136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1740 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_1740  hypothetical protein  100 
 
 
564 aa  1146    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000305  TPR domain protein in aerotolerance operon  28.7 
 
 
576 aa  196  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2887  tetratricopeptide TPR_4  26.09 
 
 
544 aa  194  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0337019  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3117  hypothetical protein  28.7 
 
 
503 aa  180  4.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10336  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3802  TPR repeat-containing protein  26.34 
 
 
522 aa  176  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292136  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3054  TPR repeat-containing protein  27.86 
 
 
533 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.350986  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4531  hypothetical protein  25.59 
 
 
531 aa  161  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.536979  normal  0.0526442 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2139  hypothetical protein  27.11 
 
 
530 aa  160  8e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.488109  decreased coverage  0.00345429 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0072  TPR repeat-containing protein  24.86 
 
 
664 aa  153  8.999999999999999e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5137  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.29 
 
 
517 aa  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.398593  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1743  TPR domain-containing protein  25.8 
 
 
658 aa  144  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3555  von Willebrand factor, type A  28.23 
 
 
573 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3385  von Willebrand factor, type A  27.23 
 
 
573 aa  140  7e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.465184 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0568  von Willebrand factor, type A  27.84 
 
 
573 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05143  hypothetical protein  25.46 
 
 
601 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1623  TPR repeat-containing protein  25.83 
 
 
644 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000210321 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3094  TPR domain-containing protein  25.62 
 
 
679 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3032  TPR repeat-containing protein  25.56 
 
 
650 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.198571  normal  0.0885065 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1658  TPR repeat-containing protein  27.48 
 
 
647 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.95456  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02344  tetratricopeptide repeat domain protein  30.03 
 
 
607 aa  110  6e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001268  TPR domain protein in aerotolerance operon  25.76 
 
 
599 aa  108  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2682  TPR repeat-containing protein  24.1 
 
 
701 aa  108  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1107  hypothetical protein  24.64 
 
 
646 aa  106  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2913  hypothetical protein  27.88 
 
 
310 aa  103  6e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2767  hypothetical protein  29.02 
 
 
310 aa  103  8e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0523  hypothetical protein  22.29 
 
 
619 aa  101  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2431  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
693 aa  99.8  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0167557 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1455  TPR repeat-containing protein  26.45 
 
 
690 aa  96.7  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000112359 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1560  TPR repeat-containing protein  24.96 
 
 
571 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.535158 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1402  TPR repeat-containing protein  25.52 
 
 
681 aa  95.9  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000103328 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1467  TPR repeat-containing protein  25.52 
 
 
687 aa  95.9  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.510289  hitchhiker  0.00291188 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0853  TPR repeat-containing protein  25.82 
 
 
680 aa  94.4  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2465  TPR repeat-containing protein  26.97 
 
 
663 aa  93.6  9e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3714  TPR repeat-containing protein  24.86 
 
 
572 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.325605  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3763  TPR domain protein  23.3 
 
 
572 aa  92  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2786  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
693 aa  92  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3231  TPR repeat-containing protein  27.93 
 
 
612 aa  91.7  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.439888  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02706  TPR domain protein  23.77 
 
 
667 aa  91.3  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1717  TPR repeat-containing von Willebrand factor, type A  23.73 
 
 
572 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2933  TPR repeat-containing protein  27.05 
 
 
588 aa  88.6  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2028  TPR domain-containing protein  24.29 
 
 
572 aa  88.2  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2861  TPR repeat-containing protein  25.51 
 
 
692 aa  87  8e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0393834 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1732  TPR repeat-containing protein  22.15 
 
 
587 aa  86.7  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.966886  normal  0.26357 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2766  TPR repeat-containing protein  25.06 
 
 
690 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1592  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25 
 
 
692 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000228279 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3212  hypothetical protein  25.12 
 
 
578 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.190926 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24390  TPR domain-containing protein  23.94 
 
 
586 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00557521  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1949  TPR repeat-containing protein  25.93 
 
 
612 aa  83.2  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.931925  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2604  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
653 aa  82  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1205  hypothetical protein  26.57 
 
 
304 aa  82.4  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3086  TPR domain-containing protein  22.84 
 
 
579 aa  81.6  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.503806  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1588  TPR repeat-containing protein  22.58 
 
 
572 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00107949 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2816  TPR repeat-containing protein  29.86 
 
 
657 aa  78.6  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2173  TPR domain-containing protein  23.89 
 
 
701 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.081888 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3163  TPR domain-containing protein  32.39 
 
 
690 aa  75.1  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185864  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18790  tetratricopeptide (TPR) repeat and VWA domain-containing protein  23.79 
 
 
577 aa  74.7  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00254687  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0657  von Willebrand factor, type A  28.57 
 
 
595 aa  72.4  0.00000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.676457  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1206  TPR repeat-containing protein  30.46 
 
 
220 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2066  hypothetical protein  24.63 
 
 
585 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5483  von Willebrand factor type A  31.82 
 
 
320 aa  70.5  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5131  von Willebrand factor type A  33.58 
 
 
319 aa  64.3  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.210447  normal  0.0623627 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2667  von Willebrand factor type A  26.32 
 
 
320 aa  64.3  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0137073  normal  0.240647 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1318  von Willebrand factor type A  27.65 
 
 
318 aa  63.9  0.000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.598912  normal  0.213186 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1482  von Willebrand factor type A  30.1 
 
 
344 aa  63.2  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.428182  normal  0.250576 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3846  von Willebrand factor type A  26.23 
 
 
339 aa  61.6  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.341342  normal  0.622551 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1122  von Willebrand factor type A  23.77 
 
 
335 aa  61.6  0.00000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.51147  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1384  von Willebrand factor, type A  31.58 
 
 
319 aa  60.8  0.00000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.410804  hitchhiker  0.00717595 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0720  von Willebrand factor, type A  33.33 
 
 
344 aa  58.5  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.799777  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2318  von Willebrand factor type A  25.15 
 
 
339 aa  58.9  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1524  TPR repeat-containing protein  28.16 
 
 
691 aa  58.2  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1247  von Willebrand factor, type A  23.19 
 
 
319 aa  58.2  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.513072 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2080  von Willebrand factor type A  25.09 
 
 
327 aa  58.2  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.829092  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2147  hypothetical protein  24.52 
 
 
321 aa  57.8  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.130278  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02145  hypothetical protein  27.27 
 
 
346 aa  57.8  0.0000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2300  hypothetical protein  28.4 
 
 
320 aa  57.4  0.0000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00522588  hitchhiker  0.00113064 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2455  hypothetical protein  26.27 
 
 
335 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.16032  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2500  hypothetical protein  26.27 
 
 
335 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.672748  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2492  hypothetical protein  26.27 
 
 
335 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.882923  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3026  von Willebrand factor, type A  28.51 
 
 
316 aa  56.2  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.443806 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1887  von Willebrand factor, type A  28.1 
 
 
334 aa  55.5  0.000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.615946  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6107  von Willebrand factor type A  26.72 
 
 
359 aa  55.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1137  von Willebrand factor type A  21.56 
 
 
319 aa  54.7  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.178204  hitchhiker  0.0000350269 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2395  von Willebrand factor type A  29.71 
 
 
611 aa  54.7  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.850853  normal  0.642372 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2085  von Willebrand factor type A  29.81 
 
 
336 aa  53.9  0.000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1952  von Willebrand factor type A  23.92 
 
 
315 aa  53.9  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159987  hitchhiker  0.00398429 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2406  von Willebrand factor type A  23.96 
 
 
325 aa  53.9  0.000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1583  batB protein  23.28 
 
 
339 aa  53.5  0.00001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0099  von Willebrand factor, type A  27.23 
 
 
651 aa  53.1  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5503  von Willebrand factor, type A  24.64 
 
 
315 aa  52.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0866133  normal  0.0446961 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0649  von Willebrand factor, type A  26.19 
 
 
471 aa  52  0.00003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3659  hypothetical protein  26.25 
 
 
335 aa  52  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.542398  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0441  von Willebrand factor type A  31.4 
 
 
339 aa  51.6  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.126065  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11510  hypothetical protein  26.92 
 
 
335 aa  52  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.311165 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1251  batB protein, putative  29.84 
 
 
322 aa  51.6  0.00004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.711324  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1678  von Willebrand factor, type A  25.26 
 
 
315 aa  51.6  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.773902  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0906  von Willebrand factor type A  23.67 
 
 
345 aa  51.2  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.519509  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2751  hypothetical protein  23.98 
 
 
335 aa  51.6  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.333251 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1538  von Willebrand factor type A  27.27 
 
 
347 aa  51.6  0.00004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.634535  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1908  hypothetical protein  24.85 
 
 
319 aa  51.2  0.00005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.137204 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1797  von Willebrand factor type A  25.62 
 
 
315 aa  51.2  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.152806  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>