60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2140 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2140  regulatory protein, MarR  100 
 
 		 173 aa  345  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.203866 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2296  transcriptional regulator, MarR family  98.84 
 
 		 173 aa  339  1e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1790  transcriptional regulator, MarR family  48.21 
 
 		 174 aa  149  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2134  regulatory protein, MarR  43.88 
 
 		 176 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2290  transcriptional regulator, MarR family  43.88 
 
 		 176 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.851644  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2144  MarR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 177 aa  85.5  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0843453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0087  MarR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 168 aa  84.3  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.383416 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3280  MarR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 177 aa  82.4  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.48286  normal  0.011902 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3908  transcriptional regulator, MarR family  29.79 
 
 		 195 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3135  MarR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 184 aa  78.2  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4699  hypothetical protein  33.61 
 
 		 160 aa  75.9  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.158619  normal  0.0406729 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0324  regulatory protein, MarR  33.33 
 
 		 169 aa  72.8  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0501  MarR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 168 aa  65.5  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0851191  normal  0.700871 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0540  transcriptional regulator, MarR family  28.15 
 
 		 170 aa  63.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0379  MarR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0742  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 292 aa  54.3  0.0000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1679  transcriptional regulator, TrmB  33.62 
 
 		 141 aa  53.5  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.995926  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3824  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 		 180 aa  51.2  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.765459  normal  0.539735 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2413  MarR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 180 aa  51.6  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4666  MarR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 180 aa  51.2  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.846899  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3697  MarR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 180 aa  51.2  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.815296 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0813  transcriptional regulator, MarR family  28.08 
 
 		 159 aa  48.9  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.800363  normal  0.25148 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1768  transcriptional regulator, MarR family  30.43 
 
 		 157 aa  48.5  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0926  transcriptional regulator, MarR family  27.19 
 
 		 158 aa  48.1  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.493079  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15300  transcriptional regulator, MarR family  38.54 
 
 		 162 aa  48.1  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408936  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3626  regulatory protein, MarR  37.11 
 
 		 157 aa  48.1  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000000021465  normal  0.0936579 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2306  putative transcriptional regulator  33.06 
 
 		 151 aa  48.1  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0842  transcriptional regulator, MarR family  29.92 
 
 		 179 aa  47.4  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.701585 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27230  MarR family transcriptional regulator  35 
 
 		 151 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1940  transcriptional regulator, MarR family  27.78 
 
 		 159 aa  46.6  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3105  transcriptional regulator, MarR family  31.91 
 
 		 154 aa  44.7  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0272572 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3363  transcriptional regulator, MarR family  31.91 
 
 		 154 aa  44.7  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.7144  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2951  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 162 aa  44.3  0.0008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.144629  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2438  MarR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 146 aa  44.3  0.0009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0147393  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3334  transcriptional regulator, TrmB  27.82 
 
 		 151 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1297  transcriptional regulator  38.1 
 
 		 174 aa  43.5  0.002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00292407  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2161  transcriptional regulator, MarR family  31.07 
 
 		 176 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1470  MarR family transcriptional regulator  35 
 
 		 151 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3597  MarR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 153 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2629  MarR family transcriptional regulator  33 
 
 		 160 aa  42.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4426  transcriptional regulator, MarR family  30.48 
 
 		 156 aa  43.1  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.610198 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2956  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 153 aa  43.1  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.119179 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 174 aa  43.1  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1860  MarR family transcriptional regulator  34 
 
 		 151 aa  42.4  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3854  MarR family transcriptional regulator  34 
 
 		 151 aa  42.4  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113287  normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0504  MarR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 154 aa  42.7  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0928  transcriptional regulator, MarR family  27.27 
 
 		 148 aa  42.4  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.155001  normal  0.455534 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1435  MarR family transcriptional regulator  34 
 
 		 151 aa  42  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.209441 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2216  MarR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 146 aa  42.4  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.103623  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2472  MarR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 147 aa  42.4  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161606  normal  0.735248 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1458  regulatory protein  31.82 
 
 		 149 aa  42  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.714461 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0705  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 156 aa  42  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1042  transcriptional regulator, MarR family  31.15 
 
 		 160 aa  41.6  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3996  MarR family transcriptional regulator  34 
 
 		 154 aa  42  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000674162  normal  0.401287 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0021  MarR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 178 aa  41.6  0.006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5334  MarR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 163 aa  40.8  0.008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.290903 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5625  MarR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 163 aa  40.8  0.008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0373202  normal  0.488111 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5246  MarR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 163 aa  40.8  0.008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.590424  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4410  MarR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 176 aa  41.2  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1112  MarR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 140 aa  40.8  0.009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>