194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001268 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_001268  TPR domain protein in aerotolerance operon  100 
 
 
599 aa  1203    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05143  hypothetical protein  77.2 
 
 
601 aa  781    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1107  hypothetical protein  40.22 
 
 
646 aa  375  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0523  hypothetical protein  45.66 
 
 
619 aa  368  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1658  TPR repeat-containing protein  33.18 
 
 
647 aa  313  6.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.95456  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1623  TPR repeat-containing protein  33.02 
 
 
644 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000210321 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3094  TPR domain-containing protein  38.11 
 
 
679 aa  306  6e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2816  TPR repeat-containing protein  34.05 
 
 
657 aa  304  4.0000000000000003e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2682  TPR repeat-containing protein  37.18 
 
 
701 aa  303  6.000000000000001e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3032  TPR repeat-containing protein  36.15 
 
 
650 aa  297  4e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.198571  normal  0.0885065 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2465  TPR repeat-containing protein  34.11 
 
 
663 aa  295  1e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1455  TPR repeat-containing protein  39.45 
 
 
690 aa  280  6e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000112359 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2766  TPR repeat-containing protein  35.26 
 
 
690 aa  280  7e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2431  TPR repeat-containing protein  38.85 
 
 
693 aa  278  2e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0167557 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2173  TPR domain-containing protein  36.83 
 
 
701 aa  277  4e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.081888 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2861  TPR repeat-containing protein  36.93 
 
 
692 aa  277  5e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0393834 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1402  TPR repeat-containing protein  38.27 
 
 
681 aa  276  7e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000103328 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1467  TPR repeat-containing protein  38.27 
 
 
687 aa  276  7e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.510289  hitchhiker  0.00291188 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2786  TPR repeat-containing protein  36.96 
 
 
693 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1592  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  37.84 
 
 
692 aa  271  2e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000228279 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1743  TPR domain-containing protein  33.58 
 
 
658 aa  266  8e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0072  TPR repeat-containing protein  31.54 
 
 
664 aa  264  3e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3163  TPR domain-containing protein  33.51 
 
 
690 aa  262  2e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185864  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1524  TPR repeat-containing protein  38.15 
 
 
691 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02706  TPR domain protein  32.72 
 
 
667 aa  255  2.0000000000000002e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2604  TPR repeat-containing protein  32.82 
 
 
653 aa  251  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1732  TPR repeat-containing protein  33.4 
 
 
587 aa  229  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.966886  normal  0.26357 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3086  TPR domain-containing protein  29.84 
 
 
579 aa  210  6e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.503806  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02344  tetratricopeptide repeat domain protein  30.85 
 
 
607 aa  208  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2933  TPR repeat-containing protein  34.99 
 
 
588 aa  204  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1717  TPR repeat-containing von Willebrand factor, type A  33.48 
 
 
572 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3802  TPR repeat-containing protein  29.08 
 
 
522 aa  197  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292136  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1949  TPR repeat-containing protein  29.72 
 
 
612 aa  195  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.931925  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2028  TPR domain-containing protein  32.07 
 
 
572 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3212  hypothetical protein  32.92 
 
 
578 aa  194  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.190926 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3714  TPR repeat-containing protein  31.85 
 
 
572 aa  194  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.325605  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1560  TPR repeat-containing protein  32.52 
 
 
571 aa  194  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.535158 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3763  TPR domain protein  33.48 
 
 
572 aa  193  9e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18790  tetratricopeptide (TPR) repeat and VWA domain-containing protein  33.08 
 
 
577 aa  193  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00254687  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24390  TPR domain-containing protein  33.49 
 
 
586 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00557521  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5137  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.75 
 
 
517 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.398593  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2066  hypothetical protein  33.63 
 
 
585 aa  177  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1588  TPR repeat-containing protein  31.97 
 
 
572 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00107949 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3231  TPR repeat-containing protein  30.5 
 
 
612 aa  166  8e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.439888  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3054  TPR repeat-containing protein  30.25 
 
 
533 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.350986  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2139  hypothetical protein  29.67 
 
 
530 aa  163  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.488109  decreased coverage  0.00345429 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2887  tetratricopeptide TPR_4  25.85 
 
 
544 aa  160  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0337019  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4531  hypothetical protein  27.41 
 
 
531 aa  157  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.536979  normal  0.0526442 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0657  von Willebrand factor, type A  26.27 
 
 
595 aa  150  8e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.676457  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0853  TPR repeat-containing protein  24.75 
 
 
680 aa  137  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3117  hypothetical protein  27.35 
 
 
503 aa  131  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10336  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000305  TPR domain protein in aerotolerance operon  25.98 
 
 
576 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3555  von Willebrand factor, type A  27.74 
 
 
573 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3385  von Willebrand factor, type A  25.97 
 
 
573 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.465184 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2395  von Willebrand factor type A  30.4 
 
 
611 aa  117  7.999999999999999e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.850853  normal  0.642372 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0568  von Willebrand factor, type A  25.81 
 
 
573 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2913  hypothetical protein  33.33 
 
 
310 aa  112  3e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2767  hypothetical protein  33.33 
 
 
310 aa  111  3e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0906  von Willebrand factor type A  28.25 
 
 
345 aa  107  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.519509  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1740  hypothetical protein  25.92 
 
 
564 aa  105  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1122  von Willebrand factor type A  26.61 
 
 
335 aa  100  1e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.51147  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0649  von Willebrand factor, type A  20.22 
 
 
471 aa  96.3  1e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1887  von Willebrand factor, type A  30.52 
 
 
334 aa  94.4  5e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.615946  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1583  batB protein  31.78 
 
 
339 aa  92.4  2e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1538  von Willebrand factor type A  26.33 
 
 
347 aa  92.4  2e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.634535  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0720  von Willebrand factor, type A  29.35 
 
 
344 aa  89.4  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.799777  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1482  von Willebrand factor type A  26.39 
 
 
344 aa  88.2  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.428182  normal  0.250576 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0099  von Willebrand factor, type A  26 
 
 
651 aa  87  8e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2318  von Willebrand factor type A  29.91 
 
 
339 aa  87  9e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02145  hypothetical protein  26.01 
 
 
346 aa  85.1  0.000000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5483  von Willebrand factor type A  27.56 
 
 
320 aa  85.1  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1205  hypothetical protein  33.54 
 
 
304 aa  84.7  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0243  von Willebrand factor type A  26.18 
 
 
343 aa  83.2  0.00000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0131225  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2291  von Willebrand factor type A  30.99 
 
 
340 aa  82  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2085  von Willebrand factor type A  29.03 
 
 
336 aa  76.6  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2455  von Willebrand factor type A  26.92 
 
 
338 aa  75.9  0.000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0523  von Willebrand factor type A  28.09 
 
 
344 aa  75.1  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1777  von Willebrand factor type A  24.59 
 
 
754 aa  75.1  0.000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.264323 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2451  von Willebrand factor, type A  26.64 
 
 
337 aa  74.7  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0441  von Willebrand factor type A  29.95 
 
 
339 aa  72.4  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.126065  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3846  von Willebrand factor type A  31.71 
 
 
339 aa  70.1  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.341342  normal  0.622551 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2438  von Willebrand factor type A  26.77 
 
 
315 aa  70.1  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1680  von Willebrand factor type A  30.77 
 
 
333 aa  69.3  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.233991  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1582  batA protein  25.82 
 
 
327 aa  67.8  0.0000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1481  von Willebrand factor type A  25.73 
 
 
332 aa  67  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587986  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4900  von Willebrand factor type A  25.47 
 
 
337 aa  66.2  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1206  TPR repeat-containing protein  26.45 
 
 
220 aa  65.1  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2655  BatA-like protein, aerotolerance-related  26.96 
 
 
351 aa  64.7  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0430  hypothetical protein  25.66 
 
 
336 aa  64.3  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1812  von Willebrand factor type A  27.69 
 
 
318 aa  63.9  0.000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0719  von Willebrand factor, type A  25.9 
 
 
334 aa  63.2  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.887647  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0173  von Willebrand factor type A domain protein  22.81 
 
 
333 aa  62.8  0.00000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0526529  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1806  hypothetical protein  36.36 
 
 
316 aa  62.4  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.539334  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2667  von Willebrand factor type A  27.9 
 
 
320 aa  62.4  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0137073  normal  0.240647 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2912  hypothetical protein  30.08 
 
 
293 aa  61.6  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1251  batB protein, putative  32 
 
 
322 aa  61.6  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.711324  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0796  von Willebrand factor type A  28.03 
 
 
328 aa  61.2  0.00000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000131986  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2766  hypothetical protein  33.33 
 
 
278 aa  60.8  0.00000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6107  von Willebrand factor type A  28.57 
 
 
359 aa  59.7  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2768  hypothetical protein  26.94 
 
 
344 aa  58.5  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>