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1589  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.68 
 
 
633 aa  247  3e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000238856  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4093  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.14 
 
 
425 aa  247  3e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.164335  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1687  TRAP transporter subunit DctM  34.57 
 
 
429 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00011098  normal  0.0463686 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3673  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.59 
 
 
438 aa  244  3e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2291  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  32.74 
 
 
421 aa  243  7e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.5258 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02560  hypothetical protein  34.97 
 
 
426 aa  243  7e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0934  ribosomal protein L16  35.89 
 
 
435 aa  243  7e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.113697  hitchhiker  0.00733606 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0385  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.27 
 
 
430 aa  241  2e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2978  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  35.63 
 
 
426 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.735249  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5945  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  36.11 
 
 
428 aa  239  6.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1112  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.67 
 
 
427 aa  239  9e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.192986 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2445  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.91 
 
 
424 aa  238  2e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3456  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.14 
 
 
426 aa  237  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.256868 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3019  C4-dicarboxylate transport system, large permease subunit  32.96 
 
 
427 aa  237  3e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0108982  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0130  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component (dctM subunit)  34.07 
 
 
430 aa  236  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3116  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.44 
 
 
422 aa  235  1.0000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.827435  hitchhiker  0.000905066 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4632  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.19 
 
 
624 aa  232  1e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000248929  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4244  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.63 
 
 
426 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.525518  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3001  TRAP transporter - DctM subunit  34.66 
 
 
438 aa  232  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3868  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  35.79 
 
 
433 aa  231  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.759388  normal  0.423135 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1167  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.66 
 
 
426 aa  230  5e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0119515 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1201  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.66 
 
 
426 aa  230  5e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2320  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  32.6 
 
 
434 aa  229  8e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2481  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.11 
 
 
425 aa  227  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1185  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.44 
 
 
426 aa  227  4e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0078152  normal  0.144434 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>