112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2004 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2004  TonB-dependent receptor domain-containing protein  100 
 
 		 159 aa  325  2.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  88.08 
 
 		 882 aa  281  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2335  TonB-dependent receptor  87.42 
 
 		 882 aa  280  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0682535  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  84.77 
 
 		 886 aa  274  3e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  84.77 
 
 		 886 aa  274  4e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2244  TonB-dependent receptor  63.58 
 
 		 892 aa  199  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00187564 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1499  TonB-dependent receptor  62.25 
 
 		 894 aa  195  3e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  32.68 
 
 		 891 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  32.26 
 
 		 935 aa  70.9  0.000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  29.75 
 
 		 896 aa  68.6  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2628  TonB-dependent receptor  31.17 
 
 		 868 aa  67  0.00000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000198241  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 		 966 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2907  TonB-dependent receptor domain-containing protein  31.25 
 
 		 884 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3321  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 		 987 aa  64.3  0.0000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0185531  normal  0.64896 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  31.1 
 
 		 935 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  31.1 
 
 		 935 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  31.1 
 
 		 935 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1569  TonB-dependent receptor  30.52 
 
 		 869 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000550471  decreased coverage  0.0000000582733 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1558  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 		 883 aa  61.6  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.786788  normal  0.359395 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  36.7 
 
 		 897 aa  61.6  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1497  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 		 883 aa  61.6  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0195918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1564  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 		 883 aa  61.6  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0877437 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0991  TonB-dependent receptor  29.31 
 
 		 925 aa  60.8  0.000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0120803  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2480  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 876 aa  60.5  0.000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  hitchhiker  0.0000950091 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 869 aa  58.9  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  31.48 
 
 		 936 aa  58.2  0.00000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 		 907 aa  58.2  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2669  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 800 aa  57.8  0.00000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1100  outer membrane receptor protein  28.09 
 
 		 922 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000948721  hitchhiker  0.00320832 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 		 965 aa  57  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0341  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 909 aa  56.6  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000307773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  29.81 
 
 		 930 aa  56.2  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  29.81 
 
 		 930 aa  56.2  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 975 aa  55.8  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  29.81 
 
 		 930 aa  56.2  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 872 aa  55.1  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1633  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 		 938 aa  54.7  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000109848  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  30.14 
 
 		 855 aa  54.3  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  23.86 
 
 		 974 aa  53.9  0.0000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  33.03 
 
 		 901 aa  53.9  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 890 aa  53.9  0.0000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 890 aa  53.5  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 944 aa  53.5  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 873 aa  52.4  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  23.6 
 
 		 910 aa  52.4  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1914  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 890 aa  52  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073326 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  27.38 
 
 		 952 aa  51.6  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2693  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 1006 aa  50.8  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.151414  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3121  TonB-dependent receptor  31.21 
 
 		 884 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.518679 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  30.41 
 
 		 904 aa  50.8  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 847 aa  50.1  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  30.41 
 
 		 904 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 		 937 aa  49.7  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 		 933 aa  49.7  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  30.71 
 
 		 873 aa  49.7  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0516  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 909 aa  49.3  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0428705 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 904 aa  48.9  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  30.53 
 
 		 907 aa  48.5  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 904 aa  48.5  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 951 aa  48.1  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 953 aa  47.8  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  24.84 
 
 		 966 aa  47  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 852 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01457  TonB-dependent outer membrane receptor  25.64 
 
 		 914 aa  47  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.11221  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0477  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 879 aa  46.6  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6373  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 906 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.470665  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 957 aa  46.2  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1705  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 906 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.278713  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 861 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 861 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 861 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 869 aa  45.4  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1720  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 906 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.147478  normal  0.673092 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2653  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 940 aa  45.1  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 946 aa  45.1  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1632  TonB-dependent receptor, plug  31.82 
 
 		 929 aa  45.1  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000717844  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 948 aa  44.7  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 		 924 aa  44.7  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1988  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 1020 aa  44.7  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5002  TonB-dependent receptor  29.2 
 
 		 935 aa  44.3  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0825514 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 857 aa  44.3  0.0007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 		 981 aa  44.3  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 817 aa  43.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1970  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 976 aa  43.9  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2243  TonB-dependent receptor  29.46 
 
 		 1000 aa  43.9  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.212076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02600  TonB-dependent receptor  22.56 
 
 		 981 aa  43.5  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2508  TonB-dependent receptor, plug  23.93 
 
 		 1015 aa  42.4  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.636231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2026  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 		 1068 aa  42.7  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00076043  normal  0.701552 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1674  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 951 aa  43.1  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.215373  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3254  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 950 aa  43.1  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.647514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1696  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 924 aa  42.4  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.438223  hitchhiker  0.000325998 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 947 aa  42.4  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 871 aa  42.4  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2688  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 924 aa  42.4  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161731  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 944 aa  42.4  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2767  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 924 aa  42.4  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01753  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 901 aa  42.4  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.421207  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01666  TonB-dependent outer membrane Receptor  23.49 
 
 		 969 aa  42  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176148  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0739  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 912 aa  42.4  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0580341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1455  TonB-dependent receptor, plug  30.61 
 
 		 1040 aa  41.6  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.212874  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>