185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2173 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_2173  TPR domain-containing protein  100 
 
 
701 aa  1408    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.081888 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2682  TPR repeat-containing protein  43.95 
 
 
701 aa  552  1e-155  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3094  TPR domain-containing protein  45.85 
 
 
679 aa  544  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1623  TPR repeat-containing protein  42.53 
 
 
644 aa  523  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000210321 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2465  TPR repeat-containing protein  46.33 
 
 
663 aa  504  1e-141  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2766  TPR repeat-containing protein  44.93 
 
 
690 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1592  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  45.7 
 
 
692 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000228279 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2861  TPR repeat-containing protein  45.2 
 
 
692 aa  492  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0393834 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2786  TPR repeat-containing protein  45.71 
 
 
693 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1524  TPR repeat-containing protein  43.45 
 
 
691 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1455  TPR repeat-containing protein  54.35 
 
 
690 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000112359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1402  TPR repeat-containing protein  55.11 
 
 
681 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000103328 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1467  TPR repeat-containing protein  55.11 
 
 
687 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.510289  hitchhiker  0.00291188 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3032  TPR repeat-containing protein  45.26 
 
 
650 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.198571  normal  0.0885065 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2431  TPR repeat-containing protein  42.92 
 
 
693 aa  444  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0167557 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2604  TPR repeat-containing protein  43 
 
 
653 aa  438  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1658  TPR repeat-containing protein  38.66 
 
 
647 aa  340  4e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.95456  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3163  TPR domain-containing protein  37.61 
 
 
690 aa  335  2e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185864  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2816  TPR repeat-containing protein  32.11 
 
 
657 aa  311  2e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1743  TPR domain-containing protein  37.73 
 
 
658 aa  310  5e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02706  TPR domain protein  34.52 
 
 
667 aa  300  5e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1107  hypothetical protein  42.55 
 
 
646 aa  298  3e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0072  TPR repeat-containing protein  29.44 
 
 
664 aa  287  5e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001268  TPR domain protein in aerotolerance operon  36.67 
 
 
599 aa  281  4e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0523  hypothetical protein  37.14 
 
 
619 aa  275  1.0000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05143  hypothetical protein  34.67 
 
 
601 aa  260  6e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3086  TPR domain-containing protein  33.89 
 
 
579 aa  236  7e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.503806  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02344  tetratricopeptide repeat domain protein  30.25 
 
 
607 aa  236  8e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1717  TPR repeat-containing von Willebrand factor, type A  35.08 
 
 
572 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5137  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.99 
 
 
517 aa  219  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.398593  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3802  TPR repeat-containing protein  32.64 
 
 
522 aa  219  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292136  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1949  TPR repeat-containing protein  34.19 
 
 
612 aa  218  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.931925  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3763  TPR domain protein  34.63 
 
 
572 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1732  TPR repeat-containing protein  30.78 
 
 
587 aa  213  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.966886  normal  0.26357 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3714  TPR repeat-containing protein  33.59 
 
 
572 aa  211  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.325605  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2028  TPR domain-containing protein  32.82 
 
 
572 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3212  hypothetical protein  35.16 
 
 
578 aa  207  7e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.190926 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1560  TPR repeat-containing protein  33.27 
 
 
571 aa  205  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.535158 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2933  TPR repeat-containing protein  33.9 
 
 
588 aa  192  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1588  TPR repeat-containing protein  32.94 
 
 
572 aa  185  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00107949 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2887  tetratricopeptide TPR_4  28.7 
 
 
544 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0337019  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3231  TPR repeat-containing protein  33.76 
 
 
612 aa  180  7e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.439888  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3117  hypothetical protein  31.77 
 
 
503 aa  179  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10336  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18790  tetratricopeptide (TPR) repeat and VWA domain-containing protein  36.61 
 
 
577 aa  179  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00254687  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3054  TPR repeat-containing protein  32.97 
 
 
533 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.350986  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24390  TPR domain-containing protein  36 
 
 
586 aa  174  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00557521  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2139  hypothetical protein  30.78 
 
 
530 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.488109  decreased coverage  0.00345429 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4531  hypothetical protein  30.28 
 
 
531 aa  172  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.536979  normal  0.0526442 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2066  hypothetical protein  34.1 
 
 
585 aa  171  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0853  TPR repeat-containing protein  32.24 
 
 
680 aa  164  6e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000305  TPR domain protein in aerotolerance operon  25.95 
 
 
576 aa  164  7e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0657  von Willebrand factor, type A  25.17 
 
 
595 aa  140  7.999999999999999e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.676457  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3385  von Willebrand factor, type A  28.84 
 
 
573 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.465184 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3555  von Willebrand factor, type A  28.94 
 
 
573 aa  139  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0568  von Willebrand factor, type A  28.01 
 
 
573 aa  138  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2767  hypothetical protein  37.24 
 
 
310 aa  129  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2913  hypothetical protein  36.73 
 
 
310 aa  127  7e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0099  von Willebrand factor, type A  27.58 
 
 
651 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0649  von Willebrand factor, type A  22.25 
 
 
471 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1205  hypothetical protein  33.88 
 
 
304 aa  102  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1740  hypothetical protein  23.91 
 
 
564 aa  97.1  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2912  hypothetical protein  44.74 
 
 
293 aa  93.2  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1482  von Willebrand factor type A  27.6 
 
 
344 aa  92.4  3e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.428182  normal  0.250576 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2766  hypothetical protein  43.7 
 
 
278 aa  91.7  5e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2395  von Willebrand factor type A  29.91 
 
 
611 aa  91.3  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.850853  normal  0.642372 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0906  von Willebrand factor type A  24.58 
 
 
345 aa  88.2  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.519509  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5483  von Willebrand factor type A  26.47 
 
 
320 aa  87  9e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02145  hypothetical protein  26.2 
 
 
346 aa  82.4  0.00000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1538  von Willebrand factor type A  25.64 
 
 
347 aa  82  0.00000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.634535  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1206  TPR repeat-containing protein  35.17 
 
 
220 aa  77.4  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0052  von Willebrand factor type A  29.18 
 
 
589 aa  76.3  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1583  batB protein  26.84 
 
 
339 aa  74.3  0.000000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0720  von Willebrand factor, type A  28 
 
 
344 aa  74.3  0.000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.799777  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0243  von Willebrand factor type A  27.9 
 
 
343 aa  72  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0131225  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1887  von Willebrand factor, type A  27.64 
 
 
334 aa  70.9  0.00000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.615946  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2438  von Willebrand factor type A  33.51 
 
 
315 aa  70.1  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1481  von Willebrand factor type A  28.68 
 
 
332 aa  69.3  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587986  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0460  hypothetical protein  28.75 
 
 
299 aa  68.9  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2318  von Willebrand factor type A  28.77 
 
 
339 aa  67.4  0.0000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1582  batA protein  33.12 
 
 
327 aa  65.9  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1122  von Willebrand factor type A  25.18 
 
 
335 aa  66.2  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.51147  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0430  hypothetical protein  31.01 
 
 
336 aa  64.7  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0173  von Willebrand factor type A domain protein  30.05 
 
 
333 aa  63.9  0.000000009  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0526529  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2291  von Willebrand factor type A  31.49 
 
 
340 aa  63.9  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0523  von Willebrand factor type A  27.88 
 
 
344 aa  63.5  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2467  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.79 
 
 
273 aa  62.8  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.724582 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0719  von Willebrand factor, type A  25.44 
 
 
334 aa  62.4  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.887647  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1812  von Willebrand factor type A  33.07 
 
 
318 aa  62  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2655  BatA-like protein, aerotolerance-related  25.49 
 
 
351 aa  59.7  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3846  von Willebrand factor type A  29.84 
 
 
339 aa  59.3  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.341342  normal  0.622551 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2455  von Willebrand factor type A  30.77 
 
 
338 aa  59.3  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0524  hypothetical protein  27.98 
 
 
320 aa  58.2  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2086  von Willebrand factor type A  30.5 
 
 
327 aa  58.2  0.0000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4012  hypothetical protein  32.6 
 
 
311 aa  58.2  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.523385  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2451  von Willebrand factor, type A  31.11 
 
 
337 aa  57.8  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1387  von Willebrand factor type A  35.2 
 
 
307 aa  57.8  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353054  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1008  von Willebrand factor type A  34.4 
 
 
306 aa  57.8  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.851254  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3026  von Willebrand factor, type A  29.06 
 
 
316 aa  57.4  0.0000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.443806 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1680  von Willebrand factor type A  26.09 
 
 
333 aa  57  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.233991  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1129  von Willebrand factor, type A  29.67 
 
 
315 aa  57  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.2871  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>