120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3908 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3908  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 		 195 aa  400  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2144  MarR family transcriptional regulator  83.55 
 
 		 177 aa  257  6e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0843453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3280  MarR family transcriptional regulator  78.62 
 
 		 177 aa  254  6e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.48286  normal  0.011902 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3135  MarR family transcriptional regulator  74.1 
 
 		 184 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4699  hypothetical protein  43.88 
 
 		 160 aa  122  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.158619  normal  0.0406729 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0087  MarR family transcriptional regulator  44 
 
 		 168 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.383416 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0501  MarR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 168 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0851191  normal  0.700871 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0324  regulatory protein, MarR  42.07 
 
 		 169 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0540  transcriptional regulator, MarR family  39.04 
 
 		 170 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1790  transcriptional regulator, MarR family  36.36 
 
 		 174 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2134  regulatory protein, MarR  32.65 
 
 		 176 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2290  transcriptional regulator, MarR family  32.65 
 
 		 176 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.851644  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2140  regulatory protein, MarR  30.23 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2296  transcriptional regulator, MarR family  30.23 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0379  MarR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  28.7 
 
 		 145 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  28.7 
 
 		 145 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  28.7 
 
 		 145 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  28.7 
 
 		 145 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  28.7 
 
 		 145 aa  54.3  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1679  transcriptional regulator, TrmB  28.81 
 
 		 141 aa  53.1  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.995926  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 155 aa  52.8  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 155 aa  52.8  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 155 aa  52.4  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 155 aa  52.8  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3996  MarR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 154 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000674162  normal  0.401287 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 146 aa  51.6  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  27.83 
 
 		 145 aa  51.6  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1388  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 164 aa  51.6  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  27.83 
 
 		 145 aa  51.6  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1428  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 164 aa  51.6  0.000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.256408 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 148 aa  51.2  0.000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4647  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 163 aa  50.8  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.167247  normal  0.261087 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1026  MarR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 163 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0613  MarR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 150 aa  51.2  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.31364  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1506  MarR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 163 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1482  MarR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 163 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.914228  normal  0.421582 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 143 aa  50.4  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 143 aa  50.4  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 146 aa  50.1  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27230  MarR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 151 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3866  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 150 aa  49.7  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4464  MarR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 143 aa  49.7  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2413  MarR family transcriptional regulator  22.12 
 
 		 180 aa  48.9  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3626  regulatory protein, MarR  30.3 
 
 		 157 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000000021465  normal  0.0936579 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4666  MarR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 180 aa  48.9  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.846899  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3697  MarR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 180 aa  48.9  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.815296 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15300  transcriptional regulator, MarR family  26.53 
 
 		 162 aa  48.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408936  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1470  MarR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 151 aa  47.8  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2313  MarR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 147 aa  47.8  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.708353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0232  MarR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 152 aa  47.4  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0401  transcriptional regulator, MarR family  25.36 
 
 		 156 aa  47.8  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3668  transcriptional regulator, MarR family  27.97 
 
 		 147 aa  47.4  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.400003  normal  0.620653 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4745  transcriptional regulator, MarR family  27.97 
 
 		 147 aa  47.4  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.427221 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1768  transcriptional regulator, MarR family  25.47 
 
 		 157 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0861  MarR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 157 aa  46.6  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3592  MarR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 153 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.568766 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 147 aa  46.6  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1860  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 151 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3854  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 151 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113287  normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1670  transcriptional regulator, MarR family  25.34 
 
 		 161 aa  46.2  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  26.06 
 
 		 164 aa  45.4  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0803  transcriptional regulator, MarR family protein  24.29 
 
 		 148 aa  45.8  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4001  MarR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 149 aa  45.8  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1749  MarR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 164 aa  45.8  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0321002 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4564  Transcriptional regulators-like protein  27.59 
 
 		 261 aa  45.4  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.572046  normal  0.0271107 
 
 
-
 
NC_003296  RS02614  putative transcription regulator protein  25.34 
 
 		 153 aa  45.1  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532202  normal  0.750512 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2306  putative transcriptional regulator  26.26 
 
 		 151 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1435  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 151 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.209441 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3824  MarR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 180 aa  45.1  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.765459  normal  0.539735 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0731  transcriptional regulator, MarR family  25.96 
 
 		 156 aa  45.1  0.0007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000118752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0021  MarR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 178 aa  45.1  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3415  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 149 aa  45.1  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0058743 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0722  transcriptional regulator, MarR family  24.83 
 
 		 175 aa  45.1  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.702858  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1055  MarR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 165 aa  44.7  0.0008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283145  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1922  MarR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 165 aa  44.7  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.236753  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2558  MarR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 165 aa  44.7  0.0008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1501  MarR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 165 aa  44.7  0.0008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.340787  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0169  MarR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 165 aa  44.7  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00968003  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1746  MarR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 165 aa  44.7  0.0008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0867491  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1769  MarR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 165 aa  44.7  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238439  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0997  MarR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 165 aa  44.7  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0628  MarR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 144 aa  43.9  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1808  MarR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 159 aa  44.3  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1113  transcriptional regulator, TrmB  28.32 
 
 		 191 aa  43.9  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3097  transcriptional regulator, MarR family  27.72 
 
 		 153 aa  44.3  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3444  transcriptional regulator, MarR family  27.72 
 
 		 153 aa  44.3  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3914  MarR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 170 aa  43.5  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0938  MarR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 165 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4987  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 176 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.411261  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2452  transcriptional regulator, MarR family  27.27 
 
 		 154 aa  43.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.126734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1208  MarR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 143 aa  43.5  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0011677  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3199  transcriptional regulator, MarR family  26.36 
 
 		 149 aa  43.9  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534315  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5075  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 176 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.771744 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5368  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 176 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0799  MarR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 161 aa  43.5  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2174  regulatory protein MarR  27.27 
 
 		 154 aa  43.5  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.363681 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0519  transcriptional regulator, MarR family  24.65 
 
 		 157 aa  43.9  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2137  transcriptional regulator, MarR family  26 
 
 		 154 aa  43.9  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.727084 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3109  MarR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 154 aa  43.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.0089778  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>