179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1524 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3094  TPR domain-containing protein  50.42 
 
 		 679 aa  652    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1524  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 691 aa  1383    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2682  TPR repeat-containing protein  53.08 
 
 		 701 aa  692    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2766  TPR repeat-containing protein  52.06 
 
 		 690 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1623  TPR repeat-containing protein  48.62 
 
 		 644 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000210321 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1592  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  51.91 
 
 		 692 aa  611  1e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000228279 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2465  TPR repeat-containing protein  50.78 
 
 		 663 aa  609  1e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2786  TPR repeat-containing protein  51.2 
 
 		 693 aa  611  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2861  TPR repeat-containing protein  51.22 
 
 		 692 aa  610  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0393834 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3032  TPR repeat-containing protein  48.27 
 
 		 650 aa  581  1e-164  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.198571  normal  0.0885065 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1455  TPR repeat-containing protein  63.11 
 
 		 690 aa  551  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000112359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1402  TPR repeat-containing protein  62.89 
 
 		 681 aa  545  1e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000103328 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1467  TPR repeat-containing protein  62.89 
 
 		 687 aa  545  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.510289  hitchhiker  0.00291188 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2604  TPR repeat-containing protein  50.51 
 
 		 653 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2173  TPR domain-containing protein  44.08 
 
 		 701 aa  477  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.081888 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2431  TPR repeat-containing protein  44.74 
 
 		 693 aa  472  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0167557 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1658  TPR repeat-containing protein  37.75 
 
 		 647 aa  377  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.95456  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1743  TPR domain-containing protein  35.17 
 
 		 658 aa  315  9.999999999999999e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2816  TPR repeat-containing protein  34.2 
 
 		 657 aa  314  3.9999999999999997e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3163  TPR domain-containing protein  37.25 
 
 		 690 aa  310  5e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185864  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02706  TPR domain protein  31.81 
 
 		 667 aa  293  7e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0072  TPR repeat-containing protein  33.39 
 
 		 664 aa  284  4.0000000000000003e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001268  TPR domain protein in aerotolerance operon  37.84 
 
 		 599 aa  276  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0523  hypothetical protein  36.69 
 
 		 619 aa  274  5.000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1107  hypothetical protein  39.6 
 
 		 646 aa  273  6e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05143  hypothetical protein  36.55 
 
 		 601 aa  270  5.9999999999999995e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3802  TPR repeat-containing protein  34.56 
 
 		 522 aa  249  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5137  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.33 
 
 		 517 aa  225  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.398593  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1949  TPR repeat-containing protein  31.37 
 
 		 612 aa  222  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.931925  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3086  TPR domain-containing protein  33.33 
 
 		 579 aa  218  4e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.503806  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2139  hypothetical protein  33.14 
 
 		 530 aa  205  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.488109  decreased coverage  0.00345429 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2887  tetratricopeptide TPR_4  33.12 
 
 		 544 aa  204  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0337019  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02344  tetratricopeptide repeat domain protein  28.74 
 
 		 607 aa  204  5e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3763  TPR domain protein  32.48 
 
 		 572 aa  200  6e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1717  TPR repeat-containing von Willebrand factor, type A  31.64 
 
 		 572 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3054  TPR repeat-containing protein  33.94 
 
 		 533 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.350986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1732  TPR repeat-containing protein  29.79 
 
 		 587 aa  193  9e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.966886  normal  0.26357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1560  TPR repeat-containing protein  30.57 
 
 		 571 aa  192  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535158 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3714  TPR repeat-containing protein  30.47 
 
 		 572 aa  191  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.325605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0853  TPR repeat-containing protein  33.94 
 
 		 680 aa  188  4e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2028  TPR domain-containing protein  30.09 
 
 		 572 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000305  TPR domain protein in aerotolerance operon  29.18 
 
 		 576 aa  183  8.000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4531  hypothetical protein  31.57 
 
 		 531 aa  179  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.536979  normal  0.0526442 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1588  TPR repeat-containing protein  32.03 
 
 		 572 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107949 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3212  hypothetical protein  30.8 
 
 		 578 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.190926 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2933  TPR repeat-containing protein  32.08 
 
 		 588 aa  163  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18790  tetratricopeptide (TPR) repeat and VWA domain-containing protein  34.7 
 
 		 577 aa  163  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00254687  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3117  hypothetical protein  31.39 
 
 		 503 aa  163  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3231  TPR repeat-containing protein  30.11 
 
 		 612 aa  160  5e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.439888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2066  hypothetical protein  28.91 
 
 		 585 aa  154  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2767  hypothetical protein  38.76 
 
 		 310 aa  142  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2913  hypothetical protein  39.29 
 
 		 310 aa  142  3e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0657  von Willebrand factor, type A  25.97 
 
 		 595 aa  134  5e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.676457  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3385  von Willebrand factor, type A  28.62 
 
 		 573 aa  125  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.465184 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3555  von Willebrand factor, type A  29.08 
 
 		 573 aa  124  7e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0568  von Willebrand factor, type A  29.31 
 
 		 573 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0099  von Willebrand factor, type A  28.66 
 
 		 651 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0649  von Willebrand factor, type A  24.84 
 
 		 471 aa  111  5e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1205  hypothetical protein  32 
 
 		 304 aa  107  5e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2395  von Willebrand factor type A  32.17 
 
 		 611 aa  103  8e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.850853  normal  0.642372 
 
 
-
 
NC_002950  PG1583  batB protein  26.81 
 
 		 339 aa  91.7  5e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1482  von Willebrand factor type A  25.87 
 
 		 344 aa  89  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.428182  normal  0.250576 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1206  TPR repeat-containing protein  34.12 
 
 		 220 aa  86.3  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1538  von Willebrand factor type A  30.77 
 
 		 347 aa  85.5  0.000000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.634535  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1122  von Willebrand factor type A  27.44 
 
 		 335 aa  85.5  0.000000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.51147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5483  von Willebrand factor type A  25.88 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2912  hypothetical protein  42.02 
 
 		 293 aa  83.2  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0720  von Willebrand factor, type A  27.4 
 
 		 344 aa  83.2  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.799777  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2766  hypothetical protein  46.46 
 
 		 278 aa  82.4  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0523  von Willebrand factor type A  28.22 
 
 		 344 aa  81.6  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0906  von Willebrand factor type A  27.05 
 
 		 345 aa  78.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.519509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2318  von Willebrand factor type A  28.31 
 
 		 339 aa  78.6  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0460  hypothetical protein  32.49 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0243  von Willebrand factor type A  27.37 
 
 		 343 aa  77.4  0.0000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0131225  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1887  von Willebrand factor, type A  29.74 
 
 		 334 aa  75.1  0.000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.615946  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1777  von Willebrand factor type A  25.17 
 
 		 754 aa  75.1  0.000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.264323 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02145  hypothetical protein  24.33 
 
 		 346 aa  72.8  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2667  von Willebrand factor type A  26.72 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0137073  normal  0.240647 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1680  von Willebrand factor type A  28.39 
 
 		 333 aa  71.6  0.00000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.233991  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1129  von Willebrand factor, type A  30.54 
 
 		 315 aa  71.2  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.2871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0719  von Willebrand factor, type A  29.38 
 
 		 334 aa  70.5  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.887647  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2438  von Willebrand factor type A  30.1 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1481  von Willebrand factor type A  30.38 
 
 		 332 aa  67.8  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587986  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1740  hypothetical protein  28.44 
 
 		 564 aa  67.8  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0052  von Willebrand factor type A  26.43 
 
 		 589 aa  67.4  0.0000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0441  von Willebrand factor type A  30 
 
 		 339 aa  65.5  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.126065  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2319  von Willebrand factor type A  30.14 
 
 		 331 aa  65.1  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3846  von Willebrand factor type A  33.64 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.341342  normal  0.622551 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1908  hypothetical protein  27.6 
 
 		 319 aa  63.5  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.137204 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0826  von Willebrand factor type A  29.29 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.420191  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0242  von Willebrand factor type A  25.7 
 
 		 336 aa  61.6  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0239154  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2495  von Willebrand factor type A  28.09 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.142903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1812  von Willebrand factor type A  33.64 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0866  von Willebrand factor type A  29.29 
 
 		 307 aa  60.8  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.258212  normal  0.0493979 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0792  von Willebrand factor type A  28.79 
 
 		 307 aa  60.5  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.026316 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2451  von Willebrand factor, type A  25.34 
 
 		 337 aa  60.5  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2085  von Willebrand factor type A  37.96 
 
 		 336 aa  59.3  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1387  von Willebrand factor type A  31.54 
 
 		 307 aa  59.7  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353054  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4012  hypothetical protein  30.6 
 
 		 311 aa  59.7  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.523385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2452  von Willebrand factor, type A  27.8 
 
 		 344 aa  58.9  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>