165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0540 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0540  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 		 170 aa  340  8e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0501  MarR family transcriptional regulator  69.54 
 
 		 168 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0851191  normal  0.700871 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0324  regulatory protein, MarR  64.94 
 
 		 169 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4699  hypothetical protein  46.36 
 
 		 160 aa  147  9e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.158619  normal  0.0406729 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0087  MarR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 168 aa  127  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.383416 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3135  MarR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 184 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3908  transcriptional regulator, MarR family  39.04 
 
 		 195 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3280  MarR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 177 aa  107  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.48286  normal  0.011902 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2144  MarR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 177 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0843453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2134  regulatory protein, MarR  32.67 
 
 		 176 aa  78.6  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2290  transcriptional regulator, MarR family  32.67 
 
 		 176 aa  78.6  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.851644  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2413  MarR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 180 aa  67  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4666  MarR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.846899  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3697  MarR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.815296 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3824  MarR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.765459  normal  0.539735 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2140  regulatory protein, MarR  32.04 
 
 		 173 aa  60.8  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2296  transcriptional regulator, MarR family  32.04 
 
 		 173 aa  60.8  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1790  transcriptional regulator, MarR family  28.05 
 
 		 174 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1344  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 165 aa  57.4  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2629  MarR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 160 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3854  MarR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 151 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113287  normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3199  transcriptional regulator, MarR family  38.36 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534315  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15300  transcriptional regulator, MarR family  28.36 
 
 		 162 aa  53.5  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408936  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1470  MarR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 151 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0379  MarR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 195 aa  52.4  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4115  transcriptional regulator, MarR family  28.57 
 
 		 165 aa  52  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0613  MarR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 150 aa  51.6  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.31364  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01785  transcription regulator protein  23.97 
 
 		 158 aa  50.4  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1860  MarR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 151 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3626  regulatory protein, MarR  26.88 
 
 		 157 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000000021465  normal  0.0936579 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0861  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 157 aa  50.1  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27230  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 151 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3813  MarR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 147 aa  50.1  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.48019 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1435  MarR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 151 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.209441 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3161  regulatory protein, MarR  34.15 
 
 		 158 aa  48.1  0.00006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0336123  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4766  transcriptional regulator, MarR family  29.31 
 
 		 166 aa  48.1  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.462626  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3479  transcriptional regulator, MarR family  32.86 
 
 		 165 aa  47.4  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.891709  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4551  transcriptional regulator, MarR family  32.86 
 
 		 165 aa  47.4  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2470  transcriptional regulator, TrmB  33.75 
 
 		 162 aa  47.4  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0628  MarR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 144 aa  47  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32610  transcriptional regulator  36.62 
 
 		 166 aa  47  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0590673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0150  MarR family transcriptional regulator  32 
 
 		 154 aa  47  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0208553  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02614  putative transcription regulator protein  26.21 
 
 		 153 aa  46.6  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532202  normal  0.750512 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4007  MarR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 148 aa  46.2  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.177253  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1768  transcriptional regulator, MarR family  26.53 
 
 		 157 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0638  transcriptional regulator, MarR family  32.43 
 
 		 169 aa  46.2  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.16424 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1526  MarR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 143 aa  46.6  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.97312  normal  0.171281 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4061  MarR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 170 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.862741 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3930  MarR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 143 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.627094  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4436  MarR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 143 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000535  putative transcription regulator  25.24 
 
 		 151 aa  46.2  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4271  MarR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 156 aa  46.6  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0653897  normal  0.661065 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2243  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 151 aa  46.6  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.355574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0465  transcriptional regulator, MarR family  26.25 
 
 		 201 aa  45.8  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.203979  normal  0.101553 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3178  MarR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 203 aa  45.8  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0352052  normal  0.846019 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1609  transcriptional regulator, MarR family  27.43 
 
 		 150 aa  45.8  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3234  transcriptional regulator, MarR family  28.89 
 
 		 154 aa  45.8  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.255403  hitchhiker  0.00212329 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2306  putative transcriptional regulator  25.45 
 
 		 151 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3996  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 154 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000674162  normal  0.401287 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4328  MarR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 143 aa  45.4  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3868  MarR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 143 aa  45.4  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.334531 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0133  regulatory protein MarR  31.94 
 
 		 168 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2562  MarR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 156 aa  45.4  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1670  transcriptional regulator, MarR family  28.93 
 
 		 161 aa  45.4  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2803  transcriptional regulator, MarR family  28.12 
 
 		 170 aa  45.1  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3305  MarR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 136 aa  45.1  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0122445  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2956  MarR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 153 aa  45.1  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.119179 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0343  MarR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 144 aa  44.7  0.0006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0287479  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3240  MarR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 158 aa  44.7  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.715513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1068  MarR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 147 aa  44.7  0.0006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0374  MarR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 140 aa  44.7  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00135193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1004  MarR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 157 aa  44.3  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.324282  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4635  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 153 aa  44.3  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.472747  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3156  MarR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 141 aa  44.3  0.0008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.646258 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01612  transcriptional regulator SlyA  29.41 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1998  transcriptional regulator, MarR family  29.41 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396376  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2113  MarR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 162 aa  43.9  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.553961 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5560  MarR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 170 aa  43.9  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813118  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0021  MarR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 178 aa  43.5  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2354  transcriptional regulator SlyA  29.41 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00255065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 143 aa  43.5  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 143 aa  43.5  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4426  transcriptional regulator, MarR family  26.56 
 
 		 156 aa  44.3  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.610198 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5869  MarR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 143 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.263359 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1987  transcriptional regulator SlyA  29.41 
 
 		 146 aa  43.9  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.225625  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0707  regulatory protein MarR  32.05 
 
 		 151 aa  43.9  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1245  MarR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 158 aa  43.5  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1834  transcriptional regulator SlyA  29.41 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.397695  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0135  MarR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 149 aa  43.5  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0934  MarR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 163 aa  43.9  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01602  hypothetical protein  29.41 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1718  transcriptional regulator SlyA  29.41 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.485306  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1852  transcriptional regulator SlyA  29.41 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00181712  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0435  MarR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 150 aa  43.5  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2845  transcriptional regulator, MarR family  34.29 
 
 		 145 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.648486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5460  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 159 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.599234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0331  hypothetical protein  32.63 
 
 		 165 aa  42.7  0.002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1523  MarR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 176 aa  43.1  0.002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.7127  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0897  MarR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 159 aa  42.7  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1557  transcriptional regulator SlyA  29.41 
 
 		 144 aa  42.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.991489  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>