More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1426 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3136  C4-dicarboxylate transport protein  93.55 
 
 
465 aa  863    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2826  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  95.27 
 
 
465 aa  852    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.922037  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2951  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  95.27 
 
 
465 aa  852    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0943549  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1444  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  89.03 
 
 
465 aa  764    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.538957  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2910  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  88.82 
 
 
465 aa  788    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1724  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  87.74 
 
 
465 aa  759    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.181142 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2211  C4-dicarboxylate transport protein  87.53 
 
 
466 aa  754    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2808  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  95.05 
 
 
465 aa  850    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1361  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  98.92 
 
 
465 aa  900    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.605043  normal  0.0327101 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1426  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  100 
 
 
465 aa  910    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0870097  normal  0.820962 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2717  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  88.82 
 
 
465 aa  788    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0391497  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0620  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  72.04 
 
 
465 aa  653    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.447582  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2502  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  94.41 
 
 
465 aa  844    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1414  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  98.71 
 
 
465 aa  900    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.70486  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1550  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  95.27 
 
 
465 aa  852    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0883981  normal  0.362308 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68290  C4-dicarboxylate transporter  58.3 
 
 
427 aa  490  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.13758 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5908  C4-dicarboxylate transporter  58.3 
 
 
427 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.75076  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004048  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system large permease component  56.86 
 
 
453 aa  478  1e-134  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1517  C4-dicarboxylate transport protein  56.21 
 
 
453 aa  478  1e-133  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4297  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  57.17 
 
 
426 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0538  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  55.99 
 
 
457 aa  461  9.999999999999999e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0710  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  55.34 
 
 
457 aa  452  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3052  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  57.11 
 
 
427 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.669713  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3327  TRAP dicarboxylate transporter DctM subunit  58.15 
 
 
430 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.868747  normal  0.343483 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03630  TRAP dicarboxylate transporter, large integral membrane subunit; DctM  57.88 
 
 
427 aa  450  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00244507  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1811  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  54.05 
 
 
458 aa  441  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0867737 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4628  C4-dicarboxylate transporter  58.24 
 
 
427 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.60895  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52810  C4-dicarboxylate transporter  58.24 
 
 
427 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1822  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  48.8 
 
 
460 aa  405  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00945671  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2787  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  49.78 
 
 
459 aa  392  1e-108  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1574  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  49.34 
 
 
459 aa  389  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2991  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  48.68 
 
 
427 aa  387  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0932755  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0331  trap dicarboxylate transporter- dctm subunit  46.67 
 
 
430 aa  387  1e-106  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2137  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  53.27 
 
 
428 aa  383  1e-105  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0123809  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2262  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  47.48 
 
 
441 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3396  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  48.15 
 
 
427 aa  382  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.903787  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2121  C4-dicarboxylate transport system permease, large subunit  45.87 
 
 
427 aa  381  1e-104  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.306053  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2115  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  47.48 
 
 
441 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288069  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1481  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  48.7 
 
 
427 aa  372  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16562  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4175  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  48.7 
 
 
427 aa  372  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0614852  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5946  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  49.15 
 
 
441 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133391  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6041  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component (dctM subunit)  48.38 
 
 
441 aa  371  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.145661  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3676  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  48.37 
 
 
427 aa  368  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2661  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  43.54 
 
 
462 aa  367  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.770322  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3483  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  48.15 
 
 
427 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2571  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  47.57 
 
 
441 aa  365  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.870036  normal  0.517324 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0912  TRAP dicarboxylate family transporter DctM subunit  47.36 
 
 
441 aa  364  2e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.836274  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3266  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  45.51 
 
 
427 aa  364  2e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341254  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0241  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  46.93 
 
 
441 aa  360  3e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.300698  normal  0.23963 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5226  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  48.95 
 
 
441 aa  355  6.999999999999999e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0960197 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3232  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  47.69 
 
 
441 aa  350  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.941655  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4120  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  44.44 
 
 
440 aa  349  7e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.141301  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0445  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  46.38 
 
 
427 aa  331  2e-89  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000085422  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0917  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  58.12 
 
 
537 aa  324  2e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0829086  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1931  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  38.24 
 
 
640 aa  279  7e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3956  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.75 
 
 
425 aa  276  6e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.148208 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1939  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.22 
 
 
425 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0392462  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3874  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.28 
 
 
428 aa  275  1.0000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.102168 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1742  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.22 
 
 
425 aa  274  3e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0090  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  37.72 
 
 
446 aa  273  5.000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0369  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.39 
 
 
624 aa  272  1e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1069  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  36.01 
 
 
426 aa  272  1e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000354395  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2756  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  36.46 
 
 
628 aa  265  2e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.95761  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3297  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.56 
 
 
425 aa  264  3e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0515873  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0270  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.44 
 
 
425 aa  263  4e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1869  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  37.06 
 
 
425 aa  261  2e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0850712  normal  0.204249 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1722  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  38.6 
 
 
424 aa  260  5.0000000000000005e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11461  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1274  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  35.75 
 
 
635 aa  258  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0864144  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0448  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  36.26 
 
 
425 aa  257  3e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0342  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.41 
 
 
430 aa  253  5.000000000000001e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0492  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.66 
 
 
634 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.189133 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0543  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.91 
 
 
426 aa  251  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2498  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.7 
 
 
430 aa  249  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.768752  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2401  TRAP transporter, DctM subunit  33.7 
 
 
430 aa  249  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000128119  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2291  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.63 
 
 
421 aa  248  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.5258 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0934  ribosomal protein L16  36.42 
 
 
435 aa  245  9.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.113697  hitchhiker  0.00733606 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1687  TRAP transporter subunit DctM  33.7 
 
 
429 aa  245  9.999999999999999e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00011098  normal  0.0463686 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02560  hypothetical protein  34.74 
 
 
426 aa  245  9.999999999999999e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3673  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.33 
 
 
438 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4093  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  33.33 
 
 
425 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.164335  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0385  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.06 
 
 
430 aa  244  3e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1589  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.06 
 
 
633 aa  243  7e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000238856  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0409  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.06 
 
 
427 aa  242  9e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2978  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  36.08 
 
 
426 aa  242  1e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.735249  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1112  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.65 
 
 
427 aa  241  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.192986 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5945  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  36.32 
 
 
428 aa  239  5.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2320  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  32.46 
 
 
434 aa  238  2e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3456  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  32.46 
 
 
426 aa  237  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.256868 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3001  TRAP transporter - DctM subunit  34.95 
 
 
438 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2445  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.23 
 
 
424 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0130  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component (dctM subunit)  33.41 
 
 
430 aa  234  4.0000000000000004e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3868  TRAP dicarboxylate transporter- DctM subunit  36.23 
 
 
433 aa  234  4.0000000000000004e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.759388  normal  0.423135 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3116  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.61 
 
 
422 aa  233  4.0000000000000004e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.827435  hitchhiker  0.000905066 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3019  C4-dicarboxylate transport system, large permease subunit  32.14 
 
 
427 aa  231  2e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0108982  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4244  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.95 
 
 
426 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.525518  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1201  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.51 
 
 
426 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1595  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  32.61 
 
 
430 aa  228  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1185  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.51 
 
 
426 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0078152  normal  0.144434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1167  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  34.29 
 
 
426 aa  227  4e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0119515 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4449  TRAP transporter, DctM subunit  35.42 
 
 
433 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>