162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1560 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2028  TPR domain-containing protein  94.56 
 
 		 572 aa  966    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3763  TPR domain protein  63.33 
 
 		 572 aa  639    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1717  TPR repeat-containing von Willebrand factor, type A  64.11 
 
 		 572 aa  645    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3714  TPR repeat-containing protein  94.93 
 
 		 572 aa  975    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.325605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1560  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 571 aa  1123    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535158 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1588  TPR repeat-containing protein  87.59 
 
 		 572 aa  883    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107949 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3212  hypothetical protein  64.52 
 
 		 578 aa  631  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.190926 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2933  TPR repeat-containing protein  61.97 
 
 		 588 aa  596  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18790  tetratricopeptide (TPR) repeat and VWA domain-containing protein  60.18 
 
 		 577 aa  525  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00254687  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2066  hypothetical protein  57.02 
 
 		 585 aa  528  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24390  TPR domain-containing protein  56.51 
 
 		 586 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00557521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1949  TPR repeat-containing protein  38.22 
 
 		 612 aa  291  2e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.931925  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0072  TPR repeat-containing protein  30.96 
 
 		 664 aa  283  5.000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1658  TPR repeat-containing protein  32.43 
 
 		 647 aa  259  1e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.95456  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3086  TPR domain-containing protein  35.19 
 
 		 579 aa  253  7e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.503806  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02344  tetratricopeptide repeat domain protein  32.72 
 
 		 607 aa  250  5e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1743  TPR domain-containing protein  30.33 
 
 		 658 aa  243  5e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3802  TPR repeat-containing protein  31.26 
 
 		 522 aa  225  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5137  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.9 
 
 		 517 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.398593  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2173  TPR domain-containing protein  34.65 
 
 		 701 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.081888 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1732  TPR repeat-containing protein  28.21 
 
 		 587 aa  212  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.966886  normal  0.26357 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1623  TPR repeat-containing protein  28.7 
 
 		 644 aa  213  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000210321 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3094  TPR domain-containing protein  31.72 
 
 		 679 aa  211  3e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2682  TPR repeat-containing protein  29.55 
 
 		 701 aa  211  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3032  TPR repeat-containing protein  30.71 
 
 		 650 aa  210  5e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.198571  normal  0.0885065 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3163  TPR domain-containing protein  31.98 
 
 		 690 aa  209  8e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185864  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001268  TPR domain protein in aerotolerance operon  32.97 
 
 		 599 aa  209  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1107  hypothetical protein  36.79 
 
 		 646 aa  207  4e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2887  tetratricopeptide TPR_4  30.99 
 
 		 544 aa  207  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0337019  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2139  hypothetical protein  33.76 
 
 		 530 aa  207  5e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.488109  decreased coverage  0.00345429 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02706  TPR domain protein  29.26 
 
 		 667 aa  204  4e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05143  hypothetical protein  31.54 
 
 		 601 aa  203  6e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0523  hypothetical protein  30.2 
 
 		 619 aa  201  3e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2816  TPR repeat-containing protein  30.17 
 
 		 657 aa  200  6e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2465  TPR repeat-containing protein  32.09 
 
 		 663 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3231  TPR repeat-containing protein  31.07 
 
 		 612 aa  198  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.439888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2766  TPR repeat-containing protein  31.88 
 
 		 690 aa  190  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2861  TPR repeat-containing protein  31.33 
 
 		 692 aa  188  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0393834 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1592  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.46 
 
 		 692 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000228279 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1524  TPR repeat-containing protein  30.91 
 
 		 691 aa  186  8e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1455  TPR repeat-containing protein  31.35 
 
 		 690 aa  184  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000112359 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3054  TPR repeat-containing protein  31.89 
 
 		 533 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.350986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000305  TPR domain protein in aerotolerance operon  29.05 
 
 		 576 aa  182  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4531  hypothetical protein  30.12 
 
 		 531 aa  181  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.536979  normal  0.0526442 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1402  TPR repeat-containing protein  30.46 
 
 		 681 aa  179  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000103328 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1467  TPR repeat-containing protein  30.46 
 
 		 687 aa  179  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.510289  hitchhiker  0.00291188 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2786  TPR repeat-containing protein  30.7 
 
 		 693 aa  179  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0853  TPR repeat-containing protein  34.51 
 
 		 680 aa  179  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2604  TPR repeat-containing protein  31.97 
 
 		 653 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2431  TPR repeat-containing protein  30.73 
 
 		 693 aa  171  5e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0167557 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3117  hypothetical protein  28.9 
 
 		 503 aa  154  5.9999999999999996e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3555  von Willebrand factor, type A  29.82 
 
 		 573 aa  147  5e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3385  von Willebrand factor, type A  29.53 
 
 		 573 aa  146  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.465184 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0568  von Willebrand factor, type A  29.77 
 
 		 573 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2913  hypothetical protein  28.31 
 
 		 310 aa  120  7e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2767  hypothetical protein  27.69 
 
 		 310 aa  115  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1740  hypothetical protein  25.75 
 
 		 564 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2395  von Willebrand factor type A  32.72 
 
 		 611 aa  111  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.850853  normal  0.642372 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0657  von Willebrand factor, type A  23.19 
 
 		 595 aa  105  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.676457  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1206  TPR repeat-containing protein  30.93 
 
 		 220 aa  97.1  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1388  TPR repeat-containing protein  35.25 
 
 		 298 aa  97.4  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0606731  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1122  von Willebrand factor type A  27.4 
 
 		 335 aa  94.7  4e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.51147  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2912  hypothetical protein  44.23 
 
 		 293 aa  90.5  7e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2766  hypothetical protein  44.23 
 
 		 278 aa  89  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1482  von Willebrand factor type A  24.11 
 
 		 344 aa  87.8  5e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.428182  normal  0.250576 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1205  hypothetical protein  34.44 
 
 		 304 aa  87.8  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02145  hypothetical protein  24.75 
 
 		 346 aa  87  9e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0099  von Willebrand factor, type A  23.15 
 
 		 651 aa  83.2  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0906  von Willebrand factor type A  25.38 
 
 		 345 aa  83.2  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.519509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0649  von Willebrand factor, type A  20.94 
 
 		 471 aa  82  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5483  von Willebrand factor type A  22.62 
 
 		 320 aa  82.4  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1538  von Willebrand factor type A  26.01 
 
 		 347 aa  80.9  0.00000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.634535  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1220  von Willebrand factor, type A  27.6 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.356622  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2467  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.6 
 
 		 273 aa  76.6  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.724582 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0441  von Willebrand factor type A  28.51 
 
 		 339 aa  75.9  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.126065  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1009  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0720  von Willebrand factor, type A  22.66 
 
 		 344 aa  74.7  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.799777  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0827  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.39 
 
 		 312 aa  73.9  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.257865  normal  0.362947 
 
 
-
 
NC_002950  PG1583  batB protein  25.94 
 
 		 339 aa  73.6  0.000000000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0793  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.39 
 
 		 312 aa  73.6  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0444795 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2291  von Willebrand factor type A  31.16 
 
 		 340 aa  72.8  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4900  von Willebrand factor type A  25.68 
 
 		 337 aa  72.4  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0867  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 		 312 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.225271  normal  0.0510852 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2085  von Willebrand factor type A  27.52 
 
 		 336 aa  70.1  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0523  von Willebrand factor type A  27.97 
 
 		 344 aa  67.8  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1887  von Willebrand factor, type A  25.3 
 
 		 334 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.615946  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2318  von Willebrand factor type A  25.37 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4303  TPR repeat-containing protein  28.81 
 
 		 306 aa  64.3  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341118  normal  0.0662026 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2468  von Willebrand factor type A  36.3 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.722461 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0461  hypothetical protein  46.34 
 
 		 224 aa  63.2  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3846  von Willebrand factor type A  33.33 
 
 		 339 aa  62  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.341342  normal  0.622551 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3085  batB protein, putative  27.24 
 
 		 328 aa  58.9  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0442  von Willebrand factor type A  40.4 
 
 		 329 aa  58.5  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.570722  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0719  von Willebrand factor, type A  25.67 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.887647  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2451  von Willebrand factor, type A  24.57 
 
 		 337 aa  57.8  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2667  von Willebrand factor type A  26.39 
 
 		 320 aa  57  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0137073  normal  0.240647 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2455  von Willebrand factor type A  23.2 
 
 		 338 aa  57.4  0.0000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5138  von Willebrand factor type A  25 
 
 		 329 aa  54.7  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.585465 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1733  von Willebrand factor type A  25.33 
 
 		 342 aa  53.9  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.818001  normal  0.561199 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1481  von Willebrand factor type A  32.69 
 
 		 332 aa  53.9  0.000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587986  normal  0.160763 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>